16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Avantajele serviciului
● Citiri lungi care dezvăluie o secvență completă de 16S/18S/ITS
● Apeluri de bază foarte precise cu secvențierea modului PacBio CCS
● Rezoluție la nivel de specie în adnotarea OTU/ASV
● Ultimul flux de analiză QIIME2 cu analize diverse în ceea ce privește baza de date, adnotare, OTU/ASV.
● Aplicabil la diverse studii asupra comunității microbiene
● BMK deține o experiență vastă cu peste 100.000 de mostre/an, acoperind sol, apă, gaz, nămol, fecale, intestine, piele, bulion de fermentație, insecte, plante etc.
● BMKCloud a facilitat interpretarea datelor care conține 45 de instrumente de analiză personalizate
Specificații de service
| SecvențiereaPlatformă | Bibliotecă | Date recomandate | Timp de întoarcere |
| PacBio Sequel II | SMRT-clopot | Etichete 5K/10K/20K | 44 de zile lucrătoare |
Analize bioinformatice
● Controlul calității datelor brute
● Clustering OTU/De-noise (ASV)
● Adnotare OTU
● Diversitatea alfa
● Diversitatea beta
● Analiza inter-grup
● Analiza de asociere cu factori experimentali
● Funcția de predicție a genelor
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Pentruextracte de ADN:
| Tip eșantion | Cantitate | Concentraţie | Puritate |
| extracte de ADN | ＞ 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pentru mostre de mediu:
| Tipul eșantionului | Procedura de prelevare recomandată |
| Sol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare. |
| Fecale | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare. |
| Conținutul intestinal | Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP. |
| Namol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați proba de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare |
| Corp de apa | Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L de apă și treceți prin filtrul de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril. |
| Piele | Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril. |
Livrare recomandată de mostre
Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și depozitați în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea probei cu gheață uscată.
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
1.Rata de adnotare a profilului comunității microbiene bazate pe V3+V4(Illumina) față de profilarea bazată pe lungime completă (PacBio).
(S-au aplicat pentru statistici datele a 30 de proiecte alese aleatoriu)
2. Rata de adnotare a secvențierii ampliconilor de lungime completă la nivel de specie în diferite tipuri de eșantioane
3. Distribuția speciilor
4.Arbore filogenetic
Carcasa BMK
Expunerea la arsenic induce deteriorarea barierei intestinale și, în consecință, activarea axei intestin-ficat, ducând la inflamarea și piroptoza ficatului la rațe.
Publicat:Știința mediului total,2021
Strategia de secvențiere:
Probe: martor față de grupul expus la ATO 8 mg/kg
Randamentul datelor de secvențiere: 102.583 secvențe CCS brute în total
Control: 54.518 ± 747 CCS efectiv
ATO expus: 45.050 ± 1675 CCS efectiv
Rezultate cheie
Diversitatea alfa:Expunerea la ATO a modificat semnificativ bogăția și diversitatea microbiană intestinală la rațe.
Analiza metastaticelor:
La nivel de phylum: 2 phyla bacteriene detectate numai în grupurile de control
La nivel de gen: 6 genuri au fost găsite semnificativ diferite ca abundență relativă
La nivel de specie: 36 de specii au fost identificate în total, 6 dintre ele semnificativ diferite în ceea ce privește abundența de revigorare
Referinţă
Thingholm, LB, şi colab.„Persoanele obeze cu și fără diabet zaharat de tip 2 prezintă capacități și compoziții funcționale microbiene intestinale diferite.”Gazdă celulară și microbi26.2 (2019).
