Séquençage complet du transcriptome basé sur des nanopores
Le séquençage des nanopores se distingue des autres plateformes de séquençage, dans le sens où les nucléotides sont lus directement sans synthèse d'ADN et génèrent de longues lectures à plusieurs dizaines de kilobases.Cela permet la lecture directe de transcriptions complètes et de relever les défis des études transcriptomiques.
√ Faible biais spécifique à la séquence
√ Lecture complète de l'ADNc pour les études de structure génétique
√ Moins de données nécessaires pour couvrir le même nombre de relevés de notes
√ Identification de plusieurs isoformes par gène
√ Quantification d'expression au niveau de l'isoforme
Pipeline bioinformatique typique
Derniers cas réussis avec les technologies de biomarqueurs
1. Des analyses comparatives de transcriptomes complets révèlent la dynamique de développement de la tige de Gnetum luofuense
Revue : Frontières de la génétique
Publié : mars 2021
Mots-clés : MinION |Épissage alternatif |APP |ARNnc |Transcriptions différentiellement exprimées
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2. Mouvement unidirectionnel de petits ARN des pousses aux racines dans les hétérogreffes interspécifiques
Revue : Plantes naturelles
Publié : janvier 2021
Mots-clés : Nanopore |Illumine |détection d'ARNm mobile sur toute la longueur
3. L'analyse complète du transcriptome des racines d'asperges révèle le mécanisme moléculaire de la tolérance au sel induite par les champignons mycorhiziens arbusculaires
Revue : Botanique environnementale et expérimentale
Publié : janvier 2021
Mots-clés : MinION |Transcriptions différentiellement exprimées |Facteurs de transcription |Épissage alternatif
4. Modifications des caractéristiques physiologiques et transcriptome complet des racines et des feuilles de rose (Rosa chinensis) en réponse au stress dû à la sécheresse
Revue : Physiologie végétale et cellulaire
Publié : octobre 2020
Mots-clés : ProméthION |Transcriptions différentiellement exprimées |Prédiction fonctionnelle |Isoformes épissées |TF et ARNnc
5. Analyse et comparaison complète du séquençage d’ARN PacBio et nanopore du transcriptome d’Arabidopsis
Journal : Méthode végétale
Publié : avril 2020
Mots-clés : GridION |ProméthION |Suite de PacBio |Illumina NovaSeq |Alignement du génome |Identification du relevé de notes |Épissage alternatif |RSS |ARNlnc |Quantification des isoformes
Actualités et faits saillants vise à partager les derniers cas réussis avec Biomarker Technologies, en capturant de nouvelles réalisations scientifiques ainsi que des techniques importantes appliquées au cours de l'étude.
Heure de publication : 08 janvier 2022