-
Analiza asociației la nivelul genomului
Studiul de asociere la nivelul genomului (GWAS) are ca scop identificarea variantelor genetice (genotip) care se asociază cu trăsături specifice (fenotip).Studiul GWAS investighează markerii genetici care traversează întregul genom al unui număr mare de indivizi și prezice asociațiile genotip-fenotip prin analize statistice la nivel de populație.A fost aplicat pe scară largă în cercetarea bolilor umane și a exploatării genelor funcționale pe trăsături complexe ale animalelor sau plantelor.
-
Secvențierea ARN cu un singur nucleu
Progresul în captarea unei singure celule și tehnica de construcție a bibliotecii individuale, combinată cu secvențierea de înaltă performanță, permite studii de exprimare a genelor pe bază de celulă cu celulă.Permite o analiză a sistemului mai profundă și completă a populațiilor de celule complexe, în care evită în mare măsură mascarea eterogenității acestora, luând media tuturor celulelor.
Cu toate acestea, unele celule nu sunt potrivite pentru a fi transformate în suspensie unicelulară, așa că sunt necesare alte metode de preparare a probelor - extracția nucleului din țesuturi, adică nucleul este extras direct din țesuturi sau celulă și preparat în suspensie cu un singur nucleu pentru un singur nucleu. secvențierea celulelor.
BMK oferă un serviciu de secvențiere a ARN-ului unicelular bazat pe Genomics ChromiumTM.Acest serviciu a fost utilizat pe scară largă în studii privind studiile legate de boli, cum ar fi diferențierea celulelor imune, eterogenitatea tumorii, dezvoltarea țesuturilor etc.
Cip de transcriptom spațial: 10× Genomics
Platformă: Illumina NovaSeq 6000
-
Secvențierea întregului genom plante/animal
Resecvențierea întregului genom, cunoscută și sub numele de WGS, permite dezvăluirea atât a mutațiilor comune, cât și a celor rare pe întregul genom, inclusiv polimorfismul cu un singur nucleotid (SNP), ștergerea inserției (InDel), variația structurii (SV) și variația numărului de copii (CNV). ).SV alcătuiesc o parte mai mare a bazei de variație decât SNP-urile și au un impact mai mare asupra genomului, care are un efect semnificativ asupra organismelor vii.Resecvențierea cu citire lungă permite o identificare mai precisă a fragmentelor mari și a variațiilor complicate, deoarece citirile lungi fac mult mai ușoară încrucișarea cromozomiale peste regiuni complicate, cum ar fi repetarea în tandem, regiunile bogate în GC/AT și regiunile hipervariabile.
Platformă: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptom spațial BMKMANU S1000
Organizarea spațială a celulelor joacă un rol vital în diferite procese biologice, cum ar fi infiltrarea imună, dezvoltarea embrionului, etc. Secvențierea transcriptomului spațial, care indică profilarea expresiei genelor, păstrând în același timp informațiile despre poziția spațială, a oferit perspective excelente asupra arhitecturii țesuturilor la nivel de transcriptom.Odată cu dezvoltarea tehnologiei, morfologia țesutului ultra-clar și diferența structurală reală a expresiei moleculare spațiale trebuie studiate cu o rezoluție mai mare.BMKGENE oferă un serviciu cuprinzător de secvențiere a transcriptomului spațial, de la mostre la perspective biologice.
Tehnologiile de transcriptomică spațială au împuternicit perspective noi în diverse arii de cercetare prin rezolvarea profilului de expresie a genelor cu conținut spațial în probe eterogene.
Cip de transcriptom spațial: BMKMANU S1000
Platformă: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression este o tehnologie principală de secvențiere a transcriptomului spațial pentru clasificarea țesuturilor pe baza ARNm total.Hartați întregul transcriptom cu context morfologic pentru a descoperi noi perspective despre dezvoltarea normală, patologia bolii și cercetarea translațională clinică.BMKGENE oferă un serviciu cuprinzător de secvențiere a transcriptomului spațial, de la mostre la perspective biologice.
Tehnologiile de transcriptomică spațială au împuternicit perspective noi în diverse arii de cercetare prin rezolvarea profilului de expresie a genelor cu conținut spațial în probe eterogene.
Cip de transcriptom spațial: 10x Genomics Visium
Platformă:Illumina NovaSeq 6000
-
Secvențierea ARNm de lungime completă-Nanopore
Secvențierea ARN a fost un instrument de neprețuit pentru analiza cuprinzătoare a transcriptomului.Fără îndoială, secvențierea tradițională de citire scurtă a realizat numeroase dezvoltări importante aici.Cu toate acestea, întâmpină adesea limitări în identificarea izoformelor de lungime completă, cuantificare, bias PCR.
