Proizvodi

Sekvenciranje prokariotske RNA

Sekvenciranje prokariotske RNA koristi sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) za otkrivanje prisutnosti i količine RNA u određenom trenutku, analizom promjenjivog staničnog transkriptoma.Sekvenciranje prokariotske RNA naše tvrtke posebno cilja na prokariote s referentnim genomima, pružajući vam profiliranje transkriptoma, analizu strukture gena, itd. Široko se primjenjuje na temeljna znanstvena istraživanja, istraživanje i razvoj lijekova i više.

Platforma: Illumina NovaSeq platforma

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Specifikacije usluge

Platforma: Illumina NovaSeq platforma, PE150

Vrsta biblioteke: 350bp umetnuta cDNA biblioteka (ovisi o vršnoj distribuciji)

Strategija sekvenciranja: upareni kraj 150 bp

Preporučena količina podataka: 2 Gb neobrađenih podataka/uzorak

Bioinformatika

(1) Kontrola kvalitete podataka sekvenciranja: distribucija nukleotida, distribucija kvalitete baze, procjena omjera rRNA;

(2) Analiza slijeda slijeda: statistika rezultata slijeda, zasićenost sekvenciranja, pokrivenost sekvenciranja;

(3) Napomena o referentnom genomu (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza ekspresije: Distribucija ekspresije (s dva ili više uzoraka), Analiza ekspresije između uzoraka (Venn analiza, korelacijska analiza, PCA analiza);

(5) Analiza diferencijalne ekspresije (s dva ili više uzoraka);

(6) Analiza skupa gena: Vennova analiza, analiza klastera, analiza funkcionalne anotacije (COG, GO, KEGG), analiza obogaćenja funkcije (GO, KEGG), akordalni graf obogaćenja funkcije, Ipath analiza;

(7) analiza sRNA: predviđanje sRNA, anotacija sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predviđanje sekundarne strukture sRNA, predviđanje ciljnog gena sRNA;

(8) Analiza strukture transkripta: operonska analiza, predviđanje početka i kraja transkripcije, UTR anotacija i analiza, predviđanje sekvence promotora, SNP/InDel analiza (SNP/InDel anotacija, SNP/InDel regionalna distribucija, SNP statistika).