हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली
हाई-सी एक ऐसी विधि है जिसे निकटता-आधारित अंतःक्रियाओं और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण के संयोजन द्वारा गुणसूत्र विन्यास को समझने के लिए डिज़ाइन किया गया है। इन अंतःक्रियाओं की तीव्रता गुणसूत्रों पर भौतिक दूरी के साथ नकारात्मक रूप से सहसंबद्ध मानी जाती है। इसलिए, हाई-सी डेटा का उपयोग ड्राफ्ट जीनोम में एकत्रित अनुक्रमों के समूहन, क्रम निर्धारण और अभिविन्यास को निर्देशित करने और उन्हें एक निश्चित संख्या में गुणसूत्रों पर स्थिर करने के लिए किया जाता है। यह तकनीक जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक मानचित्र के अभाव में गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम संयोजन को सशक्त बनाती है। प्रत्येक जीनोम को एक हाई-सी की आवश्यकता होती है।
सेवा सुविधाएँ
● PE150 के साथ Illumina NovaSeq पर अनुक्रमण।
● सेवा के लिए, निकाले गए न्यूक्लिक एसिड के बजाय, ऊतक के नमूनों को फॉर्मेल्डिहाइड के साथ जोड़ने और डीएनए-प्रोटीन इंटरैक्शन को संरक्षित करने की आवश्यकता होती है।
● हाई-सी प्रयोग में चिपचिपे सिरों को बायोटिन से प्रतिबंधित और मरम्मत किया जाता है, और फिर परिणामस्वरूप कुंद सिरों को गोलाकार बनाया जाता है, जबकि अंतःक्रियाएँ सुरक्षित रहती हैं। इसके बाद डीएनए को स्ट्रेप्टाविडिन बीड्स से खींचा जाता है और बाद में लाइब्रेरी तैयार करने के लिए शुद्ध किया जाता है।
सेवा लाभ
हाई-सी का अवलोकन
(लिबरमैन-एडेन ई एट अल.,विज्ञान, 2009)
●आनुवंशिक जनसंख्या डेटा की आवश्यकता को समाप्त करना:हाई-सी, कॉन्टिग एंकरिंग के लिए आवश्यक आवश्यक जानकारी को प्रतिस्थापित करता है।
●उच्च मार्कर घनत्व:जिससे 90% से अधिक उच्च कॉन्टिग एंकरिंग अनुपात प्राप्त होता है।
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन रिकॉर्ड:BMKGene के पास 1000 विभिन्न प्रजातियों और विभिन्न पेटेंटों से प्राप्त हाई-सी जीनोम असेंबली के 2000 से अधिक मामलों का व्यापक अनुभव है। 200 से अधिक प्रकाशित मामलों का संचयी प्रभाव कारक 2000 से अधिक है।
●अत्यधिक कुशल जैव सूचना विज्ञान टीम:हाई-सी प्रयोगों और डेटा विश्लेषण के लिए इन-हाउस पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट के साथ, स्व-विकसित विज़ुअलाइज़ेशन डेटा सॉफ्टवेयर मैनुअल ब्लॉक को स्थानांतरित करने, उलटने, रद्द करने और फिर से करने में सक्षम बनाता है।
●बिक्री के बाद सहायता:हमारी प्रतिबद्धता परियोजना के पूरा होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि तक जारी रहती है। इस दौरान, हम परियोजना अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
●व्यापक एनोटेशनहम पहचाने गए विभिन्नताओं वाले जीनों को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने के लिए कई डेटाबेस का उपयोग करते हैं और संबंधित संवर्धन विश्लेषण करते हैं, जिससे कई शोध परियोजनाओं पर अंतर्दृष्टि मिलती है।
सेवा विनिर्देश
| पुस्तकालय की तैयारी | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| हाई-सी लाइब्रेरी | इल्लुमिना नोवासेक PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
नमूना आवश्यकताएँ
| ऊतक | आवश्यक राशि |
| पशु आंत | ≥ 2 ग्राम |
| पशु की मांसपेशी | |
| स्तनधारी रक्त | ≥ 2 एमएल |
| मुर्गी/मछली का खून | |
| पौधा- ताजा पत्ता | ≥ 3 ग्राम |
| संवर्धित कोशिकाएँ | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | ≥ 2 ग्राम |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएं
1) कच्चा डेटा QC
2) हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी: वैध हाई-सी इंटरैक्शन का अनुमान
3) हाई-सी असेंबली: समूहों में कंटिग का क्लस्टरिंग, उसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कंटिग को क्रमबद्ध करना और कंटिग अभिविन्यास निर्दिष्ट करना
4) हाई-सी मूल्यांकन
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी - हाई-सी वैध अंतःक्रिया युग्मों का अनुमान
हाई-सी असेंबली – आँकड़े
असेंबली के बाद का मूल्यांकन - डिब्बों के बीच सिग्नल की तीव्रता का हीटमैप
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