Metagenomika (NGS)

Metagenomika "shotgun" s Illuminom popularan je alat za proučavanje mikrobioma izravnim sekvenciranjem DNK iz složenih uzoraka, što omogućuje proučavanje i taksonomske i funkcionalne raznolikosti. BMKCloud metagenomski (NGS) cjevovod započinje kontrolom kvalitete i sastavljanjem metagenoma, iz kojeg se geni predviđaju i grupiraju u neredundantne skupove podataka koji su označeni za funkciju i taksonomiju korištenjem više baza podataka. Ove se informacije koriste za analizu taksonomske raznolikosti unutar uzorka (alfa raznolikost) i raznolikosti između uzoraka (beta raznolikost). Diferencijalna analiza između skupina pronalazi OTU-e i biološke funkcije koje se razlikuju između dvije skupine korištenjem parametarskih i neparametrijskih testova, dok korelacijska analiza povezuje te razlike s čimbenicima okoliša.