Dilyniannu Amplicon 16S/18S/ITS-NGS
Nodweddion y Gwasanaeth
● Platfform dilyniannu: Illumina NovaSeq.
● Mwyhadur rhanbarthau byr o 16S, 18S ac ITS, ymhlith targedau mwyhadur eraill.
● Dewisiadau hyblyg o amplicon.
● Profiad prosiect blaenorol gyda thargedau ymhelaethu lluosog.
Manteision Gwasanaeth
●Heb ynysu:Adnabod cyfansoddiad microbaidd mewn samplau amgylcheddol yn gyflym.
●Datrysiad UchelMewn cydrannau isel eu nifer mewn samplau amgylcheddol.
●Yn berthnasol yn eangAstudiaethau cymunedol microbaidd amrywiol.
●Dadansoddiad Biowybodeg CynhwysfawrY pecyn QIIME2 diweddaraf (mewnwelediad meintiol i ecoleg microbaidd) gyda dadansoddiadau amrywiol o ran cronfa ddata, anodiadau, OTU/ASV.
●Arbenigedd helaethGyda 150 mil o brosiectau dilyniannu amplicon yn cael eu cynnal yn flynyddol, mae BMKGENE yn dod â dros ddegawd o brofiad, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chymorth ôl-werthu rhagorol.
Manylebau Gwasanaeth
| Llyfrgell | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tagiau 50/100/300K (Parau Darllen) |
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad (ng/µL) | Cyfanswm (ng) | Cyfaint (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Pridd/slwtsh: 1-2g
● Cynnwys berfeddol - anifail: 0.5-2g
● Cynnwys y coluddyn - pryfed: 0.1-0.25g
● Arwyneb y planhigyn (gwaddod wedi'i gyfoethogi): 0.1-0.5g
● Gwaddod wedi'i gyfoethogi â broth eplesu): 0.1-0.5g
● Ysgarthion (anifeiliaid mawr): 0.5-2g
● Ysgarthion (llygoden): 3-5 grawn
● Hylif golchi alfeolaidd ysgyfeiniol: papur hidlo
● Swab fagina: 5-6 swab
● Swab croen/rheol organau cenhedlu/poer/meinwe meddal y geg/swab ffaryngol/swab rectwm: 2-3 swab
● Micro-organebau arwyneb: papur hidlo
● Corff dŵr/aer/bioffilm: papur hidlo
● Endoffytau: 1-2g
● Plac Deintyddol: 0.5-1g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dosbarthu sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
- Rheoli ansawdd data crai
- Clwstrio OTU / Dad-sŵn (ASV)
- Anodiad OTU
- Dadansoddiad amrywiaeth alffa: mynegeion lluosog, gan gynnwys Shannon, Simpson ac ACE.
- Dadansoddiad amrywiaeth beta
- Dadansoddiad rhyng-grŵp
- Dadansoddiad cydberthynas: rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth OUT
- Rhagfynegiad genynnau swyddogaethol 16S
Histogram o ddosbarthiad tacsonomig
map gwres clystyru helaethrwydd tacsonomig
Dadansoddiad amrywiaeth alffa: cromlin prinhau
dadansoddiad amrywiaeth beta: NMDS
Dadansoddiad rhynggrŵp: darganfod biomarcwyr LEFSE
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu amplicon BMKGene gydag Illumina trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Dong, C. et al. (2022) 'Cydosodiad, Microbiota Craidd, a Swyddogaeth Microbiota Pridd a Rhisgl y Rhisosffer yn Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Trawsblaniad consortia bacteriol synthetig ar gyfer trin vaginosis bacteriol a achosir gan Gardnerella vaginalis mewn llygod', Microbiome, 11(1), tt. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. a Liu, H. (2022) 'Microbiomau llwch awyr a gasglwyd yn ystod yr arbrawf cynnal bywyd bioadfywiol caeedig ar y ddaear “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), tt. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Diolchrwydd genynnau swyddogaethol sy'n ddibynnol ar ddeunydd crai sy'n gysylltiedig â thrawsnewid nitrogen yn rheoli colled nitrogen mewn compostio', Bioresource Technology, 361, t. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
