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तुलनात्मक जीनोमिक्स

तुलनात्मक जीनोमिक्स में विभिन्न प्रजातियों के संपूर्ण जीनोम अनुक्रमों और संरचनाओं की जांच और तुलना शामिल है। यह क्षेत्र विभिन्न जीवों में संरक्षित या भिन्न अनुक्रम संरचनाओं और तत्वों की पहचान करके प्रजातियों के विकास को उजागर करने, जीन कार्यों को समझने और आनुवंशिक नियामक तंत्रों को स्पष्ट करने का प्रयास करता है। एक व्यापक तुलनात्मक जीनोमिक्स अध्ययन में जीन परिवार, विकासवादी विकास, संपूर्ण जीनोम दोहराव की घटनाएं और चयनात्मक दबावों के प्रभाव जैसे विश्लेषण शामिल हैं।

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सेवा विवरण

डेमो परिणाम

केस स्टडी

सेवा के लाभ

●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन रिकॉर्डसंचित रूप से, बीएमकेजीन ने 90 से अधिक तुलनात्मक जीनोमिक्स परियोजनाएं पूरी कर ली हैं, जिनका संचयी प्रभाव कारक 900 तक पहुंच गया है।

●व्यापक जैवसूचना विज्ञान विश्लेषणइस विश्लेषण पैकेज में आठ सबसे अधिक आवश्यक विश्लेषण शामिल हैं, जो सुव्यवस्थित और प्रकाशन के लिए तैयार आंकड़े प्रदान करते हैं और परिणामों की आसान व्याख्या की अनुमति देते हैं।

●उच्च कुशल जैवसूचना विज्ञान टीम और कम समय में विश्लेषण प्रक्रिया।तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण में व्यापक अनुभव के साथ, बीएमकेजीन की टीम कम समय में विविध व्यक्तिगत विश्लेषण मांगों को पूरा करती है।

●बिक्री के बाद सहायता:परियोजना पूर्ण होने के बाद भी हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।

सेवा विनिर्देश

अनुमानित प्रक्रिया समय

प्रजातियों की संख्या

विश्लेषण

30 कार्य दिवस

6 - 12

जीन परिवार क्लस्टरिंग

जीन परिवार का विस्तार और संकुचन

फाइलोजेनेटिक वृक्ष निर्माण

विचलन समय का अनुमान (जीवाश्म अंशांकन आवश्यक)

एलटीआर सम्मिलन समय (पौधों के लिए)

संपूर्ण जीनोम का दोहराव (पौधों के लिए)

चयनात्मक दबाव

सिंटेनी विश्लेषण

बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण

● जीन परिवार

● फाइलोजेनेटिक्स

● विचलन समय

● चयनात्मक दबाव

● वाक्य रचना विश्लेषण

नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण

नमूना आवश्यकताएँ:

जीनोम अनुक्रमण और संयोजन के लिए ऊतक या डीएनए

ऊतक के लिए

प्रजातियाँ	ऊतक	सर्वे	पैकबियो सीसीएस
जानवर	आंतरिक ऊतक	≥ 0.2 ग्राम	≥ 1 ग्राम
	मांसपेशी ऊतक	≥ 0.2 ग्राम	≥ 1 ग्राम
	स्तनधारी रक्त	≥ 0.3 मिलीलीटर	≥ 1 मिलीलीटर
	मुर्गी/मछली का रक्त	≥ 0.05 मिलीलीटर	≥ 0.1 मिलीलीटर
	कीड़ा	≥ 0.2 ग्राम	≥ 1 ग्राम
पौधा	ताज़ी पत्ती	≥ 0.5 ग्राम	≥ 2 ग्राम
जलीय जीव	मांसपेशी ऊतक	≥ 0.3 ग्राम	≥ 1.5 ग्राम
जलीय जीव	शैवाल	≥ 0.5 ग्राम	≥ 3.0 ग्राम
प्रकोष्ठों	संवर्धित कोशिकाएँ	≥ 1x10⁶	≥ 5x10⁶

डेटा

निकट संबंधी प्रजातियों की जीनोम अनुक्रम फाइलें (.fasta) और एनोटेशन फाइलें (.gff3)

सेवा कार्य प्रवाह

प्रयोग डिजाइन

नमूना वितरण

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

बिक्री पश्चात सेवाएं

पहले का: विकासवादी आनुवंशिकी

अगला: बल्क सेग्रेगेंट विश्लेषण

*यहां दिखाए गए डेमो परिणाम बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज के साथ प्रकाशित जीनोम से लिए गए हैं।

1. एलटीआर सम्मिलन समय का अनुमान: चित्र में अन्य प्रजातियों की तुलना में वीनिंग राई जीनोम में एलटीआर-आरटी सम्मिलन समय का एक अद्वितीय द्विविध वितरण दिखाया गया है। सबसे हालिया शिखर लगभग 0.5 मिलियन वर्ष पहले दिखाई दिया।

