Secvențierea ARNm pe întreaga lungime - Nanopore
Caracteristici
● Capturarea ARNm poli-A urmată de sinteza ADNc și prepararea bibliotecii
● Secvențierea transcrierilor complete
● Analiză bioinformatică bazată pe alinierea la un genom de referință
● Analiza bioinformatică include nu doar exprimarea la nivel de genă și izoformă, ci și analiza lncRNA, fuziunilor genetice, poliadenilării și structurii genelor.
Avantajele serviciilor
●Cuantificarea expresiei la nivel de izoformă: permite o analiză detaliată și precisă a expresiei, dezvăluind modificări care pot fi mascate la analiza întregii expresii genetice
●Cerințe reduse de date:Comparativ cu secvențierea de generație următoare (NGS), secvențierea Nanopore prezintă cerințe de date mai mici, permițând niveluri echivalente de saturație a cuantificării expresiei genelor cu date mai mici.
●Precizie mai mare a cuantificării expresieiatât la nivel de genă, cât și la nivel de izoformă
●Identificarea informațiilor transcriptomice suplimentarepoliadenilare alternativă, gene de fuziune și ARNlcn și genele lor țintă
●Expertiză extinsăEchipa noastră aduce o vastă experiență fiecărui proiect, finalizând peste 850 de proiecte transcriptomice complete Nanopore și procesând peste 8.000 de probe.
●Asistență post-vânzareAngajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului, cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Cerințe și livrare a mostrelor
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Îmbogățit cu poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Scor mediu de calitate: Q10 |
Cerințe privind eșantionul:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau inexistentă cu proteine sau ADN evidențiată pe gel. | Pentru plante: RIN≥7,0; Pentru animale: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevație limitată sau inexistentă a valorii de bază |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunză sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inimă sau intestin: 300 mg
Viscere sau creier: 240 mg
Mușchi: 450 mg
Oase, păr sau piele: 1g
● Artropode:
Insecte: 6g
Crustacee: 300 mg
● Sânge integral1 tub
● Celule106 celule
Livrare recomandată a probelor
Recipient: tub de centrifugă de 2 ml (nu se recomandă utilizarea foliei de aluminiu)
Etichetare exemplu: Grupare+replicare, de ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstabile: Probele de ARN pot fi uscate în tuburi de stabilizare a ARN-ului (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru al serviciului
Nucleotide:
Livrare de mostre
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Flux de lucru al serviciului
Țesut:
Designul experimentului
Livrare de mostre
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
● Prelucrarea datelor brute
● Identificarea transcrierii
● Îmbinare alternativă
● Cuantificarea expresiei la nivel de genă și la nivel de izoformă
● Analiza expresiei diferențiale
● Adnotarea și îmbogățirea funcțiilor (DEG-uri și DET-uri)
Analiza alternativă de îmbinare
Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
Predicția lncRNA
Adnotarea noilor gene
Gruparea DET-urilor
Rețele proteină-proteină în DEG-uri
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere ARNm integrală Nanopore ale BMKGene prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații.
Gong, B. și colab. (2023) „Activarea epigenetică și transcripțională a kinazei secretorii FAM20C ca oncogenă în gliom”, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. și colab. (2023) „Secvențierea transcriptomului complet al limfocitelor care răspund la IFN-γ relevă un răspuns imun înclinat către Th1 la cambulă (Paralichthys olivaceus)”, Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. și colab. (2023) „Analiza comparativă a metodelor de secvențiere a ARN-ului PacBio și ONT pentru identificarea veninului de Nemopilema Nomurai”, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. și colab. (2023) „Analiza Nano-seq relevă tendințe funcționale diferite între exosomi și microvezicule derivate din hUMSC”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
