Sekvenciranje malih RNA - Illumina
Značajke
● Priprema biblioteke za odabir veličine.
● Bioinformatička analiza usmjerena na predviđanje miRNA i ciljeva.
Prednosti usluge
●Opsežno stručno znanjeObradili smo preko 300 uzoraka, koji obuhvaćaju različite vrste uzoraka. U svaki projekt unosimo bogato stručno znanje.
●Rigorozna kontrola kvaliteteU svim fazama primjenjujemo ključne kontrolne točke, od pripreme uzorka do pripreme biblioteke, sekvenciranja i bioinformatike. Naš pedantni nadzor osigurava dosljedno visokokvalitetne rezultate.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza:Omogućuje identifikaciju poznatih i novih miRNA, identifikaciju miRNA ciljeva te odgovarajuću funkcionalnu anotaciju i obogaćivanje s više baza podataka (KEGG, GO).
●Postprodajna podrškaRazumijemo koliko je važno biti prisutan, zato se naša predanost proteže i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim postprodajnim razdobljem. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Knjižnica | Platforma | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete podataka |
| Odabrana veličina | Illumina SE50 | 10-20 milijuna čitanja | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorak:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK prikazana na gelu. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
Srce ili crijeva: 450 mg
Utroba ili mozak: 240 mg
Mišići: 600 mg
Kosti, kosa ili koža: 1,5 g
● Člankonošci:
Kukci: 9 g
Rakovi: 450 mg
● Puna krv2 cijevi
● Stanice: 106 ćelije
● Serum i plazma:6 ml
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se aluminijska folija)
Primjer označavanja: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstabilne epruvete: RNA uzorci mogu se sušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i transportirati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Bioinformatika
● Kontrola kvalitete sirovih podataka
● Klasifikacija malih RNA
● Analiza ekspresije miRNA i diferencijalne ekspresije
● Označavanje ciljnog gena miRNA i diferencijalno eksprimiranog ciljnog gena miRNA
● Anotacija ciljnog gena i obogaćivanje funkcije gena miRNA s različitom ekspresijom
Identifikacija miRNA: struktura i dubina
Diferencijalna ekspresija miRNA – hijerarhijsko grupiranje
Funkcionalna anotacija cilja različito eksprimiranih miRNA
Istražite napredak u istraživanju koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja sRNA putem odabrane zbirke publikacija.
Chen, H. i dr. (2023.) 'Virusne infekcije inhibiraju biosintezu saponina i fotosintezu kod Panax notoginseng',Fiziologija i biokemija biljaka, 203, str. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. i dr. (2023.) 'Biljni protein FREE1 koji sadrži FYVE domenu povezuje se s komponentama mikroprocesora kako bi potisnuo biogenezu miRNA',EMBO izvješća, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. i dr. (2023.) 'MikroRNA Ame-Bantam-3p kontrolira razvoj ličinki kukuljica ciljajući gen megf8 (multiple epidermal growth factor-like Domains 8) kod medonosne pčele, Apis mellifera',Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 24(6), str. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. i dr. (2018.) 'Integrirana analiza MiRNA i gena povezanih s kvalitetom mesa otkriva da Gga-MiR-140-5p utječe na intramuskularno taloženje masti u pilića',Stanična fiziologija i biokemija, 46(6), str. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
