हीटमैप
हीटमैप टूल मैट्रिक्स डेटा फ़ाइल को इनपुट के रूप में स्वीकार करता है और उपयोगकर्ताओं को डेटा को फ़िल्टर करने, सामान्य करने और क्लस्टर करने की अनुमति देता है। हीटमैप का प्राथमिक उपयोग विभिन्न नमूनों के बीच जीन अभिव्यक्ति स्तर के क्लस्टर विश्लेषण में होता है।
जीन एनोटेशन
जीन एनोटेशन टूल विभिन्न डेटाबेस के विरुद्ध इनपुट FASTA फाइलों के अनुक्रम संरेखण के आधार पर जीन एनोटेशन करता है।
बेसिक लोकल अलाइनमेंट सर्च टूल (BLAST)
BLAST टूल, NCBI BLAST का BMKCloud एकीकृत संस्करण है और इसका उपयोग BMKCloud खाते में अपलोड किए गए डेटा का उपयोग करके समान कार्यों को करने के लिए किया जा सकता है।
सीडीएस_यूटीआर भविष्यवाणी
CDS_UTR भविष्यवाणी उपकरण को ज्ञात प्रोटीन डेटाबेस और ORF भविष्यवाणी परिणामों के विरुद्ध BLAST परिणामों के आधार पर दिए गए ट्रांसक्रिप्ट अनुक्रमों में कोडिंग क्षेत्रों (CDS) और गैर-कोडिंग क्षेत्रों (UTR) की भविष्यवाणी करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
मैनहट्टन प्लॉट
मैनहट्टन प्लॉट टूल उच्च नमूना प्रयोगों को प्रदर्शित करने में सक्षम बनाता है और आमतौर पर जीनोम-व्यापी एसोसिएशन अध्ययनों (जीडब्ल्यूएस) में उपयोग किया जाता है।
सर्कस आरेख
CIRCOS डायग्राम टूल जीनोम में जीनोमिक विशेषताओं के वितरण को कुशलतापूर्वक प्रदर्शित करता है। सामान्य विशेषताओं में मात्रात्मक लोकी, एसएनपी, इनडेल्स, संरचनात्मक और कॉपी संख्या भिन्नताएं शामिल हैं।
जीन ऑन्टोलॉजी (जीओ) संवर्धन
GO एनरिचमेंट टूल कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण प्रदान करता है। इस टूल में प्राथमिक सॉफ़्टवेयर TopGO-Bioconductor पैकेज है, जिसमें विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण, GO संवर्धन विश्लेषण और परिणामों का दृश्यीकरण शामिल है।
भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क विश्लेषण (WGCNA)
WGCNA जीन सह-अभिव्यक्ति मॉड्यूल की खोज के लिए व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली डेटा माइनिंग विधि है। यह माइक्रोएरे और NGS जीन अभिव्यक्ति डेटा सहित विभिन्न अभिव्यक्ति डेटासेट पर लागू होती है।
इंटरप्रोस्कैन
इंटरप्रोस्कैन टूल इंटरप्रो प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण और वर्गीकरण प्रदान करता है।
गो केग संवर्धन
GO KEGG एनरिचमेंट टूल को दिए गए जीन सेट और संबंधित एनोटेशन के आधार पर GO एनरिचमेंट हिस्टोग्राम, KEGG एनरिचमेंट हिस्टोग्राम और KEGG एनरिचमेंट पाथवे उत्पन्न करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