Secvențierea Nanopore se distinge de alte platforme de secvențiere, prin faptul că nucleotidele sunt citite direct fără sinteza ADN și generează citire lungă la zeci de kilobaze.Acest lucru împuternicește citirea directă încrucișarea transcrierilor întregi și abordarea provocărilor din studiile la nivel de izoforme.
Platformă：Nanopore PromethION
Bibliotecă:cADN-PCR
-
Secvențierea ARNm de lungime completă -PacBio
De novosecvențierea transcriptomului de lungime completă, cunoscută și caDe novoIso-Seq beneficiază de avantajele secvencerului PacBio în ceea ce privește lungimea de citire, care permite secvențierea moleculelor de ADNc de lungime completă fără întreruperi.Acest lucru evită complet orice erori generate în etapele de asamblare a transcripției și construiește seturi unigene cu rezoluție la nivel de izoformă.Acest set unigen oferă informații genetice puternice ca „genom de referință” la nivel de transcriptom.În plus, combinând cu datele de secvențiere de generație următoare, acest serviciu permite o cuantificare precisă a expresiei la nivel de izoforme.
Platformă: PacBio Sequel IIBibliotecă: SMRT bell library -
Secvențierea ARNm eucariote-Illumina
Secvențierea ARNm permite profilarea tuturor ARNm-urilor transcriptate din celule în condiții specifice.Este o tehnologie puternică pentru dezvăluirea profilului de expresie a genelor, a structurilor genelor și a mecanismelor moleculare ale anumitor procese biologice.Până în prezent, secvențierea ARNm a fost utilizată pe scară largă în cercetarea fundamentală, diagnosticarea clinică, dezvoltarea medicamentelor etc.
Platformă: Illumina NovaSeq 6000
-
Secvențierea ARNm pe bază de non-referință-Illumina
Secvențierea ARNm adoptă tehnica de secvențiere de generație următoare (NGS) pentru a capta ARN-ul mesager (ARNm) din forma eucariotă la o anumită perioadă în care unele funcții speciale sunt activate.Cea mai lungă transcriere îmbinată a fost numită „Unigene” și folosită ca secvență de referință pentru analiza ulterioară, care este un mijloc eficient de a studia mecanismul molecular și rețeaua de reglementare a speciei fără referință.
După asamblarea datelor transcriptomului și adnotarea funcțională unigenă
(1) Analiza SSR, predicția CDS și structura genei vor fi preformate.
(2) Se va efectua cuantificarea expresiei unigene în fiecare probă.
(3) Unigenele exprimate diferențiat între probe (sau grupuri) vor fi descoperite pe baza expresiei unigene
(4) Se vor efectua analize de grupare, adnotare funcțională și îmbogățire a unigenelor exprimate diferențial
-
Secvențiere lungă fără codificare-Illumina
ARN-urile lungi non-coding (lncRNAs) sunt un tip de molecule de ARN cu o lungime care depășește 200 nt, care se caracterizează printr-un potențial de codare extrem de scăzut.LncRNA, ca membru cheie în ARN-urile necodificatoare, se găsește în principal în nucleu și plasmă.Dezvoltarea tehnologiei de secvențiere și a bioinformaticii permite identificarea a numeroase lncRNA-uri noi și asocierea celor cu funcții biologice.Dovezile acumulate sugerează că lncRNA este implicat pe scară largă în reglarea epigenetică, reglarea transcripției și reglarea post-transcripție.
-
Secvențierea ARN mic-Illumina
ARN mic se referă la o clasă de molecule de ARN necodificatoare care au, de obicei, o lungime mai mică de 200nt, inclusiv micro ARN (miARN), ARN de interferență mic (siRNA) și ARN-ul piwi-interacting (piRNA).
MicroARN (miARN) este o clasă de ARN endogen mic, cu o lungime de aproximativ 20-24nt, care joacă o varietate de roluri importante de reglare în celule.miARN implicat în multe procese de viață care dezvăluie expresia specifică a țesutului și stadiului specific și foarte conservat la diferite specii.
-
secvențierea circARN-Illumina
Secvențierea întregului transcriptom este concepută pentru a profila toate tipurile de molecule de ARN, inclusiv ARN-urile codificante (ARNm) și necodificante (inclusiv ARNlnc, ARN-circ și miARN) care sunt transcrise de celule specifice la un anumit moment.Secvențierea întregului transcriptom, cunoscută și sub denumirea de „secvențierea totală a ARN-ului”, urmărește să dezvăluie rețele cuprinzătoare de reglementare la nivel de transcriptom.Profitând de tehnologia NGS, secvențele de produse întregi de transcriptom sunt disponibile pentru analiza ceRNA și analiza ARN-ului comun, care oferă primul pas către caracterizarea funcțională.Dezvăluirea rețelei de reglementare a ceRNA bazată pe circRNA-miRNA-mRNA.
