Mewngofnodi BMKCloud

Cynhyrchion

Dilyniannu Darnau Mwyhadur Locws Penodol (SLAF-Seq)

Gellir dosbarthu'r dull hwn, a ddatblygwyd yn annibynnol gan BMKGene, o fewn dilyniannu genom cynrychiolaeth lai. Mae'n optimeiddio'r set ensymau cyfyngu ar gyfer pob prosiect. Mae hyn yn sicrhau cynhyrchu nifer sylweddol o dagiau SLAF (rhanbarthau 400-500 bps o'r genom sy'n cael ei ddilyniannu) sydd wedi'u dosbarthu'n unffurf ar draws y genom gan osgoi rhanbarthau ailadroddus yn effeithiol, gan sicrhau'r darganfyddiad marcwyr genetig gorau.

Mae'n darparu genoteipio cyflym ac yn gosod y sail ar gyfer darganfod genynnau swyddogaethol neu ddadansoddiad esblygiadol gan leihau'r gost fesul sampl wrth gynnal effeithlonrwydd wrth ddarganfod marcwyr genetig. Mae RRGS yn cyflawni hyn trwy dreulio DNA gydag ensymau cyfyngu a chanolbwyntio ar ystod maint darn penodol, a thrwy hynny ddilyniannu dim ond ffracsiwn o'r genom. Ymhlith yr amrywiol fethodolegau RRGS, mae Dilyniannu Darnau Mwyhadur Locws-Penodol (SLAF) yn ddull addasadwy ac o ansawdd uchel.

Cysylltwch â Ni

Manylion y Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau Dethol

Llif gwaith

Mae gan y gwasanaeth rywfaint o ddylunio ymlaen llaw in silico i warantu'r dewis ensymau gorau posibl wrth baratoi'r llyfrgell.

Cynllun Technegol

Nodweddion y Gwasanaeth

● Dilyniannu ar NovaSeq gyda PE150.

● Paratoi llyfrgell gyda chod bar dwbl, gan alluogi cronni dros 1000 o samplau.

● Yn annibynnol ar y genom cyfeirio:

Gyda genom cyfeirio: darganfyddiad SNP ac InDel

Heb genom cyfeirio: clystyru samplau a darganfod SNP

● Yn ymewn silicoMae cyfuniadau o ensymau cyfyngu lluosog yn y cam cyn-ddylunio yn cael eu sgrinio i ddod o hyd i'r rhai sy'n cynhyrchu dosbarthiad unffurf o dagiau SLAF ar hyd y genom.

● Yn ystod yr arbrawf cyn y broses, profir tri chyfuniad ensymau mewn 3 sampl i gynhyrchu 9 llyfrgell SLAF, a defnyddir y wybodaeth hon i ddewis y cyfuniad ensymau cyfyngu gorau posibl ar gyfer y prosiect.

Manteision Gwasanaeth

●Darganfyddiad Marcwyr Genetig UchelRydym yn integreiddio system cod bar dwbl trwybwn uchel sy'n caniatáu dilyniannu poblogaethau mawr ar yr un pryd, ac ymhelaethiad penodol i locus sy'n gwella effeithlonrwydd, gan sicrhau bod niferoedd tagiau yn bodloni gofynion amrywiol gwahanol gwestiynau ymchwil.

● Dibyniaeth Isel ar y GenomGellir ei gymhwyso i rywogaethau gyda neu heb genom cyfeirio.

●Dyluniad Cynllun HyblygGellir dewis treuliad un ensym, treuliad deuol ensym, treuliad aml-ensym, a gwahanol fathau o ensymau i ddiwallu gwahanol nodau ymchwil neu rywogaethau.

● Effeithlonrwydd Uchel mewn Treuliad Ensymatig: Dargludiadmewn silicoMae cyn-gynllunio a chyn-arbrawf yn sicrhau'r dyluniad gorau posibl gyda dosbarthiad cyfartal o dagiau SLAF ar y cromosom (1 tag SLAF/4Kb) a dilyniant ailadroddus llai (<5%).

●Arbenigedd helaethRydym yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect, gyda hanes o gau dros 5000 o brosiectau SLAF-Seq ar gannoedd o rywogaethau, gan gynnwys planhigion, mamaliaid, adar, pryfed ac organebau dyfrol.

● Llif Gwaith Biowybodeg Hunan-ddatblygedigFe wnaethon ni ddatblygu llif gwaith biowybodeg integredig ar gyfer SLAF-Seq i sicrhau dibynadwyedd a chywirdeb yr allbwn terfynol.

Manylebau Gwasanaeth

Math o ddadansoddiad	Graddfa boblogaeth a argymhellir	Strategaeth dilyniannu
		Dyfnder dilyniannu tagiau	Rhif y tag
Mapiau Genetig	2 riant a >150 o epil	Rhieni: 20x WGS Ymosodiad: 10x	Maint y genom: <400 Mb: Argymhellir WGS <1Gb: 100K o dagiau 1-2Gb:: 200K o dagiau >2Gb: 300K o dagiau Uchafswm o 500k o dagiau
Astudiaethau Cymdeithas Genom-Eang (GWAS)	≥200 o samplau	10x
Esblygiad Genetig	≥30 o samplau, gyda >10 o samplau o bob is-grŵp	10x

Gofynion Gwasanaeth

Crynodiad ≥ 5 ng/µL

Cyfanswm ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Gel agarose: dim diraddio na halogiad neu ddiraddio cyfyngedig

Dosbarthu Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd: tiwb allgyrchu 2 ml

(Ar gyfer y rhan fwyaf o'r samplau, rydym yn argymell peidio â'u cadw mewn ethanol)

Labelu samplau: Mae angen labelu samplau'n glir a bod yn union yr un fath â'r ffurflen wybodaeth sampl a gyflwynwyd.

