Komplekse og variable alternative isoformer i organismer er viktige genetiske mekanismer for å regulere genuttrykk og proteinmangfold. Nøyaktig identifikasjon av transkripsjonsstrukturer er grunnlaget for dyptgående studier av genuttrykksreguleringsmønstre. Nanopore sekvenseringsplattform har brakt transkriptomisk studie til isoform-nivå. Denne analyseplattformen er designet for å analysere RNA-Seq-data generert på Nanopore-plattformen på basis av referansegenom, som oppnår kvalitative og kvantitative analyser på både gennivå og transkripsjonsnivå.