Ik ben banner-03

Producten

DNA/RNA-sequencing – Nanopore-sequencer

ONT-sequencing is een technologie voor realtime sequencing van elektrische signalen op moleculair niveau, gebaseerd op nanoporiën. Het sequencingprincipe is voor elk platform hetzelfde. Dubbelstrengs DNA/RNA bindt zich aan nanoporeuze eiwitten die in de biofilm zijn ingebed en ontwindt zich onder invloed van een motoreiwit. Door het spanningsverschil tussen beide zijden van de biofilm passeren de DNA/RNA-strengen met een bepaalde snelheid door het nanoporeuze kanaal. Vanwege de verschillen in chemische eigenschappen van de verschillende basen in de DNA/RNA-streng, veroorzaakt de passage van een enkele base of DNA-molecuul door het nanoporeuze kanaal een verandering in de elektrische signalen. Door deze signalen te detecteren en te koppelen, kunnen de corresponderende basen worden berekend en kan de sequentie in realtime worden bepaald.


Servicegegevens

Demoresultaat

Servicedetails Kenmerken

Platform

Bibliotheekgrootte

Theoretische gegevensopbrengst (per cel)

Nauwkeurigheid van één basis

Toepassingen

Nanoporie

8 kb, 10 kb, 20 kb, ultralang, cDNA-PCR

70-90Gb/cel

85-92%

SV-detectie, De novo, Volledige sequentiebepaling, Iso-Seq, Genannotatie, Detectie van DNA-methylatie

Servicevoordelen

● Ruim 5 jaar ervaring met het PacBio-sequencingplatform, met duizenden afgeronde projecten voor diverse diersoorten.
● BMGGENE is een officiële partner van Oxford Nanopore, met een dubbele platformcertificering voor RNA/DNA.
● Er zijn gangbare modellen sequencers met complete uitrusting en voldoende sequentie-doorvoer.
● Op basis van het Nanopore-platform zijn meer dan 10 denovo-onderzoeken naar dieren en planten gepubliceerd in internationaal gerenommeerde tijdschriften.

Voorbeeldvereisten


Voorbeeldtype

Hoeveelheid

Concentratie (Qubit ®)

Volume

Zuiverheid

Anderen

Genomisch DNA

Afhankelijk van de datavereisten

 ≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Duidelijke piek bij 260 nm, geen verontreinigingen.

De concentratie moet worden gemeten met een Qubit en Qubit/Nanopore ≤ 2

Totaal RNA

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; geen verontreinigingen

RIN-waarde ≥7,5

 

Serviceworkflow

monstervoorbereiding

Monsterpreparatie

Bibliotheekvoorbereiding

Bibliotheekbouw

Volgorde bepalen

Volgorde bepalen

Gegevensanalyse

Gegevensanalyse

Kwaliteitscontrole van het monster

Projectlevering


  • Vorig:
  • Volgende:

  • Beoordeling van de datakwaliteit van een DNA-monster

    Tabel 1. Statistieken over schone data.

    BMKID

    rawSeqNum

    ruweSomBasis

    cleanSeqNum

    cleanSumBase

    cleanN50Len

    cleanN90Len

    schoneGemiddeldeLen

    cleanMaxLen

    schoneGemiddeldeKwal

    DNA_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143.181

    9

    Beoordeling van de datakwaliteit van een RNA-monster

    Tabel 1. Statistieken over schone data.

    Bestandsnaam

    ClientID

    ReadNum

    Basisnummer

    N50

    Gemiddelde lengte

    Maximale lengte

    Gemiddelde Q-score

    RNA_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129.227

    Vraag 12

    Figuur 1. Verdeling van de leeslengte

    A3

    Figuur 2. Verdeling van de kwaliteitsscore van schone data.

    A4

    Figuur 3. Verdeling van lengte en kwaliteitsscore van schone data.

    A5

    Vraag een offerte aan

    Schrijf hier je bericht en stuur het naar ons.

    Stuur ons uw bericht: