Liten RNA-sekvensering – Illumina
Funksjoner
● Forberedelse av størrelsesvalgbibliotek.
● Bioinformatisk analyse sentrert rundt miRNA-prediksjon og -mål.
Servicefordeler
●Omfattende ekspertiseVi har behandlet over 300 prøver, som spenner over ulike prøvetyper. Vi bringer vår rike ekspertise til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer sentrale kontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøveforberedelse til bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk. Vår grundige overvåking sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
●Omfattende bioinformatisk analyse:Det muliggjør identifisering av både kjente og nye miRNA-er, identifisering av miRNA-mål og tilsvarende funksjonell annotering og berikelse med flere databaser (KEGG, GO).
●Støtte etter salgVi forstår hvor viktig det er å være til stede, og derfor strekker vår forpliktelse seg utover prosjektets ferdigstillelse med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Datakvalitetskontroll |
| Størrelse valgt | Illumina SE50 | 10–20 millioner avlesninger | Q30≥85% |
Krav til prøve:
Nukleotider:
| Kons. (ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Bein, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9 g
Krepsdyr: 450 mg
● Fullblod2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma:6 ml
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
● Kvalitetskontroll av rådata
● Klassifisering av lite RNA
● miRNA-ekspresjon og differensiell ekspresjonsanalyse
● miRNA-målgen og annotasjon av differensielt uttrykt miRNA-målgen
● Annotering av målgen og berikelse av differensielt uttrykt miRNA-genfunksjon
Identifisering av miRNA: struktur og dybde
Differensiell uttrykk av miRNA – hierarkisk klynging
Funksjonell annotering av målet for differensielt uttrykte miRNAer
Utforsk forskningsfremskrittene som muliggjøres av BMKGene sine sRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Chen, H. et al. (2023) «Virusinfeksjoner hemmer saponinbiosyntese og fotosyntese i Panax notoginseng»,Plantefysiologi og biokjemi, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) «Proteinet FREE1, som inneholder plantebasert FYVE-domene, assosieres med mikroprosessorkomponenter for å undertrykke miRNA-biogenese».EMBO-rapporter24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) «MikroRNA Ame-Bantam-3p kontrollerer larvepuppeutvikling ved å målrette genet for flere epidermale vekstfaktorlignende domener 8 (megf8) i honningbien, Apis mellifera»,Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) «Integrert analyse av miRNA og gener assosiert med kjøttkvalitet avslører at Gga-MiR-140-5p påvirker intramuskulær fettavsetning hos kyllinger»,Cellulær fysiologi og biokjemi, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
