16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Manteision Gwasanaeth
● Adnabod cyfansoddiad microbaidd yn ddi-ynysu ac yn gyflym mewn samplau amgylcheddol
● Cydraniad uchel mewn cydrannau toreithiog isel mewn samplau amgylcheddol
● QIIME2 diweddaraf yn dadansoddi llif gyda dadansoddiadau amrywiol o ran cronfa ddata, anodi, OTU/ASV.
● High-trwygyrch, cywirdeb uwch
● Yn berthnasol i astudiaethau cymunedol microbaidd amrywiol
● Mae gan BMK brofiad helaeth gyda dros 100,000 o samplau / blwyddyn, yn cwmpasu pridd, dŵr, nwy, llaid, feces, coluddion, croen, cawl eplesu, pryfed, planhigion, ac ati.
● Hwylusodd BMKCloud ddehongli data yn cynnwys 45 o offer dadansoddi personol
Manylebau Gwasanaeth
| DilyniannuPlatfform | Llyfrgell | Cynnyrch data a argymhellir | Amcangyfrif o amser troi o gwmpas |
| Llwyfan Illumina NovaSeq | PE250 | Tagiau 50K/100K/300K | 30 Diwrnod |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Rheoli ansawdd data crai
● Clystyru OTU/Dad-sŵn (ASV)
● Anodi OTU
● Amrywiaeth Alffa
● Amrywiaeth beta
● Dadansoddiad rhwng grwpiau
● Dadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol
● Rhagfynegiad genynnau swyddogaeth
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
CanysEchdynion DNA:
| Math Sampl | Swm | Crynodiad | Purdeb |
| Echdynion DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ar gyfer samplau amgylcheddol:
| Math o sampl | Y weithdrefn samplu a argymhellir |
| Pridd | Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw. |
| Feces | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw. |
| Cynnwys berfeddol | Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP. |
| Llaid | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw |
| Corff dwr | Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint. |
| Croen | Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint. |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Dosbarthiad 1.Species
Map 2.Heat: Clystyru cyfoeth rhywogaethau
Cromlin garfan 3.Rare
Dadansoddiad 4.NMDS
Dadansoddiad 5.Lefse
Achos BMK
Mae Unigolion Gordew sydd â Diabetes Math 2 a hebddynt yn dangos cynhwysedd a chyfansoddiad swyddogaethol microbaidd gwahanol yn y perfedd
Cyhoeddwyd:Gwesteiwr Cell a Microb, 2019
Strategaeth ddilyniannu:
Heb fod yn ddiabetes main (n=633);Gordew heb fod yn ddiabetes (n=494);Diabetes Gordew-Math 2 (n=153);
Rhanbarth targed: 16S rDNA V1-V2
Llwyfan: Illumina Miseq (dilyniant amplicon yn seiliedig ar NGS)
Roedd is-set o echdynion DNA yn destun dilyniannu metagenomig ar Illumina Hiseq
Canlyniadau allweddol
Cafodd proffiliau microbaidd o'r clefydau metabolaidd hyn eu gwahaniaethu'n llwyddiannus.
Trwy gymharu nodweddion microbaidd a gynhyrchir gan ddilyniant 16S, canfuwyd bod gordewdra yn gysylltiedig â newidiadau mewn cyfansoddiad microbaidd, nodweddion unigol, yn enwedig gostyngiad sylweddol mewn Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ac ati. Yn ogystal, canfuwyd bod T2D yn gysylltiedig â chynnydd mewn Escherichia/shigella .
Cyfeiriad
Thingholm, LB , et al.“Mae Unigolion Gordew sydd â Diabetes Math 2 a hebddynt yn Dangos Gallu a Chyfansoddiad Swyddogaethol Microbaidd Gwahanol y Perfedd.”Gwesteiwr Cell a Microb26.2(2019).
