कम प्रतिनिधित्व बाइसल्फाइट अनुक्रमण (आरआरबीएस)
रिड्यूस्ड रिप्रेज़ेंटेशन बाइसल्फाइट सीक्वेंसिंग (RRBS) MspI क्लीवेज द्वारा CpG द्वीप-समृद्ध क्षेत्रों के संवर्धन पर निर्भर करती है, जिसके बाद 200-500/600 bps अंशों के आकार का चयन किया जाता है। परिणामस्वरूप, केवल CpG द्वीप के समीपस्थ क्षेत्रों का ही अनुक्रमण किया जाता है, जबकि दूरस्थ CpG द्वीप वाले क्षेत्रों को विश्लेषण से बाहर रखा जाता है। यह प्रक्रिया, बाइसल्फाइट सीक्वेंसिंग के साथ मिलकर, डीएनए मिथाइलेशन का उच्च-रिज़ॉल्यूशन पता लगाने की अनुमति देती है, और सीक्वेंसिंग विधि, PE150, मध्य भाग के बजाय इन्सर्ट के सिरों पर विशेष रूप से ध्यान केंद्रित करती है, जिससे मिथाइलेशन प्रोफाइलिंग की दक्षता बढ़ जाती है।
यह तकनीक डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान में संपूर्ण जीनोम बाइसल्फाइट अनुक्रमण (डब्ल्यूजीबीएस) के एक लागत-प्रभावी और कुशल विकल्प के रूप में उभरी है। हालांकि डब्ल्यूजीबीएस एकल आधार विभेदन पर संपूर्ण जीनोम का परीक्षण करके व्यापक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है, लेकिन इसकी उच्च लागत एक सीमित कारक हो सकती है, जिसे आरआरबीएस जीनोम के एक प्रतिनिधि भाग का चुनिंदा विश्लेषण करके रणनीतिक रूप से कम करता है। यह पद्धति एक अमूल्य उपकरण है जो लागत-प्रभावी डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान को सक्षम बनाता है और एपिजेनेटिक तंत्रों के ज्ञान को आगे बढ़ाता है।
सेवा सुविधाएँ
● इल्लुमिना नोवासेक पर अनुक्रमण।
● संदर्भ जीनोम की आवश्यकता है।
● लैम्ब्डा डीएनए का उपयोग बाइसल्फाइट रूपांतरण दक्षता की निगरानी के लिए किया जाता है।
● MspI पाचन दक्षता की भी निगरानी की जाती है।
● पौधों के नमूनों के लिए डबल एंजाइम पाचन।
सेवा लाभ
●WGBS का लागत प्रभावी और कुशल विकल्प: यह विश्लेषण को कम लागत और कम नमूना आवश्यकताओं के साथ करने में सक्षम बनाता है।
●संपूर्ण प्लेटफ़ॉर्म:हम नमूना प्रसंस्करण, लाइब्रेरी निर्माण और अनुक्रमण से लेकर जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण तक एक ही स्थान पर उत्कृष्ट सेवा प्रदान करते हैं।
●व्यापक विशेषज्ञता: हमें विविध प्रजातियों में सफलता मिली है। BMKGENE अपने साथ एक दशक से भी ज़्यादा का अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और उत्कृष्ट बिक्री-पश्चात सहायता लेकर आता है।
सेवा विनिर्देश
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| MspI पचा और बिसल्फाइट उपचारित लाइब्रेरी | इल्लुमिना PE150 | 8 जीबी | Q30 ≥ 85% बाइसल्फाइट रूपांतरण > 99% MspI काटने की दक्षता > 95% |
नमूना आवश्यकताएँ
| सांद्रता (एनजी/µL) | कुल मात्रा (µg) |
| |
| जीनोमिक डीएनए | ≥ 30 | ≥ 1 | सीमित क्षरण या संदूषण |
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएं
बीआई विश्लेषण में शामिल हैं:
● कच्चे अनुक्रमण गुणवत्ता नियंत्रण;
● संदर्भ जीनोम का मानचित्रण;
● 5mC मेथिलेटेड बेस और मोटिफ पहचान का पता लगाना;
● मिथाइलेशन वितरण और नमूना तुलना का विश्लेषण;
● विभेदक मिथाइलेटेड क्षेत्रों (डीएमआर) का विश्लेषण;
● डीएमआर से जुड़े जीनों का कार्यात्मक एनोटेशन।
गुणवत्ता नियंत्रण: पाचन दक्षता (जीनोम मानचित्रण में)
गुणवत्ता नियंत्रण: बाइसल्फाइट रूपांतरण (मिथाइलेशन जानकारी निष्कर्षण में)
मिथाइलेशन मानचित्र: 5mC मिथाइलेशन जीनोम-व्यापी वितरण
नमूना तुलना: प्रमुख घटक विश्लेषण
विभेदक मिथाइलेटेड क्षेत्र (डीएमआर) विश्लेषण: हीटमैप
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ली, ज़ेड. एट अल. (2022) 'सीआरआईएसपीआर सक्रियण और पैराक्राइन कारकों द्वारा लेडिग जैसी कोशिकाओं में उच्च-निष्ठा पुनर्प्रोग्रामिंग',पीएनएएस नेक्सस, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
तियान, एच. एट अल. (2023) 'चीनी मोनोज़ायगोटिक जुड़वां बच्चों में शरीर संरचना का जीनोम-व्यापी डीएनए मिथाइलेशन विश्लेषण',यूरोपीय जर्नल ऑफ क्लिनिकल इन्वेस्टिगेशन, 53(11), पृ. e14055. डीओआई: 10.1111/ईसीआई.14055।
वू, वाई. एट अल. (2022) 'डीएनए मिथाइलेशन और कमर-से-कूल्हे का अनुपात: चीनी मोनोज़ायगोटिक जुड़वाँ में एक एपिजीनोम-व्यापी संबंध अध्ययन',एंडोक्रिनोलॉजिकल इन्वेस्टिगेशन जर्नल, 45(12), पृ. 2365-2376। डीओआई: 10.1007/एस40618-022-01878-4।