वीनिंग राई में 3LTR सम्मिलन समय का अनुमान

ली गुआंग एट अल.,नेचर जेनेटिक्स, 2021

2. चायोट (Sechium edule) का फाइलोजेनी और जीन परिवार विश्लेषण: जीन परिवार में चायोट और इससे संबंधित अन्य 13 प्रजातियों का विश्लेषण करने पर पाया गया कि चायोट सबसे निकट से स्नेक गॉर्ड (Trichosanthes anguina) से संबंधित है। चायोट की उत्पत्ति स्नेक गॉर्ड से लगभग 27-45 मिलियन वर्ष पूर्व हुई थी और चायोट में 25±4 मिलियन वर्ष पूर्व संपूर्ण जीनोम डुप्लिकेशन (WGD) देखा गया, जो कुकुइबिटेसी कुल में तीसरा WGD घटनाक्रम है।

4चायोट का फाइलोजेनेटिक वृक्ष

फू ए एट अल.,बागवानी अनुसंधान, 2021

3. समरूपता विश्लेषण: फल विकास में पादप हार्मोन से संबंधित कुछ जीन चायोट, लौकी और स्क्वैश में पाए गए। चायोट और स्क्वैश के बीच सहसंबंध चायोट और लौकी के बीच सहसंबंध से थोड़ा अधिक है।

4चायोट का फाइलोजेनेटिक वृक्ष

फू ए एट अल.,बागवानी अनुसंधान, 2021

4. जीन परिवार विश्लेषण: जी. थुरबेरी और जी. डेविडसोनी जीनोम में जीन परिवार के विस्तार और संकुचन पर केईजीजी संवर्धन से पता चला है कि स्टेरॉयड जैवसंश्लेषण और ब्रासिनोस्टेरॉयड जैवसंश्लेषण से संबंधित जीन का विस्तार हुआ है।

4चायोट का फाइलोजेनेटिक वृक्ष

यांग जेड एट अल.,बीएमसी जीवविज्ञान, 2021

5. संपूर्ण जीनोम दोहराव विश्लेषण: 4DTV और Ks वितरण विश्लेषण ने संपूर्ण जीनोम दोहराव की घटना को दर्शाया। अंतःप्रजाति के शिखरों ने दोहराव की घटनाओं को दर्शाया। अंतरप्रजाति के शिखरों ने प्रजातीकरण की घटनाओं को दर्शाया। विश्लेषण से पता चला कि अन्य तीन निकट संबंधी प्रजातियों की तुलना में, O. europaea में हाल ही में बड़े पैमाने पर जीन दोहराव हुआ है।

4चायोट का फाइलोजेनेटिक वृक्ष

राव जी एट अल.,बागवानी अनुसंधान, 2021

बीएमके मामला

बिना कांटों वाला गुलाब: नमी अनुकूलन से जुड़ी जीनोमिक अंतर्दृष्टि

प्रकाशित: राष्ट्रीय विज्ञान समीक्षा, 2021

अनुक्रमण रणनीति:

'बेसी काकॉटे से रहित' (आर।विचुरैननजीनोम:
लगभग 93 गुना PacBio + लगभग 90 गुना Nanopore + 267 गुना Illumina

मुख्य परिणाम

1. उच्च गुणवत्ता वाले R.wichuraiana जीनोम का निर्माण लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग तकनीकों का उपयोग करके किया गया, जिससे 530.07 Mb का संयोजन प्राप्त हुआ (फ्लो साइटोमेट्री द्वारा अनुमानित जीनोम आकार लगभग 525.9 Mb और जीनोम सर्वेक्षण द्वारा 525.5 Mb था; विषमयुग्मजीता लगभग 1.03% थी)। BUSCO का अनुमानित स्कोर 93.9% था। "ओल्ड ब्लश" (हैप्लोओबी) से तुलना करने पर, इस जीनोम की गुणवत्ता और पूर्णता की पुष्टि एकल-आधार सटीकता और LTR संयोजन सूचकांक (LAI=20.03) द्वारा की गई। R.wichuraiana जीनोम में 32,674 प्रोटीन कोडिंग जीन हैं।

2. तुलनात्मक जीनोमिक्स, ट्रांसक्रिप्टोमिक्स और आनुवंशिक जनसंख्या के क्यूटीएल विश्लेषण से युक्त मल्टी-ओमिक्स संयुक्त विश्लेषण ने आर. विचुरियाना और रोजा चिनेंसिस के बीच महत्वपूर्ण प्रजातिगत अंतर को उजागर किया। साथ ही, क्यूटीएल में संबंधित जीनों की अभिव्यक्ति में भिन्नता तने पर कांटों के पैटर्न से जुड़ी होने की संभावना है।

7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

बेसी के कांटे रहित गुलाब और रोजा चिनेंसिस के बीच तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण, जिसमें सिंटेनी विश्लेषण, जीन परिवार क्लस्टर, विस्तार और संकुचन विश्लेषण शामिल हैं, ने गुलाब में महत्वपूर्ण लक्षणों से संबंधित बड़ी संख्या में भिन्नताओं को उजागर किया। NAC और FAR1/FRS जीन परिवार में अद्वितीय विस्तार संभवतः ब्लैक स्पॉट के प्रतिरोध से जुड़ा हुआ है।

81तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण बीटी और ओबी के बीच 82तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण बीटी और ओबी के बीच 83तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषण बीटी और ओबी के बीच