यूकेरियोटिक mRNA विश्लेषण (संदर्भ आधारित और डी नोवो विकल्प उपलब्ध हैं)
यह पाइपलाइन इनपुट के रूप में NGS RNA-Seq डेटा का उपयोग करती है और कई डाउनस्ट्रीम विश्लेषणों से परिणाम उत्पन्न करती है, जिनमें शामिल हैं लेकिन इन्हीं तक सीमित नहीं हैं: अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता मूल्यांकन,डी नोवोट्रांसक्रिप्शन साइट एनोटेशन, वेरिएबल स्प्लिसिंग विश्लेषण, डिफरेंशियल एक्सप्रेशन विश्लेषण, फंक्शन एनोटेशन और एनरिचमेंट विश्लेषण।
दीर्घ गैर-कोडिंग आरएनए विश्लेषण
दीर्घ गैर-कोडिंग आरएनए (lncRNA) 200 nt से अधिक लंबाई वाले गैर-कोडिंग ट्रांसक्रिप्ट होते हैं और क्रोमेटिन संगठन और विनियमन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों और जैवसूचना विज्ञान ने lncRNA अनुक्रमों और स्थिति संबंधी जानकारी को समझने में हमारी क्षमता को बढ़ाया है, जिससे महत्वपूर्ण नियामक कार्यों वाले lncRNA की पहचान करना संभव हुआ है। यह पाइपलाइन यूकेरियोटिक mRNA विश्लेषण पाइपलाइन में उल्लिखित विश्लेषणों के अतिरिक्त lncRNA विश्लेषण प्रदान करती है।
16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन अनुक्रमण
एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण पाइपलाइन को माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषण में वर्षों के अनुभव के आधार पर विकसित किया गया है। इस पाइपलाइन में मानकीकृत बुनियादी विश्लेषण शामिल हैं, जो वर्तमान माइक्रोबियल अनुसंधान और व्यक्तिगत विश्लेषण की मुख्य विषयवस्तु को कवर करते हैं। विश्लेषण रिपोर्ट विस्तृत और व्यापक है, जिसमें विविध व्यक्तिगत विश्लेषण करने का विकल्प भी उपलब्ध है। इसके अतिरिक्त, अतिरिक्त अनुकूलन और नियंत्रण के लिए नमूनों और समूहों को तुरंत संशोधित किया जा सकता है।
शॉटगन मेटाजेनोमिक्स विश्लेषण
शॉटगन मेटाजेनोमिक विश्लेषण पाइपलाइन पर्यावरणीय नमूनों से निकाले गए मिश्रित जीनोमिक पदार्थों से प्राप्त एनजीएस डेटा का उपयोग करती है। इसमें शामिल विश्लेषण प्रजाति विविधता और प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन और पर्यावरणीय कारकों के साथ सहसंबंध नेटवर्क पर विस्तृत जानकारी प्रदान करते हैं।
एनजीएस-डब्ल्यूजीएस वेरिएंट विश्लेषण
NGS-WGS वेरिएंट विश्लेषण एक एकीकृत वेरिएंट पहचान पाइपलाइन है जो डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, अनुक्रम संरेखण, एनोटेशन और जीन उत्परिवर्तन विश्लेषण करती है। यह पाइपलाइन SNP और InDel पहचान के लिए GATK की सर्वोत्तम पद्धतियों का पालन करती है और संरचनात्मक वेरिएंट कॉलिंग के लिए Manta का उपयोग करती है।
जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडी (जीडब्ल्यूएस)
जीडब्ल्यूएस पाइपलाइन एक डाउनस्ट्रीम विश्लेषण है जो पहले से तैयार की गई वीसीएफ फाइलों और व्यक्तियों के एक समूह के संबंधित फेनोटाइप डेटा को इनपुट के रूप में लेती है। विशिष्ट सांख्यिकीय पद्धतियों का उपयोग करते हुए, जीडब्ल्यूएस का उद्देश्य फेनोटाइपिक अंतरों से संबंधित जीनोम-व्यापी न्यूक्लियोटाइड भिन्नताओं का पता लगाना है। यह जटिल मानव रोगों और पौधों और जानवरों में जटिल लक्षणों से जुड़े कार्यात्मक जीनों की खोज में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है।
बल्क सेग्रीगेशन एनालिसिस (बीएसए)
बीएसए विश्लेषण में एक पृथक आबादी से चरम फीनोटाइपिक लक्षणों वाले व्यक्तियों को एकत्रित किया जाता है। एकत्रित नमूनों के बीच विभेदक लोकी की तुलना करके, यह दृष्टिकोण लक्ष्य जीन से जुड़े निकटवर्ती आणविक मार्करों की शीघ्रता से पहचान करता है। पौधों और जानवरों के आनुवंशिक मानचित्रण में व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला यह मार्कर-सहायता प्राप्त प्रजनन के लिए एक मूल्यवान उपकरण है।
विकासवादी आनुवंशिकी विश्लेषण
विकासवादी आनुवंशिकी विश्लेषण कार्यप्रवाह आनुवंशिक विकास परियोजनाओं में बीएमकेजीन के व्यापक अनुभव का लाभ उठाता है और इसमें फाइलोजेनेटिक ट्री निर्माण, लिंकेज असंतुलन विश्लेषण, आनुवंशिक विविधता मूल्यांकन, चयनात्मक स्वीप पहचान, रिश्तेदारी विश्लेषण, प्रमुख घटक विश्लेषण और जनसंख्या संरचना लक्षण वर्णन शामिल हैं।