Lille RNA

Små RNA'er er korte, ikke-kodende RNA'er med en gennemsnitlig længde på 18-30 nt, herunder miRNA, siRNA og piRNA, som spiller vigtige roller i regulatoriske processer. BMKCloud sRNA-pipelinen tilbyder både standard- og brugerdefineret analyse til miRNA-identifikation. Efter trimning af læsninger og kvalitetskontrol justeres læsningerne mod flere databaser for at klassificere sRNA'er og udvælge miRNA'er, som derefter kortlægges til referencegenomet. miRNA'er identificeres baseret på kendte miRNA-databaser, hvilket giver information om sekundær struktur, miRNA-familie og målgener. Differentiel ekspressionsanalyse identificerer differentielt udtrykte miRNA'er, og de tilsvarende målgener annoteres funktionelt for at finde berigede kategorier.