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जीनोम-वाइड एसोसिएशन विश्लेषण
जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडी (GWAS) का उद्देश्य विशिष्ट लक्षणों (फेनोटाइप) से जुड़े आनुवंशिक वेरिएंट (जीनोटाइप) की पहचान करना है।GWAS अध्ययन आनुवंशिक मार्करों की जांच करता है जो बड़ी संख्या में व्यक्तियों के पूरे जीनोम को पार करते हैं और जनसंख्या स्तर पर सांख्यिकीय विश्लेषण द्वारा जीनोटाइप-फेनोटाइप संघों की भविष्यवाणी करते हैं।यह मानव रोगों और जानवरों या पौधों के जटिल लक्षणों पर कार्यात्मक जीन खनन पर शोध में व्यापक रूप से लागू किया गया है।
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एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण
सिंगल सेल कैप्चरिंग और हाई-थ्रूपुट सीक्वेंसिंग के साथ इंडिविजुअल लाइब्रेरी कंस्ट्रक्शन तकनीक के संयोजन से सेल-बाय-सेल आधार पर जीन एक्सप्रेशन स्टडीज की अनुमति मिलती है।यह जटिल सेल आबादी पर एक गहन और पूर्ण प्रणाली विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जिसमें यह सभी कोशिकाओं का औसत लेकर उनकी विषमता के मास्किंग से काफी हद तक बचता है।
हालाँकि, कुछ कोशिकाएँ एकल-कोशिका निलंबन में बनाने के लिए उपयुक्त नहीं हैं, इसलिए अन्य नमूना तैयार करने के तरीके - ऊतकों से नाभिक निष्कर्षण की आवश्यकता होती है, अर्थात, नाभिक को सीधे ऊतकों या कोशिका से निकाला जाता है और एकल के लिए एकल-नाभिक निलंबन में तैयार किया जाता है- कोशिका अनुक्रमण।
BMK 10× जीनोमिक्स क्रोमियमTM आधारित सिंगल-सेल RNA सिक्वेंसिंग सेवा प्रदान करता है।इस सेवा का व्यापक रूप से रोग संबंधी अध्ययनों पर अध्ययन में उपयोग किया गया है, जैसे कि प्रतिरक्षा कोशिका विभेदन, ट्यूमर विषमता, ऊतक विकास, आदि।
स्थानिक प्रतिलेख चिप: 10 × जीनोमिक्स
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक 6000
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प्लांट/एनिमल होल जीनोम सीक्वेंसिंग
संपूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण, जिसे WGS के रूप में भी जाना जाता है, एकल न्यूक्लियोटाइड पॉलीमॉर्फिज़्म (SNP), सम्मिलन विलोपन (InDel), संरचना भिन्नता (SV), और प्रतिलिपि संख्या भिन्नता (CNV) सहित पूरे जीनोम पर सामान्य और दुर्लभ दोनों प्रकार के उत्परिवर्तन को प्रकट करने में सक्षम बनाता है। ).SVs, SNPs की तुलना में भिन्नता आधार का एक बड़ा हिस्सा बनाते हैं और जीनोम पर अधिक प्रभाव डालते हैं, जिसका जीवित जीवों पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ता है।लंबे समय से पढ़े जाने वाले पुनर्अनुक्रमण से बड़े अंशों और जटिल विविधताओं की अधिक सटीक पहचान की अनुमति मिलती है क्योंकि लंबे समय तक पढ़ने से क्रोमोसोमल क्रॉसिंग को जटिल क्षेत्रों जैसे कि अग्रानुक्रम दोहराना, जीसी / एटी-समृद्ध क्षेत्रों और हाइपर-चर क्षेत्रों पर पार करना बहुत आसान हो जाता है।
प्लेटफार्म: इल्लुमिना, पैकबियो, नैनोपोर
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BMKMANU S1000 स्थानिक प्रतिलेख
