एम्प्लिकॉन अनुक्रमण (16S/18S/ITS)

इलुमिना के साथ एम्प्लिकॉन (16S/18S/ITS) सीक्वेंसिंग, सूक्ष्मजीवों की विविधता का विश्लेषण करने की एक विधि है। इसमें सीक्वेंस के आधार पर सूक्ष्मजीव प्रोफाइल की पहचान की जाती है और फिर प्रत्येक नमूने के भीतर और नमूनों के बीच सूक्ष्मजीवों की समृद्धि और विविधता को समझने का प्रयास किया जाता है। BMKCloud एम्प्लिकॉन (NGS) पाइपलाइन 16S, 18S, ITS और कई कार्यात्मक जीनों के विश्लेषण की अनुमति देती है। इसकी शुरुआत रीड ट्रिमिंग, पेयर्ड-एंड रीड असेंबली और गुणवत्ता मूल्यांकन से होती है, जिसके बाद समान रीड्स की क्लस्टरिंग करके ऑपरेशनल टैक्सोनॉमिक यूनिट्स (OTUs) उत्पन्न की जाती हैं, जिनका उपयोग छह अलग-अलग विश्लेषण अनुभागों में किया जाता है। टैक्सोनॉमिक एनोटेशन प्रत्येक नमूने की सापेक्ष प्रचुरता और संरचना के बारे में जानकारी प्रदान करता है, जबकि अल्फा और बीटा विविधता विश्लेषण क्रमशः नमूनों के भीतर और बीच सूक्ष्मजीव विविधता पर केंद्रित होते हैं। समूहों के बीच विभेदक विश्लेषण पैरामीट्रिक और गैर-पैरामीट्रिक दोनों परीक्षणों का उपयोग करके भिन्न OTUs का पता लगाता है, जबकि सहसंबंध विश्लेषण इन अंतरों को पर्यावरणीय कारकों से जोड़ता है। अंत में, मार्कर जीन की प्रचुरता के आधार पर कार्यात्मक जीन की प्रचुरता का अनुमान लगाया जाता है, जिससे प्रत्येक नमूने में कार्य और पारिस्थितिकी के बारे में जानकारी मिलती है।