पौधे/पशु डी नोवो जीनोम अनुक्रमण
डे नोवोअनुक्रमण, संदर्भ जीनोम की अनुपस्थिति में अनुक्रमण तकनीकों का उपयोग करके किसी प्रजाति के संपूर्ण जीनोम के निर्माण को संदर्भित करता है। तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण, जिसमें लंबे रीड्स शामिल हैं, के आगमन और व्यापक रूप से अपनाए जाने से रीड्स के बीच ओवरलैप बढ़कर जीनोम संयोजन में उल्लेखनीय वृद्धि हुई है। यह सुधार विशेष रूप से चुनौतीपूर्ण जीनोम के लिए प्रासंगिक है, जैसे कि उच्च विषमयुग्मकता, दोहराव वाले क्षेत्रों का उच्च अनुपात, पॉलीप्लॉइड, और दोहराव वाले तत्वों वाले क्षेत्र, असामान्य जीसी सामग्री, या उच्च जटिलता वाले जीनोम, जिन्हें आमतौर पर केवल लघु-रीड अनुक्रमण का उपयोग करके ठीक से संयोजित नहीं किया जाता है।
हमारा वन-स्टॉप समाधान एकीकृत अनुक्रमण सेवाएँ और जैव सूचनात्मक विश्लेषण प्रदान करता है जो एक उच्च-गुणवत्ता वाला डी-नोवो असेंबल्ड जीनोम प्रदान करता है। इल्लुमिना के साथ एक प्रारंभिक जीनोम सर्वेक्षण जीनोम के आकार और जटिलता का अनुमान प्रदान करता है, और इस जानकारी का उपयोग पैकबायो हाईफाई के साथ लॉन्ग-रीड अनुक्रमण के अगले चरण को निर्देशित करने के लिए किया जाता है, जिसके बादनए सिरे सेकंटिग्स की असेंबली। HiC असेंबली के बाद के उपयोग से कंटिग्स को जीनोम से जोड़ा जा सकता है, जिससे गुणसूत्र-स्तरीय असेंबली प्राप्त होती है। अंत में, जीनोम को जीन पूर्वानुमान और अभिव्यक्त जीनों के अनुक्रमण द्वारा एनोटेट किया जाता है, जिसमें लघु और दीर्घ रीड्स वाले ट्रांसक्रिप्टोम का उपयोग किया जाता है।
सेवा सुविधाएँ
● एक ही स्थान पर कई अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान सेवाओं का एकीकरण:
जीनोम के आकार का अनुमान लगाने और आगामी चरणों का मार्गदर्शन करने के लिए इल्लुमिना के साथ जीनोम सर्वेक्षण;
लंबे समय तक पढ़ने के अनुक्रम के लिएनए सिरे सेकंटिग्स की असेंबली;
गुणसूत्र एंकरिंग के लिए हाई-सी अनुक्रमण;
जीन के एनोटेशन के लिए mRNA अनुक्रमण;
असेंबली का सत्यापन.
● रुचि की प्रजातियों के लिए नए जीनोम के निर्माण या मौजूदा संदर्भ जीनोम में सुधार के लिए उपयुक्त सेवा।
सेवा लाभ
अनुक्रमण प्लेटफार्मों और जैव सूचना विज्ञान का विकासनए सिरे सेजीनोम असेंबली
(अमरसिंघे एस.एल. एट अल.,जीनोम जीवविज्ञान, 2020)
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन रिकॉर्डBMKGene ने विविध प्रजातियों के उच्च-गुणवत्ता वाले जीनोम संयोजन में व्यापक अनुभव अर्जित किया है, जिसमें द्विगुणित जीनोम और बहुगुणित तथा बहुगुणित प्रजातियों के अत्यधिक जटिल जीनोम शामिल हैं। 2018 से, हमने 100 से अधिक जीनोम संयोजनों में योगदान दिया है।300 उच्च-प्रभाव वाले प्रकाशन, और उनमें से 20+ नेचर जेनेटिक्स में प्रकाशित हुए हैं.
● वन-स्टॉप समाधानहमारा एकीकृत दृष्टिकोण एकाधिक अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों और जैव सूचनात्मक विश्लेषणों को एक सुसंगत कार्यप्रवाह में जोड़ता है, जिससे उच्च गुणवत्ता वाला एकत्रित जीनोम प्राप्त होता है।
●आपकी आवश्यकताओं के अनुरूपहमारी सेवा कार्यप्रवाह अनुकूलन योग्य है, जिससे विविध विशेषताओं और विशिष्ट शोध आवश्यकताओं वाले जीनोम के लिए अनुकूलन संभव हो जाता है। इसमें विशाल जीनोम, बहुगुणित जीनोम, अत्यधिक विषमयुग्मी जीनोम, आदि को समायोजित करना शामिल है।
●अत्यधिक कुशल जैव सूचना विज्ञान और प्रयोगशाला टीम: जटिल जीनोम संयोजनों के प्रयोगात्मक और जैव सूचना विज्ञान दोनों क्षेत्रों में महान अनुभव और पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट की एक श्रृंखला के साथ।
●बिक्री के बाद सहायता:हमारी प्रतिबद्धता परियोजना के पूरा होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि तक जारी रहती है। इस दौरान, हम परियोजना अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम असेंबली | गुणसूत्र-स्तर | जीनोम एनोटेशन |
| 50X इल्लुमिना नोवासेक PE150
| 30X PacBio CCS HiFi रीड्स | 100X हाई-सी | आरएनए-सीक्वेंस इल्लुमिना PE150 10 जीबी + (वैकल्पिक) पूर्ण लंबाई आरएनए-सीक्वेंस पैकबायो 40 जीबी या नैनोपोर 12 जीबी |
सेवा आवश्यकताएँ
जीनोम सर्वेक्षण, जीनोम असेंबली और हाई-सी असेंबली के लिए:
| ऊतक या निकाले गए न्यूक्लिक एसिड | जीनोम सर्वेक्षण | पैकबायो के साथ जीनोम असेंबली | हाई-सी असेंबली |
| पशु आंत | 0.5-1 ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम | ≥2 ग्राम |
| पशु की मांसपेशी | ≥ 5 ग्राम | ||
| स्तनधारी रक्त | 1.5 मिलीलीटर
| ≥ 5 एमएल | ≥2 एमएल |
| मुर्गी/मछली का खून | ≥ 0.5 एमएल | ||
| पौधा- ताजा पत्ता | 1-2 ग्राम | ≥ 5 ग्राम | ≥ 4 ग्राम |
| संवर्धित कोशिकाएँ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | 0.5-1 ग्राम | ≥ 3 ग्राम | ≥ 2 ग्राम |
| निकाला गया डीएनए | सांद्रता: ≥1 एनजी/µएल मात्रा ≥ 30 एनजी सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं | सांद्रता: ≥ 50 एनजी/ µL मात्रा: 10 µg/प्रवाह सेल/नमूना ओडी260/280=1.7-2.2 ओडी260/230=1.8-2.5 सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं |
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|
ट्रांसक्रिप्टोमिक्स के साथ जीनोम एनोटेशन के लिए:
| ऊतक या निकाले गए न्यूक्लिक एसिड | इल्लुमिना ट्रांसक्रिप्टोम | पैकबायो ट्रांसक्रिप्टोम | नैनोपोर ट्रांसक्रिप्टोम |
| पौधा- जड़/तना/पंखुड़ी | 450 मिलीग्राम | 600 मिलीग्राम | |
| पौधा – पत्ती/बीज | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पौधा - फल | 1.2 ग्राम | 1.2 ग्राम | |
| पशु हृदय/आंत | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पशु आंत/मस्तिष्क | 240 मिलीग्राम | 240 मिलीग्राम | |
| पशु की मांसपेशी | 450 मिलीग्राम | 450 मिलीग्राम | |
| जानवरों की हड्डियाँ/बाल/त्वचा | 1 ग्राम | 1 ग्राम | |
| आर्थ्रोपोड - कीट | 6 | 6 | |
| आर्थ्रोपोडा -क्रस्टेशिया | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| संपूर्ण रक्त | 1 ट्यूब | 1 ट्यूब | |
| निकाले गए आरएनए | सांद्रता: ≥ 20 एनजी/ µL मात्रा ≥ 0.3 µg ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 रिन≥ 6 5≥28एस/18एस≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ μL मात्रा ≥ 0.75 µg ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 रिन≥ 8 5≥28एस/18एस≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ μL मात्रा ≥ 0.75 µg ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 रिन≥ 7.5 5≥28एस/18एस≥1 |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
(अधिकांश नमूनों के लिए, हम इथेनॉल में संरक्षित न करने की सलाह देते हैं।)
नमूना लेबलिंग: नमूनों पर स्पष्ट लेबल लगा होना चाहिए तथा वे प्रस्तुत नमूना सूचना प्रपत्र के समान होने चाहिए।
शिपमेंट: सूखी बर्फ: नमूनों को पहले बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबाना होगा।
