रिड्यूस्ड रिप्रेजेंटेशन बिस्सल्फाइट सीक्वेंसिंग (आरआरबीएस)
रिड्यूस्ड रिप्रेजेंटेशन बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग (आरआरबीएस) में एमएसपीआई क्लीवेज द्वारा सीपीजी आइलैंड से भरपूर क्षेत्रों को समृद्ध किया जाता है, जिसके बाद 200-500/600 बीपीएस के टुकड़ों का आकार चयन किया जाता है। परिणामस्वरूप, केवल सीपीजी आइलैंड के समीप स्थित क्षेत्रों का ही अनुक्रमण किया जाता है, जबकि दूर स्थित सीपीजी आइलैंड वाले क्षेत्रों को विश्लेषण से बाहर रखा जाता है। यह प्रक्रिया, बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग के साथ मिलकर, डीएनए मेथाइलेशन का उच्च-रिज़ॉल्यूशन पता लगाने में सक्षम बनाती है, और सीक्वेंसिंग विधि, पीई150, मध्य भाग के बजाय इंसर्ट के सिरों पर विशेष रूप से ध्यान केंद्रित करती है, जिससे मेथाइलेशन प्रोफाइलिंग की दक्षता बढ़ जाती है।
डीएनए मेथाइलेशन अनुसंधान में होल जीनोम बिस्सल्फाइट सीक्वेंसिंग (डब्ल्यूजीबीएस) के किफायती और कारगर विकल्प के रूप में यह तकनीक उभरी है। डब्ल्यूजीबीएस एकल बेस रिज़ॉल्यूशन पर संपूर्ण जीनोम की जांच करके व्यापक जानकारी प्रदान करता है, लेकिन इसकी उच्च लागत एक सीमित कारक हो सकती है। आरआरबीएस जीनोम के एक प्रतिनिधि भाग का चुनिंदा विश्लेषण करके इस चुनौती को रणनीतिक रूप से कम करता है। यह पद्धति एक अमूल्य उपकरण है जो किफायती डीएनए मेथाइलेशन अनुसंधान को सक्षम बनाती है और एपिजेनेटिक तंत्रों के ज्ञान को आगे बढ़ाती है।
सेवा सुविधाएँ
● इलुमिना नोवासेक पर सीक्वेंसिंग।
● इसके लिए एक संदर्भ जीनोम की आवश्यकता होती है।
● लैम्डा डीएनए का उपयोग बाइसल्फाइट रूपांतरण दक्षता की निगरानी के लिए किया जाता है।
● एमएसपीआई पाचन दक्षता की भी निगरानी की जाती है।
● पौधों के नमूनों के लिए दोहरा एंजाइम पाचन।
सेवा के लाभ
●डब्ल्यूजीबीएस का किफायती और कुशल विकल्पइससे विश्लेषण कम लागत और कम नमूने की आवश्यकता के साथ किया जा सकता है।
●संपूर्ण प्लेटफ़ॉर्म:हम सैंपल प्रोसेसिंग, लाइब्रेरी निर्माण, सीक्वेंसिंग से लेकर बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण तक एक ही स्थान पर उत्कृष्ट सेवा प्रदान करते हैं।
●व्यापक विशेषज्ञताविभिन्न प्रकार की प्रजातियों में हमें सफलता मिली है। बीएमकेजीन के पास एक दशक से अधिक का अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और उत्कृष्ट बिक्रीोत्तर सहायता उपलब्ध है।
सेवा विनिर्देश
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| एमएसपीआई द्वारा पचाया गया और बिस्सल्फाइट से उपचारित पुस्तकालय | इलुमिना PE150 | 8 जीबी | Q30 ≥ 85% बाइसल्फाइट रूपांतरण > 99% एमएसपीआई कटिंग दक्षता > 95% |
नमूना आवश्यकताएँ
| सांद्रता (एनजी/µएल) | कुल मात्रा (µg) |
| |
| जीनोमिक डीएनए | ≥ 30 | ≥ 1 | सीमित क्षरण या संदूषण |
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
बीआई विश्लेषण में निम्नलिखित शामिल हैं:
● रॉ सीक्वेंसिंग गुणवत्ता नियंत्रण;
● संदर्भ जीनोम से मैपिंग;
● 5mC मिथाइलेटेड बेस का पता लगाना और मोटिफ की पहचान करना;
● मेथाइलेशन वितरण का विश्लेषण और नमूनों की तुलना;
● विभेदक रूप से मिथाइलेटेड क्षेत्रों (डीएमआर) का विश्लेषण;
● डीएमआर से जुड़े जीनों का कार्यात्मक एनोटेशन।
गुणवत्ता नियंत्रण: पाचन दक्षता (जीनोम मानचित्रण में)
गुणवत्ता नियंत्रण: बाइसल्फाइट रूपांतरण (मेथिलीकरण सूचना निष्कर्षण में)
मेथिलेशन मानचित्र: 5mC मेथिलेशन का जीनोम-व्यापी वितरण
नमूना तुलना: प्रमुख घटक विश्लेषण
विभेदक रूप से मिथाइलेटेड क्षेत्रों (डीएमआर) का विश्लेषण: हीटमैप
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ली, जेड. एट अल. (2022) 'CRISPR सक्रियण और पैराक्राइन कारकों द्वारा लेडिग-जैसी कोशिकाओं में उच्च-विश्वसनीयता पुनर्प्रोग्रामिंग',पीएनएएस नेक्सस, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
तियान, एच. एट अल. (2023) 'चीनी मोनोजाइगोटिक जुड़वा बच्चों में शारीरिक संरचना का जीनोम-व्यापी डीएनए मेथाइलेशन विश्लेषण'यूरोपीय जर्नल ऑफ क्लिनिकल इन्वेस्टिगेशन, 53(11), पृ. e14055. डीओआई: 10.1111/ईसीआई.14055।
वू, वाई. एट अल. (2022) 'डीएनए मेथाइलेशन और कमर-से-कूल्हे का अनुपात: चीनी मोनोजाइगोटिक जुड़वा बच्चों में एक एपिजीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन',जर्नल ऑफ एंडोक्रिनोलॉजिकल इन्वेस्टिगेशन, 45(12), पृ. 2365-2376। डीओआई: 10.1007/एस40618-022-01878-4।
