पौधे/पशु डी नोवो जीनोम अनुक्रमण
डी नोवोसीक्वेंसिंग का तात्पर्य संदर्भ जीनोम की अनुपस्थिति में सीक्वेंसिंग तकनीकों का उपयोग करके किसी प्रजाति के संपूर्ण जीनोम के निर्माण से है। लंबी रीड वाली तीसरी पीढ़ी की सीक्वेंसिंग के परिचय और व्यापक रूप से अपनाए जाने से रीड के बीच ओवरलैप बढ़ाकर जीनोम असेंबली में उल्लेखनीय सुधार हुआ है। यह सुधार विशेष रूप से चुनौतीपूर्ण जीनोम से निपटने में महत्वपूर्ण है, जैसे कि उच्च विषमयुग्मजीता, दोहराव वाले क्षेत्रों का उच्च अनुपात, पॉलीप्लॉइड और दोहराव वाले तत्वों वाले क्षेत्र, असामान्य जीसी सामग्री या उच्च जटिलता वाले जीनोम, जिन्हें आमतौर पर केवल शॉर्ट-रीड सीक्वेंसिंग का उपयोग करके असेंबल करना मुश्किल होता है।
हमारा वन-स्टॉप सॉल्यूशन एकीकृत अनुक्रमण सेवाएं और जैवसूचनात्मक विश्लेषण प्रदान करता है, जिससे उच्च गुणवत्ता वाला डी नोवो असेंबल्ड जीनोम प्राप्त होता है। इलुमिना के साथ प्रारंभिक जीनोम सर्वेक्षण जीनोम के आकार और जटिलता का अनुमान प्रदान करता है, और इस जानकारी का उपयोग पैकबियो हाईफाई के साथ लॉन्ग-रीड अनुक्रमण के अगले चरण को निर्देशित करने के लिए किया जाता है, जिसके बाद...डी नोवोकॉन्टिग्स का संयोजन। इसके बाद HiC असेंबली का उपयोग करके कॉन्टिग्स को जीनोम से जोड़ा जाता है, जिससे गुणसूत्र-स्तर का संयोजन प्राप्त होता है। अंत में, जीन भविष्यवाणी और व्यक्त जीनों के अनुक्रमण द्वारा जीनोम का एनोटेशन किया जाता है, जिसमें लघु और दीर्घ रीड वाले ट्रांसक्रिप्टोम का उपयोग किया जाता है।
सेवा सुविधाएँ
● एक ही स्थान पर अनेक अनुक्रमण और जैवसूचना विज्ञान सेवाओं का एकीकरण:
जीनोम के आकार का अनुमान लगाने और आगे के चरणों का मार्गदर्शन करने के लिए इलुमिना के साथ जीनोम सर्वेक्षण;
लंबी रीड अनुक्रमण के लिएडी नोवोकॉन्टिग्स का संयोजन;
गुणसूत्रों को स्थिर करने के लिए हाई-सी अनुक्रमण;
जीनों के वर्गीकरण के लिए mRNA अनुक्रमण;
असेंबली का सत्यापन।
● यह सेवा विशेष प्रजातियों के लिए नए जीनोम के निर्माण या मौजूदा संदर्भ जीनोम में सुधार के लिए उपयुक्त है।
सेवा के लाभ
अनुक्रमण प्लेटफार्मों और जैवसूचना विज्ञान का विकासडी नोवोजीनोम संयोजन
(अमरसिंघे एसएल एट अल.,जीनोम जीवविज्ञान, 2020)
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन का उत्कृष्ट रिकॉर्डबीएमकेजीन ने द्विगुणित जीनोम और बहुगुणित और एलोपॉलीप्लोइड प्रजातियों के अत्यंत जटिल जीनोम सहित विविध प्रजातियों के उच्च-गुणवत्ता वाले जीनोम संयोजन में व्यापक अनुभव प्राप्त किया है। 2018 से, हमने 100 से अधिक परियोजनाओं में योगदान दिया है।300 उच्च-प्रभावशाली प्रकाशन, जिनमें से 20 से अधिक नेचर जेनेटिक्स में प्रकाशित हुए हैं।.
