Prokaryotisk RNA -sekvensering
Funksjoner
● RNA -prøvebehandling involverte rRNA -uttømming etterfulgt av retningsbestemt RNA -bibliotekforberedelse.
● Bioinformatisk analyse basert på tilpasning til et referansegenom
● Analyse inkluderer genuttrykk og DEG -er, men også transkripsjonsstruktur og sRNA -analyse
Tjenestefordeler
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter over alle trinn, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne omhyggelige overvåkningen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
●Strand-spesifikke sekvenseringsdata: På grunn av at RNA-bibliotekforberedelsen er retningsbestemt, muliggjør identifisering av antissense transkripsjoner.
●Komplett analyse skreddersydd til prokaryote transkriptomer: Den bioinformatiske rørledningen inkluderer ikke bare analyse av genuttrykket, men også analyse av transkriptstrukturen, inkludert identifisering av operoner, UTR og promotører. Det inkluderer også analyse av SRNA, nemlig merknad og prediksjon av sekundærstruktur og mål.
●Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefalt | Kvalitetskontroll |
| rRNA utarmet retningsbibliotek | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
| Conc. (Ng/μl) | Beløp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA -forurensning vist på gel. | Rin≥6,5 |
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat Eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Dry-is: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørkes i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Bioinformatisk analysearbeidsflyt
Inkluderer følgende analyse:
● Rå data kvalitetskontroll
● justering til referansegenomet
● Bibliotek Kvalitetsvurdering: RNA -fragmentering Tilfeldighet, sett størrelse og sekvenseringsmetning
● Funksjonell merknad av forutsagte kodingsgener
● Ekspresjonsanalyse: Korrelasjon og hovedkomponentanalyse (PCA)
● Differensialgenuttrykk (DEG)
● Funksjonell merknad og berikelse av DEG
● SRNA -analyse: prediksjon, merknad, mål og sekundær struktur prediksjon
Ekke
Sekvensering av metning
Funksjonell merknad av kodingsgener
Korrelasjon mellom prøver
Differensial uttrykte gener (DEGS) analyse
Funksjonell berikelsesanalyse
sRNA -merknad
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens nanopore mRNA-sekvenseringstjenester i full lengde i denne kjente publikasjonen.
Guan, CP et al. (2018) 'Globale transkriptomendringer av biofilmdannende Staphylococcus epidermidis reagerer på totale alkaloider av sophorea alopecuroides',Polish Journal of Microbiology, 67 (2), p. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
