हीटमैप
हीटमैप टूल एक मैट्रिक्स डेटा फ़ाइल को इनपुट के रूप में स्वीकार करता है और उपयोगकर्ताओं को डेटा को फ़िल्टर, सामान्यीकृत और क्लस्टर करने की अनुमति देता है। हीटमैप का प्राथमिक उपयोग विभिन्न नमूनों के बीच जीन अभिव्यक्ति स्तर का क्लस्टर विश्लेषण है।
जीन एनोटेशन
जीन एनोटेशन उपकरण विभिन्न डेटाबेस के विरुद्ध इनपुट FASTA फाइलों के अनुक्रम संरेखण के आधार पर जीन एनोटेशन करता है।
बेसिक लोकल अलाइनमेंट सर्च टूल (BLAST)
BLAST टूल NCBI BLAST का BMKCloud एकीकृत संस्करण है और इसका उपयोग BMKCloud खाते में अपलोड किए गए डेटा का उपयोग करके समान कार्य करने के लिए किया जा सकता है।
CDS_UTR भविष्यवाणी
CDS_UTR पूर्वानुमान उपकरण को ज्ञात प्रोटीन डेटाबेस और ORF पूर्वानुमान परिणामों के विरुद्ध BLAST परिणामों के आधार पर दिए गए ट्रांसक्रिप्ट अनुक्रमों में कोडिंग क्षेत्रों (CDS) और गैर-कोडिंग क्षेत्रों (UTR) का पूर्वानुमान लगाने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
मैनहट्टन प्लॉट
मैनहट्टन प्लॉट उपकरण उच्च नमूना प्रयोगों को प्रदर्शित करने में सक्षम बनाता है और इसका उपयोग आमतौर पर जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन (GWAS) में किया जाता है।
सर्कस आरेख
CIRCOS आरेख उपकरण जीनोम में जीनोमिक विशेषताओं के वितरण का कुशल दृश्य प्रदान करता है। सामान्य विशेषताओं में मात्रात्मक लोकी, SNP, InDels, संरचनात्मक और प्रतिलिपि संख्या रूपांतर शामिल हैं।
जीन ऑन्टोलॉजी (GO) संवर्धन
GO संवर्धन उपकरण कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण प्रदान करता है। इस उपकरण का मुख्य सॉफ़्टवेयर TopGO-Bioconductor पैकेज है, जिसमें विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण, GO संवर्धन विश्लेषण और परिणामों का विज़ुअलाइज़ेशन शामिल है।
भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क विश्लेषण (WGCNA)
WGCNA जीन सह-अभिव्यक्ति मॉड्यूल की खोज के लिए व्यापक रूप से प्रयुक्त डेटा माइनिंग विधि है। यह माइक्रोएरे और NGS जीन अभिव्यक्ति डेटा सहित विभिन्न अभिव्यक्ति डेटासेट पर लागू होता है।
इंटरप्रोस्कैन
इंटरप्रोस्कैन उपकरण इंटरप्रो प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण और वर्गीकरण प्रदान करता है।
गो केग संवर्धन
GO KEGG संवर्धन उपकरण को एक प्रदान किए गए जीन सेट और संबंधित एनोटेशन के आधार पर GO संवर्धन हिस्टोग्राम, KEGG संवर्धन हिस्टोग्राम और KEGG संवर्धन मार्ग उत्पन्न करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।