● एक ही स्थान पर सभी समाधानहमारा एकीकृत दृष्टिकोण कई अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों और जैवसूचना विश्लेषणों को एक सुसंगत कार्यप्रवाह में संयोजित करता है, जिससे उच्च गुणवत्ता वाला संयोजित जीनोम प्राप्त होता है।
●आपकी आवश्यकताओं के अनुरूपहमारी सेवा कार्यप्रणाली अनुकूलनीय है, जिससे विविध विशेषताओं वाले जीनोम और विशिष्ट अनुसंधान आवश्यकताओं के अनुरूप इसे अनुकूलित किया जा सकता है। इसमें विशाल जीनोम, बहुगुणित जीनोम, अत्यधिक विषमयुग्मजी जीनोम आदि को शामिल किया गया है।
●उच्च कुशल जैवसूचना विज्ञान और प्रयोगशाला टीमजटिल जीनोम संयोजन के प्रायोगिक और जैवसूचना विज्ञान दोनों क्षेत्रों में व्यापक अनुभव और कई पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट के साथ।
●बिक्री के बाद सहायता:परियोजना पूर्ण होने के बाद भी हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम संयोजन | गुणसूत्र-स्तर | जीनोम एनोटेशन |
| 50X इलुमिना नोवासेक PE150
| 30X PacBio CCS HiFi रीड्स | 100X हाई-सी | आरएनए-सीक्वेंसिंग इलुमिना पीई150 10 जीबी + (वैकल्पिक) पूर्ण लंबाई आरएनए-सीक्वेंसिंग पैकबियो 40 जीबी या नैनोपोर 12 जीबी |
सेवा आवश्यकताएँ
जीनोम सर्वेक्षण, जीनोम संयोजन और हाई-सी संयोजन के लिए:
| ऊतक या निकाले गए न्यूक्लिक एसिड | जीनोम सर्वेक्षण | PacBio के साथ जीनोम असेंबली | हाई-सी असेंबली |
| पशु आंतरिक अंग | 0.5-1 ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम | ≥2 ग्राम |
| पशु मांसपेशी | ≥ 5 ग्राम | ||
| स्तनधारी रक्त | 1.5 मिलीलीटर
| ≥ 5 मिलीलीटर | ≥2 मिलीलीटर |
| मुर्गी/मछली का रक्त | ≥ 0.5 मिलीलीटर | ||
| पौधे की ताज़ी पत्तियाँ | 1-2 ग्राम | ≥ 5 ग्राम | ≥ 4 ग्राम |
| संवर्धित कोशिकाएँ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | 0.5-1 ग्राम | ≥ 3 ग्राम | ≥ 2 ग्राम |
| निकाला गया डीएनए | सांद्रता: ≥1 एनजी/µएल मात्रा ≥ 30 एनजी सीमित या नगण्य क्षरण या संदूषण | सांद्रता: ≥ 50 एनजी/µL मात्रा: 10 माइक्रोग्राम/फ्लो सेल/नमूना OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 सीमित या नगण्य क्षरण या संदूषण |
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|
ट्रांसक्रिप्टोमिक्स के साथ जीनोम एनोटेशन के लिए:
| ऊतक या निकाले गए न्यूक्लिक एसिड | इलुमिना ट्रांसक्रिप्टोम | पैकबियो ट्रांसक्रिप्टोम | नैनोपोर ट्रांसक्रिप्टोम |
| पौधे की जड़/तना/पंखुड़ी | 450 मिलीग्राम | 600 मिलीग्राम | |
| पौधा – पत्ती/बीज | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पौधा - फल | 1.2 ग्राम | 1.2 ग्राम | |
| पशु हृदय/आंत | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पशु के आंतरिक अंग/मस्तिष्क | 240 मिलीग्राम | 240 मिलीग्राम | |
| पशु मांसपेशी | 450 मिलीग्राम | 450 मिलीग्राम | |
| जानवरों की हड्डियाँ/बाल/त्वचा | 1 ग्राम | 1 ग्राम | |
| आर्थ्रोपोड - कीट | 6 | 6 | |
| आर्थ्रोपोड - क्रस्टेशिया | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| संपूर्ण रक्त | 1 ट्यूब | 1 ट्यूब | |
| निकाला गया आरएनए | सांद्रता: ≥ 20 एनजी/µL मात्रा ≥ 0.3 माइक्रोग्राम OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 रिन≥ 6 5≥28S/18S≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ μL मात्रा ≥ 0.75 माइक्रोग्राम OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 रिन≥ 8 5≥28S/18S≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ μL मात्रा ≥ 0.75 माइक्रोग्राम OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 रिन≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
(अधिकांश नमूनों के लिए, हम उन्हें इथेनॉल में संरक्षित न करने की सलाह देते हैं।)
नमूना लेबलिंग: नमूनों पर स्पष्ट रूप से लेबल लगा होना चाहिए और वे प्रस्तुत किए गए नमूना सूचना प्रपत्र के समान होने चाहिए।
शिपमेंट: ड्राई आइस: नमूनों को पहले बैग में पैक करना होगा और फिर उन्हें ड्राई आइस में दबा देना होगा।
