Platform | Bibliotheekmaat | Theoretische gegevensopbrengst (per cel) | Enkele base nauwkeurigheid | Toepassingen |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 GB/cel | 85-92% | SV-oproepen, de novo, volledige sequencing, iso-seq, gen-annotatie, detectie van DNA-methylatie |
● Meer dan 5 jaar ervaring op het Pacbio -sequencingplatform met duizenden gesloten projecten met verschillende soorten.
● BMKGENE is een officiële partner van Oxford Nanopore, met RNA/DNA -certificering met dubbele platform.
● Er zijn reguliere modellen van sequencers met volledige apparatuur en voldoende sequencing -doorvoer.
● Op basis van het Nanopore -platform zijn meer dan 10 onderzoekers van dieren- en fabriek Denovo gepubliceerd in internationaal gerenommeerde tijdschriften.
Monstertype | Hoeveelheid | Concentrtie (Qubbit ®) | Volume | Zuiverheid | Anderen |
Genomisch DNA | Afhankelijk van gegevensvereiste | ≥20ng/μl | ≥15 ul | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 ≥1,5 ; Duidelijke piek bij 260 nm, geen verontreinigingen | Concentratie moet worden gemeten door qubit en qubit/nanopore ≤ 2 |
Totaal RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15 ul | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Geen verontreinigingen | RIN -waarde ≥7,5 |
Gegevenskwaliteitsbeoordeling van DNA -monster
Tabel 1. Statistieken over schone gegevens.
BMKID | rawseqnum | rawsumbase | schoonmaak | Cleansumbase | Cleann50Len | Cleann90Len | Cleanmeanlen | CleanMaxlen | schoonmaak |
DNA_BMK01 | 1.218,239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23.090 | 143,181 | 9 |
Gegevenskwaliteitsbeoordeling van RNA -steekproef
Tabel 1. Statistieken over schone gegevens.
Bestandsnaam | ClientId | Leesnum | Basenum | N50 | Gemiddelde lengte | Maximale lengte | Meanqscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047,230.083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Figuur 1. Leeslengteverdeling lees
Figuur 2. Kwaliteitsscore verdeling van schone gegevens
Figuur 3. Lengte en kwaliteitsscore verdeling van schone gegevens