कार्यप्रवाह
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएं
पूर्ण जैव सूचना विश्लेषण, 4 चरणों में विभाजित:
1) एनजीएस के साथ के-मेर विश्लेषण पर आधारित जीनोम सर्वेक्षण:
जीनोम आकार का अनुमान
विषमयुग्मकता का अनुमान
दोहराव वाले क्षेत्रों का अनुमान
2) पैकबायो हाईफाई के साथ जीनोम असेंबली:
नए सिरे सेविधानसभा
संयोजन मूल्यांकन: जीनोम पूर्णता के लिए BUSCO विश्लेषण और NGS तथा PacBio HiFi रीड्स का मानचित्रण शामिल है
3) हाई-सी असेंबली:
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी: मान्य हाई-सी इंटरैक्शन का अनुमान
हाई-सी असेंबली: समूहों में कंटिग का क्लस्टरिंग, उसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कंटिग को क्रम देना और कंटिग अभिविन्यास निर्दिष्ट करना
हाई-सी मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन:
गैर-कोडिंग आरएनए भविष्यवाणी
दोहरावदार अनुक्रमों की पहचान (ट्रांसपोज़न और टेंडम दोहराव)
जीन भविष्यवाणी
§नए सिरे से: आरंभिक एल्गोरिदम
§ होमोलॉजी पर आधारित
§ ट्रांसक्रिप्टोम पर आधारित, लंबे और छोटे रीड्स के साथ: रीड्स हैंनए सिरे सेड्राफ्ट जीनोम में एकत्रित या मैप किया गया
§ कई डेटाबेस के साथ पूर्वानुमानित जीनों का एनोटेशन
1) जीनोम सर्वेक्षण- के-मेर विश्लेषण
2) जीनोम असेंबली
2) जीनोम असेंबली - पैकबायो हाईफाई ड्राफ्ट असेंबली के लिए मैपिंग पढ़ता है
2) हाई-सी असेंबली - हाई-सी वैध अंतःक्रिया युग्मों का अनुमान
3) हाई-सी पोस्ट-असेंबली मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन - पूर्वानुमानित जीनों का एकीकरण
4) जीनोम एनोटेशन - अनुमानित जीन एनोटेशन
प्रकाशनों के एक संग्रह के माध्यम से BMKGene की डी नोवो जीनोम असेंबली सेवाओं द्वारा सुगम की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
ली, सी. एट अल. (2021) 'जीनोम अनुक्रम वैश्विक फैलाव मार्गों को प्रकट करते हैं और समुद्री घोड़े के विकास में अभिसारी आनुवंशिक अनुकूलन का सुझाव देते हैं', नेचर कम्युनिकेशंस, 12(1)। doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ली, वाई. एट अल. (2023) 'बड़े पैमाने पर गुणसूत्र परिवर्तन जीनोम-स्तर अभिव्यक्ति परिवर्तन, पर्यावरण अनुकूलन और गायल (बोस फ्रंटलिस) में प्रजातिकरण का कारण बनते हैं', आणविक जीव विज्ञान और विकास, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
तियान, टी. एट अल. (2023) 'एक प्रमुख सूखा-प्रतिरोधी मक्का जर्मप्लाज्म का जीनोम संयोजन और आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स 2023 55:3, 55(3), पृ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
झांग, एफ. एट अल. (2023) 'सोलानेसी परिवार में दो जीनोम का विश्लेषण करके ट्रोपेन एल्कलॉइड जैवसंश्लेषण के विकास का खुलासा', नेचर कम्युनिकेशंस 2023 14:1, 14(1), पृ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
चुनौतीपूर्ण केस-स्टडीज:
टेलोमेर-से-टेलोमेर संयोजन:फू, ए. एट अल. (2023) 'कड़वे तरबूज (मोमोर्डिका चारेंटिया एल. वर. एब्रेविएटा सेर.) के टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम असेंबली से फल के विकास, संरचना और पकने की आनुवंशिक विशेषताओं का पता चलता है', हॉर्टिकल्चर रिसर्च, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
हैप्लोटाइप असेंबली:हू, डब्ल्यू. एट अल. (2021) 'एलील-परिभाषित जीनोम कसावा विकास के दौरान द्वि-एलील भेदभाव को प्रकट करता है', मॉलिक्यूलर प्लांट, 14(6), पृष्ठ 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
विशाल जीनोम असेंबली:युआन, जे. एट अल. (2022) 'ट्री पेओनी पेओनिया ओस्टी के गीगा-क्रोमोसोम और गीगा-जीनोम का जीनोमिक आधार', नेचर कम्युनिकेशंस 2022 13:1, 13(1), पृ. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
पॉलीप्लोइड जीनोम असेंबली:झांग, क्यू. एट अल. (2022) 'ऑटोपॉलीप्लॉइड गन्ने सैकरम स्पोंटेनियम के हालिया गुणसूत्र न्यूनीकरण में जीनोमिक अंतर्दृष्टि', नेचर जेनेटिक्स 2022 54:6, 54(6), पृ. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
