Trawsgrifiad Gofodol Visium Genomeg 10x
Nodweddion
● Cydraniad: 100 µM
● Diamedr Sbot: 55 µM
● Nifer y smotiau: 4992
● Ardal dal: 6.5 x 6.5 mm
● Mae pob smotyn â chod bar wedi'i lwytho â paent preimio sy'n cynnwys 4 adran:
- cynffon poly(dT) ar gyfer preimio mRNA a synthesis cDNA
- Dynodydd Moleciwlaidd Unigryw (UMI) i gywiro tuedd ymhelaethu
- Cod bar gofodol
- Dilyniant rhwymol o preimio dilyniannu rhannol darllen 1
● Lliwio H&E o adrannau
Manteision
●Gwasanaeth un-stop: yn integreiddio'r holl brofiadau a chamau sy'n seiliedig ar sgiliau, gan gynnwys cryo-dorri, staenio, optimeiddio meinwe, codio bar gofodol, paratoi llyfrgell, dilyniannu a biowybodeg .
● Tîm technegol medrus iawn: gyda phrofiad mewn dros 250 o fathau o feinwe a 100+ o rywogaethau gan gynnwys dynol, llygoden, mamaliaid, pysgod a phlanhigion.
●Diweddariad amser real ar y prosiect cyfan: gyda rheolaeth lawn o gynnydd arbrofol.
●Biowybodeg safonol gynhwysfawr:pecyn yn cynnwys 29 o ddadansoddiadau a 100+ ffigurau o ansawdd uchel.
●Dadansoddi a delweddu data wedi'u teilwra: ar gael ar gyfer gwahanol geisiadau ymchwil.
●Dadansoddiad ar y cyd dewisol gyda dilyniant mRNA un gell
Manylebau
| Gofynion Sampl | Llyfrgell | Strategaeth ddilyniannu | Argymhellir data | Rheoli Ansawdd |
| Samplau cryo wedi'u hymgorffori yn yr OCT, samplau FFPE (Diamedr gorau posibl: tua 6x6x6 mm3) 3 bloc y sampl | Llyfrgell cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50K PE yn darllen fesul smotyn ( 60Gb ) | RIN>7 |
Am ragor o fanylion am ganllawiau paratoi sampl a llif gwaith gwasanaeth, mae croeso i chi siarad ag aArbenigwr BMKGENE
Llif Gwaith Gwasanaeth
Yn y cyfnod paratoi sampl, cynhelir treial echdynnu RNA swmp cychwynnol i sicrhau y gellir cael RNA o ansawdd uchel.Yn y cam optimeiddio meinwe mae'r adrannau'n cael eu staenio a'u delweddu ac mae'r amodau athreiddo ar gyfer rhyddhau mRNA o feinwe wedi'u hoptimeiddio.Yna cymhwysir y protocol wedi'i optimeiddio yn ystod adeiladu'r llyfrgell, ac yna dilyniannu a dadansoddi data.
Mae'r llif gwaith gwasanaeth cyflawn yn cynnwys diweddariadau amser real a chadarnhad cleientiaid i gynnal dolen adborth ymatebol, gan sicrhau gweithrediad llyfn y prosiect.
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
Rheoli Ansawdd Data:
o Allbwn data a dosbarthiad sgôr ansawdd
o Canfod genynnau fesul smotyn
o Cwmpas meinwe
Dadansoddiad sampl mewnol:
o Cyfoeth genynnau
o Clystyru ar hap, gan gynnwys dadansoddi dimensiwn llai
o Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol rhwng clystyrau: adnabod genynnau marcio
o Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
Dadansoddiad rhwng grwpiau
o Ailgyfuniad o smotiau o'r ddau sampl (ee afiechyd a rheolaeth) ac ail-glwstwr
o Nodi genynnau marcio ar gyfer pob clwstwr
o Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
o Mynegiant Gwahaniaethol o'r un clwstwr rhwng grwpiau
Dadansoddiad mewnol-sampl
Clystyru yn y fan a'r lle
Adnabod genynnau marciwr a dosbarthiad gofodol
Dadansoddiad Rhyng-grŵp
Cyfuniad data o'r ddau grŵp ac ail-glwstwr
Genynnau marcio clystyrau newydd
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaeth trawsgrifio gofodol BMKGene gan 10X Visium Yn y cyhoeddiadau dan sylw hyn:
Chen, D. et al.(2023) 'Mae mthl1, homolog Drosophila posibl o GPCRs adlyniad mamalaidd, yn ymwneud ag adweithiau gwrth-diwmor i gelloedd oncogenig wedi'u chwistrellu mewn pryfed', Trafodion Academi Gwyddorau Cenedlaethol Unol Daleithiau America, 120(30), t.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'Mae DUR yn galluogi darlunio cydraniad uchel o ddata trawsgrifiad cyfnodol', Briefings in Bioinformatics, 24(2), tt. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Mae Liu, C. et al.(2022) 'Atlas spatiotemporal o organogenesis yn natblygiad blodau tegeirian', Nucleic Asids Research, 50(17), tt. 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integreiddio Transcriptomeg Ofodol a Dilyniannu RNA Cnewyllyn Sengl yn Datgelu'r Strategaethau Therapiwtig Posibl ar gyfer Leiomyoma Crothol', International Journal of Biological Sciences, 19(8), tt. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
