Nanopore-pohjainen täyspitkä transkriptiosekvenssi
Nanopore-sekvensointi erottuu muista sekvensointialustoista siinä, että nukleotidit luetaan suoraan ilman DNA-synteesiä ja se tuottaa pitkiä lukuja kymmenissä kiloemäksissä.Tämä mahdollistaa täysimittaisten transkriptien suoran lukemisen ja transkriptomisten tutkimusten haasteiden käsittelemisen.
√ Matala sekvenssispesifinen bias
√ Täyspitkä cDNA:n lukema geenirakennetutkimuksiin
√ Vähemmän dataa tarvitaan saman määrän transkriptioita varten
√ Useiden isoformien tunnistaminen geeniä kohti
√ Ekspression kvantifiointi isoformitasolla
Tyypillinen bioinformatiikkaputki
Uusimmat onnistuneet tapaukset biomarkkeritekniikoilla
1. Täyspitkien transkriptomien vertailevat analyysit paljastavat Gnetum luofuense -varren kehitysdynamiikan
Journal: Frontiers in Genetics
Julkaistu: maaliskuuta 2021
Avainsanat: MinION |Vaihtoehtoinen jatkos |APA |lncRNA |Erilailla ilmaistut transkriptit
Lue koko teksti
2. Pienten RNA:iden yksisuuntainen liike versoista juurille interspesifisissä heterografteissa
Lehti: Nature Plants
Julkaistu: tammikuuta 2021
Avainsanat: Nanopore |Illumina |täyspitkän liikkuvan mRNA:n havaitseminen
3. Parsan juurien täyspitkä transkriptioanalyysi paljastaa arbuskulaaristen mykoritsasienten aiheuttaman suolatoleranssin molekyylimekanismin
Lehti: Environmental and Experimental Botany
Julkaistu: tammikuuta 2021
Avainsanat: MinION |Erilailla ilmaistut transkriptit |Transkriptiotekijät |Vaihtoehtoinen liitos
4. Ruusun (Rosa chinensis) juurien ja lehtien fysiologiset luonteenomaiset muutokset ja täyspitkä transkriptio kuivuusstressin seurauksena
Lehti: Plant and Cell Physiology
Julkaistu: lokakuuta 2020
Avainsanat: PromethION |Erilailla ilmaistut transkriptit |Toiminnallinen ennuste |Silmukoidut isomuodot |TF ja lncRNA
5. Arabidopsis-transkriptomin PacBio- ja nanohuokospohjaisen RNA-sekvensoinnin analyysi ja kattava vertailu
Lehti: Plant Method
Julkaistu: huhtikuussa 2020
Avainsanat: GridION |PromethION |PacBio jatko |Illumina NovaSeq |Genomin kohdistus |Transkription tunnistus |Vaihtoehtoinen jatkos |SSR |LncRNA |Isoformin kvantifiointi
Uutisia ja kohokohtia Tavoitteena on jakaa uusimmat onnistuneet tapaukset Biomarker Technologiesin kanssa, vangita uusia tieteellisiä saavutuksia sekä tutkimuksen aikana käytettyjä merkittäviä tekniikoita.
Postitusaika: 08.01.2022