Map Gwres
Mae'r offeryn Map Gwres yn derbyn ffeil ddata matrics fel mewnbwn ac yn caniatáu i ddefnyddwyr hidlo, normaleiddio a chlystyru data. Y prif achos defnydd ar gyfer mapiau gwres yw dadansoddiad clwstwr o lefel mynegiant genynnau rhwng gwahanol samplau.
Anodiad Genynnau
Mae'r offeryn Anodi Genynnau yn perfformio anodi genynnau yn seiliedig ar aliniad dilyniant ffeiliau FASTA mewnbwn yn erbyn gwahanol gronfeydd data.
Offeryn Chwilio Aliniad Lleol Sylfaenol (BLAST)
Mae'r offeryn BLAST yn fersiwn integredig BMKCloud o NCBI BLAST a gellir ei ddefnyddio i gyflawni'r un swyddogaethau gan ddefnyddio data a uwchlwythwyd i'r cyfrif BMKCloud.
Rhagfynegiad CDS_UTR
Mae'r offeryn Rhagfynegi CDS_UTR wedi'i gynllunio i ragfynegi rhanbarthau codio (CDS) a rhanbarthau nad ydynt yn codio (UTR) mewn dilyniannau trawsgrifiad penodol yn seiliedig ar ganlyniadau BLAST yn erbyn cronfeydd data protein hysbys a chanlyniadau rhagfynegi ORF.
Plot Manhattan
Mae'r offeryn Manhattan Plot yn galluogi arddangos arbrofion sampl uchel ac fe'i defnyddir yn gyffredin mewn astudiaethau cysylltiad genom-gyfan (GWAS).
Diagram Circos
Mae'r offeryn Diagram CIRCOS yn darparu delweddu effeithlon o sut mae nodweddion genomig wedi'u dosbarthu ar draws y genom. Mae nodweddion cyffredin yn cynnwys loci meintiol, SNPs, InDels, amrywiadau strwythurol a nifer copïau.
Cyfoethogi Ontoleg Genynnau (GO)
Mae'r offeryn Cyfoethogi GO yn darparu dadansoddiad cyfoethogi swyddogaethol. Y prif feddalwedd yn yr offeryn hwn yw'r pecyn TopGO-Bioconductor, sy'n cynnwys dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol, dadansoddiad cyfoethogi GO a delweddu'r canlyniadau.
Dadansoddiad Rhwydwaith Cyd-fynegiant Genynnau Pwysol (WGCNA)
Mae WGCNA yn ddull cloddio data a ddefnyddir yn helaeth ar gyfer darganfod modiwlau cyd-fynegiant genynnau. Mae'n berthnasol i set ddata mynegiant amrywiol gan gynnwys data mynegiant genynnau microarray ac NGS.
InterProScan
Mae'r offeryn InterProScan yn darparu dadansoddiad a dosbarthiad dilyniant protein InterPro.
Cyfoethogi GO KEGG
Mae'r offeryn Cyfoethogi GO KEGG wedi'i gynllunio i gynhyrchu histogram cyfoethogi GO, histogram cyfoethogi KEGG a llwybr cyfoethogi KEGG yn seiliedig ar set genynnau a ddarperir ac anodiad cyfatebol.