10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Teknisk ordning
Funksjoner
● Oppløsning: 100 µM
● Punktdiameter: 55 µM
● Antall plasser: 4992
● Opptaksområde: 6,5 x 6,5 mm
● Hvert strekkodepunkt er lastet med primere som består av fire seksjoner:
- poly(dT)-hale for mRNA-priming og cDNA-syntese
- Unik molekylær identifikator (UMI) for å korrigere amplifiseringsskjevhet
- Romlig strekkode
- Bindingssekvens for delvis lest 1 sekvenseringsprimer
● H&E-farging av snitt
Fordeler
●Ett-stopp-tjeneste: integrerer alle erfarings- og ferdighetsbaserte trinn, inkludert kryoseksjonering, farging, vevsoptimalisering, romlig strekkoding, bibliotekpreparering, sekvensering og bioinformatikk.
● Høyt kvalifisert teknisk teammed erfaring med over 250 vevstyper og 100+ arter, inkludert mennesker, mus, pattedyr, fisk og planter.
●Oppdatering i sanntid om hele prosjektetmed full kontroll over eksperimentell fremdrift.
●Omfattende standard bioinformatikk:Pakken inneholder 29 analyser og over 100 tall av høy kvalitet.
●Tilpasset dataanalyse og visualiseringtilgjengelig for ulike forskningsforespørsler.
●Valgfri leddanalyse med enkeltcellet mRNA-sekvensering
Spesifikasjoner
| Krav til prøveeksempler | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| OCT-innebygde kryoprøver (Optimal diameter: ca. 6x6x6 mm³) 2 blokker per prøve | 10X Visium cDNA-bibliotek | Illumina PE150 | 50 000 PE-avlesninger per punkt (60 GB) | RIN > 7 |
For mer informasjon om veiledning om prøveforberedelse og arbeidsflyt for tjenesten, ta gjerne kontakt med enBMKGENE-ekspert
Tjenestens arbeidsflyt
I prøveforberedelsesfasen utføres en innledende bulk-RNA-ekstraksjonstest for å sikre at et RNA av høy kvalitet kan oppnås. I vevsoptimaliseringsfasen farges og visualiseres seksjonene, og permeabiliseringsbetingelsene for mRNA-frigjøring fra vev optimaliseres. Den optimaliserte protokollen brukes deretter under bibliotekkonstruksjonen, etterfulgt av sekvensering og dataanalyse.
Den komplette arbeidsflyten for tjenesten involverer sanntidsoppdateringer og kundebekreftelser for å opprettholde en responsiv tilbakemeldingssløyfe, noe som sikrer problemfri prosjektgjennomføring.
Inkluderer følgende analyse:
Datakvalitetskontroll:
o Datautgang og fordeling av kvalitetspoeng
o Gendeteksjon per flekk
o Vevsdekning
Indre utvalgsanalyse:
o Genrikdom
o Punktklynging, inkludert analyse av reduserte dimensjoner
o Differensiell ekspresjonsanalyse mellom klynger: identifisering av markørgener
o Funksjonell annotering og berikelse av markørgener
Intergruppeanalyse
o Rekombinasjon av flekker fra begge prøver (f.eks. syke og kontroll) og reklusjon
o Identifisering av markørgener for hver klynge
o Funksjonell annotering og berikelse av markørgener
o Differensiell uttrykk av samme klynge mellom grupper
Indre utvalgsanalyse
Punktklynging
Identifisering av markørgener og romlig fordeling
Intergruppeanalyse
Datakombinasjon fra begge grupper og omklynging
Markørgener for nye klynger
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes romlige transkriptomikktjeneste fra 10X Visium i disse utvalgte publikasjonene:
Chen, D. et al. (2023) «mthl1, en potensiell Drosophila-homolog av pattedyradhesjons-GPCR-er, er involvert i antitumorreaksjoner på injiserte onkogene celler i fluer».Forhandlingene fra Det nasjonale vitenskapsakademiet i USA, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) «STEEL muliggjør høyoppløselig avgrensning av spatiotemporale transkriptomiske data»,Orienteringer i bioinformatikk, 24(2), s. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) «Et spatiotemporalt atlas over organogenese i utviklingen av orkideblomster»,Forskning på nukleinsyrer, 50(17), s. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) «Integrering av romlig transkriptomikk og enkeltkjerne-RNA-sekvensering avslører potensielle terapeutiske strategier for livmorleiomyomer»,Internasjonalt tidsskrift for biologiske vitenskaper, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
