Proizvodi

Sekvenciranje DNA/RNA -PacBio Sequencer

PacBio platforma za sekvenciranje dugo je čitana platforma za sekvenciranje, koja je također poznata kao jedna od tehnologija sekvenciranja treće generacije (TGS).Temeljna tehnologija, single-molecule real-time (SMRT), omogućuje generiranje čitanja s duljinom od desetak kilo-baza.Na temelju "sekvenciranja po sintezi", razlučivost jednog nukleotida postiže se nultim valovodom (ZMW), gdje je samo ograničeni volumen na dnu (mjesto sinteze molekule) osvijetljen.Osim toga, SMRT sekvenciranje u velikoj mjeri izbjegava pristranost specifičnu za sekvencu u NGS sustavu, jer većina koraka PCR pojačanja nije potrebna u procesu izgradnje knjižnice.

Platforma: Nastavak II, Revio

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Značajke

Dva načina sekvenciranja na PacBio sekvenceru: neprekidno dugo čitanje (CLR) i kružno konsenzusno čitanje (CCS)

Način sekvenciranja

Veličina knjižnice

Teorijski podaciPrinos (po ćeliji)

Jedna bazaTočnost

Prijave

CLR

20 Kb, 30 Kb itd.

80 Gb do 130 Gb

Cca.85%

De novo, SV pozivanje itd.

CCS

15-20 Kb

14 do 40 Gb/ćeliji (Nastavak II)

70 do 110 Gb/ćeliji (Revio)

Ovisi o uzorcima

Cca.99%

De novo, SNP/Indel/SV poziv, Iso-Seq,

Usporedba performansi i značajki Revio i Sequel II

Pojmovi	Sustav Sequel II	Revio sustav	Povećati
Veća gustoća	8 milijuna ZMW-a	25 milijuna ZMW-a	3x
Samostalni stupnjevi	1	4	4x
Kraće vrijeme rada	30 sati	24 sata	1,25x
30X HiFi ljudski genomi godišnje	88	1300	15x ukupno

Prednosti usluge

● Preko 8 godina iskustva na PacBio platformi za sekvenciranje s tisućama zatvorenih projekata s različitim vrstama.

● Potpuno opremljen najnovijim platformama PacBio Sequencing, Revio za jamstvo dovoljnog protoka sekvenciranja.

● Brže vrijeme obrade, veći prinos podataka i točniji podaci.

● Sudjelovao u stotinama publikacija temeljenih na PacBio-u visokog utjecaja.

Zahtjevi za uzorke

Vrsta uzorka

Iznos

Koncentracija （Qubit®）

Volumen

Čistoća

Drugi

Genomska DNK

Ovisno o zahtjevima podataka

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
Jasan vrh na 260 nm，nema kontaminacija

Koncentraciju je potrebno mjeriti Qubitom i Qubitom/Nanoporeom = 0,8-2,5

Ukupna RNK

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；nema kontaminacija

RIN vrijednost ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Tijek rada usluge

Priprema uzorka

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Isporuka projekta

Prethodna: OEM proizvođač Mrna Sekvencioniranje Service - Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina – Biomarker

Sljedeći: Illumina i BGI

1. Prinos internih podataka

Podaci generirani iz 63 CCS stanice (od 26 vrsta)

PODACI-PacBio-CCS-15 Kb	Prosjek	Maks	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145,651	175.430	118,118	144.689
Podčitava N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Prosječna duljina-Polimeraza	67,995	89,379	49,664	66,433
Prosječna duljina-Podhljebovi	15,866	21,036	11.657	16,012
Prosječna duljina-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Podaci generirani iz 16 CLR stanica (od 76 vrsta)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Prosjek	Maks	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimeraza N50	39,456	121.191	15,389	35,231
Podčitava N50	28,490	41.012	14,430	29,063
Prosječna duljina-Polimeraza	22,063	48,886	8,747	21,555
Prosječna duljina-Podhljebovi	17.720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – DemoStatistika o prinosu podataka

Uzorak	ccs Čita br	Ukupno ccs baze (bp)	ccs očitava N50 (bp)	ccs srednja duljina (bp)	ccs Najdulje čitanje (bp)	podčitava baze (bp)	ccs stopa (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27