Séquençage ADN/ARN – Séquenceur Nanopore
Détails du service Fonctionnalités
| Plate-forme | Taille de la bibliothèque | Rendement théorique des données (par cellule) | Précision à base unique | Applications |
| Nanopore | 8 Ko, 10 Ko, 20 Ko, Ultralong, ADNc-PCR | 70-90 Go/cellulaire | 85-92% | Appel SV, De novo, Séquençage complet, Iso-Seq, Annotation de gènes, Détection de la méthylation de l'ADN |
Avantages des services
● Plus de 5 ans d'expérience sur la plateforme de séquençage PacBio avec des milliers de projets clôturés avec diverses espèces.
● BMKGENE est partenaire officiel d'Oxford Nanopore, avec une certification double plateforme ARN/ADN.
● Il existe des modèles courants de séquenceurs dotés d'un équipement complet et d'un débit de séquençage suffisant.
● Basées sur la plateforme Nanopore, plus de 10 recherches Denovo animales et végétales ont été publiées dans des revues de renommée internationale.
Exemples d'exigences
| Échantillon type | Montant | Concentration (Qubit ®) | Volume | Pureté | Autres |
| ADN génomique | Dépend des exigences en matière de données | ≥20ng/μl | ≥15μl | DO260/280 = 1,7-2,2 ; OD260/230≥1,5 ; Pic clair à 260 nm, aucune contamination | La concentration doit être mesurée par Qubit et Qubit/Nanopore ≤ 2 |
| ARN total | ≥1,2 μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | DO260/280 = 1,7-2,5 ; OD260/230=0,5-2,5 ; aucune contamination | Valeur RIN ≥7,5 |
Flux de travail des services
La préparation des échantillons
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Livraison du projet
Évaluation de la qualité des données de l'échantillon d'ADN
Tableau 1. Statistiques sur les données propres.
| BMKID | numéroSeqNumbrut | BaseSommeBrute | cleanSeqNum | cleanSumBase | nettoyerN50Len | nettoyerN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| ADN_BMK01 | 1 218 239 | 26.37 | 1 121 736 | 25h90 | 28 014 | 15 764 | 23 090 | 143 181 | 9 |
Évaluation de la qualité des données de l'échantillon d'ARN
Tableau 1. Statistiques sur les données propres.
| Nom de fichier | Identité du client | LireNum | Numéro de base | N50 | Longueur moyenne | Longueur maximale | Score moyenQ |
| RNA_BMK001 | C2 | 8 947 708 | 4 047 230 083 | 398 | 452 | 129 227 | Q12 |
Figure 1. Distribution de la longueur de lecture
Figure 2. Répartition des scores de qualité des données propres
Figure 3. Distribution des scores de longueur et de qualité des données propres