कार्यप्रवाह
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
संपूर्ण जैवसूचना विश्लेषण, जिसे 4 चरणों में विभाजित किया गया है:
1) एनजीएस रीड्स के साथ के-मेर विश्लेषण पर आधारित जीनोम सर्वेक्षण:
जीनोम के आकार का अनुमान
विषमयुग्मता का अनुमान
दोहराव वाले क्षेत्रों का अनुमान
2) PacBio HiFi के साथ जीनोम असेंबली:
डी नोवोविधानसभा
असेंबली मूल्यांकन: जीनोम की पूर्णता के लिए BUSCO विश्लेषण और NGS तथा PacBio HiFi रीड्स की मैपिंग सहित।
3) हाई-सी असेंबली:
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी: वैध हाई-सी अंतःक्रियाओं का आकलन
हाई-सी असेंबली: कॉन्टिग्स को समूहों में क्लस्टर करना, उसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कॉन्टिग्स को क्रमबद्ध करना और कॉन्टिग्स की दिशा निर्धारित करना।
हाई-सी मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन:
नॉन-कोडिंग आरएनए भविष्यवाणी
पुनरावर्ती अनुक्रमों की पहचान (ट्रांसपोज़ोन और टैंडम रिपीट)
जीन भविष्यवाणी
§डी नोवो: एब इनिशियो एल्गोरिदम
§ समरूपता पर आधारित
§ ट्रांसक्रिप्टोम पर आधारित, लंबी और छोटी रीड्स के साथ: रीड्स हैंडी नोवोमसौदा जीनोम से संयोजित या मैप किया गया
§ एकाधिक डेटाबेस के साथ अनुमानित जीनों का एनोटेशन
1) जीनोम सर्वेक्षण - के-मेर विश्लेषण
2) जीनोम संयोजन
2) जीनोम असेंबली – पैकबियो हाईफाई रीड्स की मैपिंग ड्राफ्ट असेंबली से की गई
2) हाई-सी असेंबली – हाई-सी वैध अंतःक्रिया युग्मों का अनुमान
3) हाई-सी पोस्ट-असेंबली मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन – अनुमानित जीनों का एकीकरण
4) जीनोम एनोटेशन – अनुमानित जीन एनोटेशन
बीएमकेजीन की डी नोवो जीनोम असेंबली सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से करें:
ली, सी. एट अल. (2021) 'जीनोम अनुक्रम वैश्विक फैलाव मार्गों को प्रकट करते हैं और समुद्री घोड़े के विकास में अभिसारी आनुवंशिक अनुकूलन का सुझाव देते हैं', नेचर कम्युनिकेशंस, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ली, वाई. एट अल. (2023) 'बड़े पैमाने पर गुणसूत्र परिवर्तन जीनोम-स्तर अभिव्यक्ति परिवर्तन, पर्यावरणीय अनुकूलन और गेयाल (बोस फ्रंटालिस) में प्रजातिकरण की ओर ले जाते हैं', आणविक जीवविज्ञान और विकास, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
तियान, टी. एट अल. (2023) 'एक प्रमुख सूखा-प्रतिरोधी मक्का जर्मप्लाज्म का जीनोम संयोजन और आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स 2023 55:3, 55(3), पृ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
झांग, एफ. एट अल. (2023) 'सोलानेसी परिवार में दो जीनोम का विश्लेषण करके ट्रॉपेन एल्कलॉइड जैवसंश्लेषण के विकास का खुलासा', नेचर कम्युनिकेशंस 2023 14:1, 14(1), पृ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
चुनौतीपूर्ण केस स्टडी:
टेलोमेयर से टेलोमेयर का संयोजन:फू, ए. एट अल. (2023) 'करेला (मोमोर्डिका चारेंटिया एल. वेर. एब्रीवियाटा सेर.) के टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम असेंबली से फल विकास, संरचना और पकने की आनुवंशिक विशेषताओं का पता चलता है', हॉर्टिकल्चर रिसर्च, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
हैप्लोटाइप संयोजन:हू, डब्ल्यू. एट अल. (2021) 'एलील-परिभाषित जीनोम कसावा विकास के दौरान बायएलीलिक विभेदन को प्रकट करता है', मॉलिक्यूलर प्लांट, 14(6), पृ. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
विशाल जीनोम संयोजन:युआन, जे. एट अल. (2022) 'ट्री पेओनी पेओनिया ओस्टी के गीगा-क्रोमोसोम और गीगा-जीनोम का जीनोमिक आधार', नेचर कम्युनिकेशंस 2022 13:1, 13(1), पृ. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
पॉलीप्लॉइड जीनोम संयोजन:झांग, क्यू. एट अल. (2022) 'ऑटोपॉलीप्लॉइड गन्ना सैकरम स्पोंटेनम के हालिया गुणसूत्र कमी में जीनोमिक अंतर्दृष्टि', नेचर जेनेटिक्स 2022 54:6, 54(6), पृ. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