कोशिकाओं का स्थानिक संगठन विभिन्न जैविक प्रक्रियाओं में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है, जैसे कि प्रतिरक्षा घुसपैठ, भ्रूण विकास, आदि। स्थानिक ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण, जो स्थानिक स्थिति की जानकारी को बनाए रखते हुए जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंग को इंगित करता है, ट्रांसक्रिप्टोम-स्तरीय ऊतक वास्तुकला में महान अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।प्रौद्योगिकी के विकास के साथ, अति-स्पष्ट ऊतक आकृति विज्ञान और स्थानिक आणविक अभिव्यक्ति के वास्तविक संरचनात्मक अंतर को उच्च संकल्प के साथ अध्ययन करने की आवश्यकता है।BMKGENE नमूनों से जैविक अंतर्दृष्टि के लिए व्यापक, वन-स्टॉप स्थानिक ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा प्रदान करता है।
स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स प्रौद्योगिकियों ने विषम नमूनों में स्थानिक सामग्री के साथ जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल को हल करके विविध अनुसंधान क्षेत्र में उपन्यास दृष्टिकोण को सशक्त बनाया।
स्थानिक प्रतिलेख चिप: BMKMANU S1000
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक 6000
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10x जीनोमिक्स विसियम स्पेसियल ट्रांसक्रिप्टोम
विसियम स्पैटियल जीन एक्सप्रेशन कुल एमआरएनए के आधार पर ऊतक को वर्गीकृत करने के लिए एक मुख्यधारा की स्थानिक प्रतिलेख अनुक्रमण तकनीक है।सामान्य विकास, रोग विकृति विज्ञान, और नैदानिक अनुवाद अनुसंधान में उपन्यास अंतर्दृष्टि खोजने के लिए रूपात्मक संदर्भ के साथ पूरे प्रतिलेख को मानचित्रित करें।BMKGENE नमूनों से लेकर जैविक अंतर्दृष्टि तक व्यापक, वन-स्टॉप स्थानिक ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा प्रदान करता है।
विषम नमूनों में स्थानिक सामग्री के साथ जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल को हल करके स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स प्रौद्योगिकियों ने विविध अनुसंधान क्षेत्र में उपन्यास दृष्टिकोण को सशक्त बनाया.
स्थानिक प्रतिलेख चिप: 10x जीनोमिक्स विसियम
प्लैटफ़ॉर्म:इल्लुमिना नोवासेक 6000
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फुल-लेंथ एमआरएनए सीक्वेंसिंग-नैनोपोर
व्यापक प्रतिलेख विश्लेषण के लिए आरएनए अनुक्रमण एक अमूल्य उपकरण रहा है।निस्संदेह, पारंपरिक लघु-पठन अनुक्रमण ने यहां कई महत्वपूर्ण विकास हासिल किए हैं।फिर भी, यह अक्सर पूर्ण-लंबाई वाले आइसोफॉर्म पहचान, परिमाणीकरण, पीसीआर पूर्वाग्रह में सीमाओं का सामना करता है।
नैनोपोर अनुक्रमण स्वयं को अन्य अनुक्रमण प्लेटफार्मों से अलग करता है, जिसमें न्यूक्लियोटाइड सीधे डीएनए संश्लेषण के बिना पढ़े जाते हैं और दस किलोबेसेस पर लंबे समय तक पढ़ा जाता है।यह पूर्ण-लंबाई वाले प्रतिलेखों को पार करने और आइसोफॉर्म-स्तरीय अध्ययनों में चुनौतियों से निपटने के लिए प्रत्यक्ष रीड-आउट को सशक्त बनाता है।
प्लैटफ़ॉर्म:नैनोपोर प्रोमेथियन
पुस्तकालय:सीडीएनए-पीसीआर
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पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण -PacBio
