Prokaryotisk RNA-sekvensering

Prokaryot RNA-sekvensering bruker neste generasjons sekvensering (NGS) for å avsløre tilstedeværelsen og mengden av RNA i et gitt øyeblikk, ved å analysere det skiftende cellulære transkriptomet.Vårt firmas prokaryote RNA-sekvensering, retter seg spesifikt mot prokaryoter med referansegenomer, og gir deg transkriptomprofilering, genstrukturanalyse, etc. Den har blitt mye brukt til grunnleggende vitenskapelig forskning, medikamentforskning og -utvikling og mer.

Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Tjenestespesifikasjoner

Plattform: Illumina NovaSeq-plattform, PE150

Bibliotektype: 350bp cDNA-bibliotek (avhenger av toppdistribusjon)

Sekvenseringsstrategi: Paired-End 150 bp

Anbefalt datamengde: 2 Gb rådata/prøve

Bioinformatikk

(1) Sekvenseringsdatakvalitetskontroll: Nukleotidfordeling, Basekvalitetsfordeling, rRNA-forholdsvurdering;

(2) Sekvensjusteringsanalyse: Justeringsresultatstatistikk, Metning av sekvensering, Dekning av sekvensering;

(3) Referansegenomnotering (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Ekspresjonsanalyse: Ekspresjonsfordeling (Med to eller flere prøver), Analyse av uttrykk mellom prøver (Venn-analyse, Korrelasjonsanalyse, PCA-analyse);

(5) Differensiell ekspresjonsanalyse (med to eller flere prøver);

(6) Gensettanalyse: Vennanalyse, Klyngeanalyse, Funksjonsannotasjonsanalyse (COG, GO, KEGG), Funksjonsanrikningsanalyse (GO, KEGG), Funksjonsanrikningsakkordgraf, Ipath-analyse;

(7) sRNA-analyse: sRNA-prediksjon, sRNA-annotering (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA-sekundær strukturprediksjon, sRNA-målgenprediksjon;

(8) Transkripsjonsstrukturanalyse: Operonanalyse, prediksjon av transkripsjonsstart- og sluttsteder, UTR-annotering og analyse, Promotorsekvensprediksjon, SNP/InDel-analyse (SNP/InDel-annotering, SNP/InDel-regional distribusjon, SNP-statistikk).