हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली
Hi-C एक ऐसी विधि है जिसे क्रोमोसोम की संरचना को समझने के लिए डिज़ाइन किया गया है। इसमें निकटता-आधारित अंतःक्रियाओं और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण का संयोजन किया जाता है। ऐसा माना जाता है कि इन अंतःक्रियाओं की तीव्रता क्रोमोसोम पर भौतिक दूरी के साथ विपरीत रूप से सहसंबंधित होती है। इसलिए, Hi-C डेटा का उपयोग ड्राफ्ट जीनोम में एकत्रित अनुक्रमों के क्लस्टरिंग, क्रमबद्धता और अभिविन्यास को निर्देशित करने और उन्हें कुछ क्रोमोसोम पर स्थापित करने के लिए किया जाता है। यह तकनीक जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक मानचित्र की अनुपस्थिति में भी क्रोमोसोम-स्तर पर जीनोम संयोजन को संभव बनाती है। प्रत्येक जीनोम को Hi-C की आवश्यकता होती है।
सेवा सुविधाएँ
● PE150 का उपयोग करके इलुमिना नोवासेक पर सीक्वेंसिंग।
● इस सेवा के लिए निकाले गए न्यूक्लिक एसिड के बजाय ऊतक के नमूनों की आवश्यकता होती है, ताकि फॉर्मेल्डिहाइड के साथ क्रॉस-लिंकिंग करके डीएनए-प्रोटीन अंतःक्रियाओं को संरक्षित किया जा सके।
● हाई-सी प्रयोग में बायोटिन के साथ चिपचिपे सिरों का प्रतिबंध और मरम्मत शामिल है, जिसके बाद अंतःक्रियाओं को संरक्षित करते हुए परिणामी कुंद सिरों का वृत्ताकारकरण किया जाता है। फिर डीएनए को स्ट्रेप्टाविडिन बीड्स के साथ अलग किया जाता है और बाद में लाइब्रेरी तैयार करने के लिए शुद्ध किया जाता है।
सेवा के लाभ
हाई-सी का अवलोकन
(लीबरमैन-ऐडेन ई एट अल.,विज्ञान, 2009)
●आनुवंशिक जनसंख्या डेटा की आवश्यकता को समाप्त करना:Hi-C, कॉन्टिग एंकरिंग के लिए आवश्यक बुनियादी जानकारी का विकल्प प्रदान करता है।
●उच्च मार्कर घनत्व:जिसके परिणामस्वरूप कॉन्टिग एंकरिंग अनुपात 90% से अधिक हो जाता है।
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन रिकॉर्ड:बीएमकेजीन के पास 1000 विभिन्न प्रजातियों से 2000 से अधिक हाई-सी जीनोम असेंबली के मामलों और कई पेटेंटों का व्यापक अनुभव है। 200 से अधिक प्रकाशित मामलों का संचयी प्रभाव कारक 2000 से अधिक है।
●उच्च कुशल जैवसूचना विज्ञान टीम:हाई-सी प्रयोगों और डेटा विश्लेषण के लिए इन-हाउस पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट के साथ, स्व-विकसित विज़ुअलाइज़ेशन डेटा सॉफ़्टवेयर मैन्युअल रूप से ब्लॉक को स्थानांतरित करने, उलटने, रद्द करने और फिर से करने में सक्षम बनाता है।
●बिक्री के बाद सहायता:परियोजना पूर्ण होने के बाद भी हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
●व्यापक व्याख्याहम पहचाने गए विभिन्नताओं वाले जीनों को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने और संबंधित संवर्धन विश्लेषण करने के लिए कई डेटाबेस का उपयोग करते हैं, जिससे कई शोध परियोजनाओं पर अंतर्दृष्टि मिलती है।
सेवा विनिर्देश
| पुस्तकालय की तैयारी | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| हाई-सी लाइब्रेरी | इलुमिना नोवासेक पीई150 | 100 गुना | Q30 ≥ 85% |
नमूना आवश्यकताएँ
| ऊतक | आवश्यक राशि |
| पशु आंतरिक अंग | ≥ 2 ग्राम |
| पशु मांसपेशी | |
| स्तनधारी रक्त | ≥ 2 मिलीलीटर |
| मुर्गी/मछली का रक्त | |
| पौधे की ताज़ी पत्तियाँ | ≥ 3 ग्राम |
| संवर्धित कोशिकाएँ | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | ≥ 2 ग्राम |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
1) कच्चे डेटा का क्यूसी
2) हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी: वैध हाई-सी इंटरैक्शन का आकलन
3) हाई-सी असेंबली: कॉन्टिग्स को समूहों में क्लस्टर करना, उसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कॉन्टिग्स को क्रमबद्ध करना और कॉन्टिग्स की दिशा निर्धारित करना।
4) हाई-सी मूल्यांकन
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी – हाई-सी वैध इंटरैक्शन युग्मों का आकलन
हाई-सी असेंबली – आँकड़े
संयोजन के बाद का मूल्यांकन – विभिन्न बिन्स के बीच सिग्नल की तीव्रता का हीटमैप
बीएमकेजीन की हाई-सी असेंबली सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का पता लगाने के लिए प्रकाशनों का एक चुनिंदा संग्रह देखें।
तियान, टी. एट अल. (2023) 'एक प्रमुख सूखा-प्रतिरोधी मक्का जर्मप्लाज्म का जीनोम संयोजन और आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स 2023 55:3, 55(3), पृ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
वांग, जेडएल एट अल. (2020) 'एशियन हनीबी एपिस सेराना जीनोम का एक क्रोमोसोम-स्केल असेंबली', फ्रंटियर्स इन जेनेटिक्स, 11, पृ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
झांग, एफ. एट अल. (2023) 'सोलानेसी परिवार में दो जीनोम का विश्लेषण करके ट्रॉपेन एल्कलॉइड जैवसंश्लेषण के विकास का खुलासा', नेचर कम्युनिकेशंस 2023 14:1, 14(1), पृ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
झांग, एक्स. एट अल. (2020) 'बरगद के पेड़ और परागणकारी ततैया के जीनोम अंजीर-ततैया के सहविकास में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं', सेल, 183(4), पृ. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
