| Platform | Bibliotheekgrootte | Theoretische gegevensopbrengst (per cel) | Nauwkeurigheid van één basis | Toepassingen |
| Nanoporie | 8 kb, 10 kb, 20 kb, ultralang, cDNA-PCR | 70-90Gb/cel | 85-92% | SV-detectie, De novo, Volledige sequentiebepaling, Iso-Seq, Genannotatie, Detectie van DNA-methylatie |
● Ruim 5 jaar ervaring met het PacBio-sequencingplatform, met duizenden afgeronde projecten voor diverse diersoorten.
● BMGGENE is een officiële partner van Oxford Nanopore, met een dubbele platformcertificering voor RNA/DNA.
● Er zijn gangbare modellen sequencers met complete uitrusting en voldoende sequentie-doorvoer.
● Op basis van het Nanopore-platform zijn meer dan 10 denovo-onderzoeken naar dieren en planten gepubliceerd in internationaal gerenommeerde tijdschriften.
| Voorbeeldtype | Hoeveelheid | Concentratie (Qubit ®) | Volume | Zuiverheid | Anderen |
| Genomisch DNA | Afhankelijk van de datavereisten | ≥20 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Duidelijke piek bij 260 nm, geen verontreinigingen. | De concentratie moet worden gemeten met een Qubit en Qubit/Nanopore ≤ 2 |
| Totaal RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; geen verontreinigingen | RIN-waarde ≥7,5 |
Beoordeling van de datakwaliteit van een DNA-monster
Tabel 1. Statistieken over schone data.
| BMKID | rawSeqNum | ruweSomBasis | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | schoneGemiddeldeLen | cleanMaxLen | schoneGemiddeldeKwal |
| DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Beoordeling van de datakwaliteit van een RNA-monster
Tabel 1. Statistieken over schone data.
| Bestandsnaam | ClientID | ReadNum | Basisnummer | N50 | Gemiddelde lengte | Maximale lengte | Gemiddelde Q-score |
| RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Vraag 12 |
Figuur 1. Verdeling van de leeslengte
Figuur 2. Verdeling van de kwaliteitsscore van schone data.
Figuur 3. Verdeling van lengte en kwaliteitsscore van schone data.