डे नोवोफुल-लेंथ ट्रांस्क्रिप्टोम सीक्वेंसिंग, के रूप में भी जाना जाता हैडे नोवोIso-Seq रीड लेंथ में PacBio सीक्वेंसर का लाभ लेता है, जो बिना किसी ब्रेक के फुल-लेंथ सीडीएनए अणुओं की सीक्वेंसिंग को सक्षम बनाता है।यह पूरी तरह से ट्रांसक्रिप्ट असेंबली चरणों में उत्पन्न किसी भी त्रुटि से बचा जाता है और आइसोफॉर्म-लेवल रिज़ॉल्यूशन के साथ यूनीजीन सेट का निर्माण करता है।यह यूनीजीन सेट ट्रांसक्रिप्टोम-स्तर पर "संदर्भ जीनोम" के रूप में शक्तिशाली आनुवंशिक जानकारी प्रदान करता है।इसके अलावा, अगली पीढ़ी के अनुक्रमण डेटा के संयोजन के साथ, यह सेवा आइसोफॉर्म-स्तरीय अभिव्यक्ति की सटीक मात्रा का निर्धारण करती है।
प्लेटफार्म: PacBio सीक्वल IIलाइब्रेरी: एसएमआरटी बेल लाइब्रेरी -
यूकेरियोटिक एमआरएनए सीक्वेंसिंग-इलुमिना
एमआरएनए अनुक्रमण विशिष्ट परिस्थितियों में कोशिकाओं से प्रतिलेखित सभी एमआरएनए की प्रोफाइलिंग को सक्षम बनाता है।यह कुछ जैविक प्रक्रियाओं के जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल, जीन संरचनाओं और आणविक तंत्र को प्रकट करने के लिए एक शक्तिशाली तकनीक है।आज तक, मौलिक अनुसंधान, नैदानिक निदान, दवा विकास, आदि में mRNA अनुक्रमण को व्यापक रूप से नियोजित किया गया है।
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक 6000
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गैर-संदर्भ आधारित एमआरएनए अनुक्रमण-इलुमिना
एमआरएनए अनुक्रमण अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक (एनजीएस) को मैसेंजर आरएनए (एमआरएनए) फॉर्म यूकेरियोट को विशिष्ट अवधि में कैप्चर करने के लिए अपनाता है जो कुछ विशेष कार्य सक्रिय कर रहे हैं।सबसे लंबे प्रतिलेख को 'यूनीजीन' कहा जाता था और बाद के विश्लेषण के लिए संदर्भ अनुक्रम के रूप में उपयोग किया जाता था, जो बिना संदर्भ के आणविक तंत्र और प्रजातियों के नियामक नेटवर्क का अध्ययन करने का एक प्रभावी साधन है।
ट्रांसक्रिप्शनल डेटा असेंबली और यूनीजीन फंक्शनल एनोटेशन के बाद
(1) एसएसआर विश्लेषण, सीडीएस भविष्यवाणी और जीन संरचना पूर्वनिर्मित होगी।
(2) प्रत्येक नमूने में यूनीजीन अभिव्यक्ति की मात्रा का प्रदर्शन किया जाएगा।
(3) नमूनों (या समूहों) के बीच अलग-अलग अभिव्यक्त स्वदेशी की खोज एकरूपता के आधार पर की जाएगी
(4) अलग-अलग अभिव्यक्त स्वदेशी के क्लस्टरिंग, कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण किया जाएगा
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लंबी गैर-कोडिंग अनुक्रमण-इलुमिना
लंबे गैर-कोडिंग आरएनए (lncRNAs) 200 एनटी से अधिक लंबाई वाले आरएनए अणुओं का एक प्रकार है, जो बेहद कम कोडिंग क्षमता की विशेषता है।LncRNA, गैर-कोडिंग RNAs में एक प्रमुख सदस्य के रूप में, मुख्य रूप से नाभिक और प्लाज्मा में पाया जाता है।अनुक्रमण प्रौद्योगिकी और जैव सूचना विज्ञान में विकास कई नए lncRNAs की पहचान करने और उन्हें जैविक कार्यों के साथ जोड़ने में सक्षम बनाता है।संचित साक्ष्य बताते हैं कि lncRNA व्यापक रूप से एपिजेनेटिक विनियमन, प्रतिलेखन विनियमन और पोस्ट-ट्रांसक्रिप्शन विनियमन में शामिल है।
