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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
मेटाजेनोम का तात्पर्य जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री के संग्रह से है, जैसे कि पर्यावरणीय मेटाजेनोम, मानव मेटाजेनोम, आदि। इसमें खेती योग्य और अनुपयोगी दोनों सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं।मेटागेनोमिक अनुक्रमण एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्रियों का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है।
प्लैटफ़ॉर्म:इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-नैनोपोर
मेटागेनोमिक्स एक आणविक उपकरण है जिसका उपयोग पर्यावरणीय नमूनों से निकाली गई मिश्रित जीनोमिक सामग्रियों का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है, जो प्रजातियों की विविधता और प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फ़ाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क आदि के बारे में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है। नैनोपोर अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म हाल ही में पेश किया गया है मेटागेनोमिक अध्ययन के लिए।पढ़ने की लंबाई में इसका उत्कृष्ट प्रदर्शन काफी हद तक डाउन स्ट्रीम मेटागेनोमिक विश्लेषण, विशेष रूप से मेटाजेनोम असेंबली को बढ़ाता है।रीड-लेंथ का लाभ उठाते हुए, नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक अध्ययन शॉट-गन मेटागेनोमिक्स की तुलना में अधिक निरंतर असेंबली प्राप्त करने में सक्षम है।यह प्रकाशित किया गया है कि नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक्स ने माइक्रोबायोम्स (मॉस, ईएल, एट अल) से सफलतापूर्वक पूर्ण और बंद जीवाणु जीनोम उत्पन्न किया।नेचर बायोटेक, 2020)
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन P48
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-पैकबायो
16एस और 18एस आरआरएनए पर सबयूनिट जिसमें अत्यधिक संरक्षित और हाइपर-वेरिएबल दोनों क्षेत्र शामिल हैं, प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों की पहचान के लिए एक आदर्श आणविक फिंगरप्रिंट है।अनुक्रमण का लाभ उठाते हुए, इन एम्प्लीकॉन्स को संरक्षित भागों के आधार पर लक्षित किया जा सकता है और माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फाइलोजेनी आदि को कवर करने वाले अध्ययनों में योगदान देने वाले माइक्रोबियल पहचान के लिए हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों को पूरी तरह से चित्रित किया जा सकता है। एकल-अणु वास्तविक समय (एसएमआरटी) ) PacBio प्लेटफ़ॉर्म की अनुक्रमण अत्यधिक सटीक लंबी रीडिंग प्राप्त करने में सक्षम बनाता है, जो पूर्ण-लंबाई एम्प्लिकॉन (लगभग 1.5 Kb) को कवर कर सकता है।आनुवंशिक क्षेत्र के व्यापक दृष्टिकोण ने बैक्टीरिया या कवक समुदाय में प्रजातियों के एनोटेशन में संकल्प को काफी बढ़ाया है।
प्लैटफ़ॉर्म:पैकबियो सीक्वल II
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस
16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन अनुक्रमण का उद्देश्य हाउसकीपिंग जेनेटिक मार्करों के पीसीआर उत्पादों की जांच करके माइक्रोबियल समुदाय में फाइलोजेनी, वर्गीकरण और प्रजातियों की प्रचुरता को प्रकट करना है, जिसमें अत्यधिक संवादी और हाइपरवेरिएबल दोनों भाग शामिल हैं।वोएसेस एट अल (1977) द्वारा इन संपूर्ण आणविक फिंगरप्रिंट की शुरूआत अलगाव-मुक्त माइक्रोबायोम प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाती है।16एस (बैक्टीरिया), 18एस (कवक) और आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर (आईटीएस, कवक) का अनुक्रमण प्रचुर प्रजातियों के साथ-साथ दुर्लभ और अज्ञात प्रजातियों दोनों की पहचान की अनुमति देता है।यह तकनीक विभिन्न वातावरणों, जैसे मानव मुंह, आंतों, मल इत्यादि में विभेदक माइक्रोबियल संरचना की पहचान करने में व्यापक रूप से लागू और प्रमुख उपकरण बन गई है।
प्लैटफ़ॉर्म:इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
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बैक्टीरियल और फंगल संपूर्ण जीनोम पुनः अनुक्रमण
ज्ञात जीवाणु और कवक के जीनोम को पूरा करने के साथ-साथ कई जीनोम की तुलना करने या नए जीवों के जीनोम को मैप करने के लिए बैक्टीरिया और फंगल पूरे जीनोम पुन: अनुक्रमण एक महत्वपूर्ण उपकरण है।सटीक संदर्भ जीनोम उत्पन्न करने, माइक्रोबियल पहचान और अन्य तुलनात्मक जीनोम अध्ययन करने के लिए जीवाणु और कवक के संपूर्ण जीनोम को अनुक्रमित करना बहुत महत्वपूर्ण है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण
मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण प्राकृतिक वातावरण (यानी मिट्टी, पानी, समुद्र, मल और आंत) के भीतर रोगाणुओं (यूकेरियोट्स और प्रोकैरियोट्स दोनों) की जीन अभिव्यक्ति की पहचान करता है। विशेष रूप से, यह सेवाएं आपको जटिल माइक्रोबियल समुदायों, टैक्सोनोमिक विश्लेषण की संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंग प्राप्त करने की अनुमति देती हैं। प्रजातियों का, अलग-अलग रूप से व्यक्त जीनों का कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण, और बहुत कुछ।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक प्लेटफ़ॉर्म
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कवक जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज विशिष्ट अनुसंधान लक्ष्य के आधार पर जीनोम सर्वेक्षण, सूक्ष्म जीनोम और कवक के पेनी-पूर्ण जीनोम प्रदान करती हैं।उच्च-स्तरीय जीनोम असेंबली को प्राप्त करने के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण + तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण को मिलाकर जीनोम अनुक्रमण, असेंबली और कार्यात्मक एनोटेशन प्राप्त किया जा सकता है।क्रोमोसोम स्तर पर जीनोम असेंबली की सुविधा के लिए हाई-सी तकनीक को भी नियोजित किया जा सकता है।
प्लैटफ़ॉर्म:पैकबियो सीक्वल II
नैनोपोर प्रोमेथियन P48
इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
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बैक्टीरिया पूर्ण जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज शून्य अंतराल के साथ बैक्टीरिया के पूर्ण जीनोम के निर्माण पर अनुक्रमण सेवा प्रदान करती है।बैक्टीरिया पूर्ण जीनोम निर्माण के मुख्य कार्यप्रवाह में विशिष्ट अनुसंधान लक्ष्यों को पूरा करने वाली तीसरी पीढ़ी अनुक्रमण, संयोजन, कार्यात्मक एनोटेशन और उन्नत जैव सूचनात्मक विश्लेषण शामिल हैं।बैक्टीरिया जीनोम की अधिक व्यापक रूपरेखा उनकी जैविक प्रक्रियाओं के अंतर्निहित मूलभूत तंत्रों को उजागर करने में सक्षम बनाती है, जो उच्च यूकेरियोटिक प्रजातियों में जीनोमिक शोध के लिए मूल्यवान संदर्भ भी प्रदान कर सकती है।
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन पी48 + इलुमिना नोवासेक प्लेटफार्म
पैकबियो सीक्वल II