Cludo: Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn iâ sych.

Llif Gwaith Gwasanaeth

QC Sampl

Arbrawf peilot

Arbrawf SLAF

Paratoi Llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi Data

Gwasanaethau Ôl-werthu

Blaenorol: Dilyniannu DNA/RNA – Dilyniannydd Nanopandrol

Nesaf: Dilyniannu Exome Cyfan Dynol

Mae ein dadansoddiad biowybodegol yn cynnwys:

QC data a thocio data i gael gwared ar ddarlleniadau cyfoethog o ran N, darlleniadau addasydd neu ddarlleniadau o ansawdd isel.

Ail reolaeth ansawdd o'r darlleniadau glân i wirio'r dosbarthiad sylfaen, ansawdd y dilyniant ac asesiad data, ond hefyd i wirio effeithlonrwydd y treuliad a'r mewnosodiadau a gafwyd.

Unwaith y bydd y darlleniadau wedi'u gwirio, mae dau opsiwn:

Mapio i'r genom cyfeirio
Heb genom cyfeirio: clystyru

Ar ôl hynny, defnyddir dadansoddiad o dagiau SLAF i wneud rhai galwadau amrywiad i helpu gyda darganfod y marcwyr: SNP, InDel, SNV, galwadau CV ac anodiadau.

Dosbarthiad tagiau SLAF ar gromosomau:

Dosbarthiad SNPs ar gromosomau:

Anodiad SNP

Jiang S, Li S, Luo J, Wang X a Shi C (2023) Mapio QTL a dadansoddiad trawsgriftom o gynnwys siwgr yn ystod aeddfedu ffrwythauPyrus pyrifolia.Blaen. Gwyddor Planhigion.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104

Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., a Sun, L. (2022). Mae adnabod st1 yn datgelu detholiad sy'n cynnwys cyfnewid morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia.Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791

Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ac ati.Dilyniant genom ac amrywiaeth genetig y carp cyffredin,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098

Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ac ati.Mae genom cnau daear wedi'u tyfu yn rhoi cipolwg ar garyoteipiau codlysiau, esblygiad polyploid a dofi cnydau.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2

Blwyddyn	Cylchgrawn	IF	Teitl	Cymwysiadau
2022	Cyfathrebu natur	17.694	Sail genomig y giga-gromosomau a'r giga-genom o peoni coeden Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Ffytolegydd Newydd	7.433	Ôl-troed dofi yn angori rhanbarthau genomig o bwysigrwydd agronomegol yn ffa soia	SLAF-GWAS
2022	Cylchgrawn Ymchwil Uwch	12.822	Mewnosodiadau artiffisial ar draws y genom o Gossypium barbadense i mewn i G. hirsutum datgelu loci uwchraddol ar gyfer gwella ansawdd a chynnyrch ffibr cotwm ar yr un pryd nodweddion	SLAF-Geneteg esblygiadol
2019	Planhigion Moleciwlaidd	10.81	Dadansoddiad Genomig Poblogaeth a Chynulliad De Novo yn Datgelu Tarddiad Weedy Reis fel Gêm Esblygiadol	SLAF-Geneteg esblygiadol
2019	Geneteg Natur	31.616	Dilyniant genom ac amrywiaeth genetig y carp cyffredin, Cyprinus carpio	Map Cysylltiadau SLAF
2014	Geneteg Natur	25.455	Mae genom cnau daear wedi'u tyfu yn rhoi cipolwg ar garyoteipiau codlysiau, polyploid esblygiad a dofi cnydau.	Map Cysylltiadau SLAF
2022	Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion	9.803	Mae adnabod ST1 yn datgelu detholiad sy'n cynnwys lifftio morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia	Datblygiad Marcwr SLAF
2022	Cylchgrawn Rhyngwladol Gwyddorau Moleciwlaidd	6.208	Adnabod a Datblygu Marcwyr DNA ar gyfer Gwenith-Leymus mollis 2N (2D) Amnewid Cromosom Disomig	Datblygiad Marcwr SLAF

Blwyddyn	Cylchgrawn	IF	Teitl	Cymwysiadau
2023	Ffiniau mewn gwyddor planhigion	6.735	Mapio QTL a dadansoddiad trawsgriftom o gynnwys siwgr yn ystod aeddfedu ffrwythau Pyrus pyrifolia	Map Genetig
2022	Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion	8.154	Mae adnabod ST1 yn datgelu detholiad sy'n cynnwys teithio morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia.	Galwadau SNP
2022	Ffiniau mewn gwyddor planhigion	6.623	Mapio Cymdeithas Genom-Eang o Ffenoteipiau Hulless Barely mewn Amgylchedd Sychder.	GWAS