De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE tilbyr allsidige løsninger for soppgenomer, som imøtekommer ulike forskningsbehov og ønsket genomkompletthet. Bruk av kortlest Illumina-sekvensering alene tillater generering av et utkast til genom. Short-reads og long-read sekvensering ved bruk av Nanopore eller Pacbio kombineres for et mer raffinert soppgenom med lengre contigs. Dessuten forbedrer integrering av Hi-C-sekvensering mulighetene ytterligere, noe som muliggjør oppnåelse av et komplett genom på kromosomnivå.
Tjenestefunksjoner
Med tre mulige alternativer å velge mellom avhengig av ønsket grad av genomkompletthet:
● Draft Genome Option: Kortlest sekvensering med Illumina NovaSeq PE150.
● Alternativ for soppfint genom:
Genomundersøkelse: Illumina NovaSeq PE150.
Genommontering: PacBio Revio (HiFi-lesninger) eller Nanopore PromethION 48.
● Soppgenom på kromosomnivå:
Genomundersøkelse: Illumina NovaSeq PE150.
Genommontering: PacBio Revio (HiFi-lesninger) eller Nanopore PromethION 48.
Contig forankring med Hi-C montering.
Tjenestefordeler
●Flere sekvenseringsstrategier tilgjengelig: For ulike forskningsmål og krav til genomets fullstendighet
●Komplett arbeidsflyt for bioinformatikk:Dette inkluderer genomsamling og prediksjon av flere genomiske elementer, funksjonell genannotering og contig-ankring.
●Omfattende kompetanse: Med over 12 000 mikrobielle genomer samlet, bringer vi over et tiår med erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner
| Service | Sekvenseringsstrategi | Kvalitetskontroll |
| Utkast til genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85 % |
| Fint genom | Genomundersøkelse: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x eller Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT encellet） contig N50 ≥500kb（Andre） |
| Genomet på kromosomnivå | Genomundersøkelse: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x eller Nanopore 100x Hi-C-montering 100x | Contig forankringsforhold >90 %
|
Servicekrav
| Konsentrasjon (ng/µL) | Total mengde (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Encellet sopp: ≥3,5x1010 celler
Makrosopp: ≥10 g
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
Genomundersøkelse:
- Sekvenseringsdatakvalitetskontroll
- Genom estimering: størrelse, heterozygositet, repeterende elementer
Fine Genome Assembly:
- Sekvensering av datakvalitetskontroll
- De novoForsamling
- Genomkomponentanalyse: Prediksjon av CDS og flere genomiske elementer
- Funksjonell merknad med flere generelle databaser (GO, KEGG, etc.) og avanserte databaser (CARD, VFDB, etc.)
Hi-C-montering:
- Hi-C bibliotekvurdering.
- Contigs forankring clustering, bestilling og orientering
- Evaluering av HI-C Assembly: Basert på referansegenom og varmekart
Genomundersøkelse: k-mer distribusjon
Genomsamling: genhomolog annotering (NR-database)
Genomsamling: funksjonell genannotering (GO)
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes soppgenomsamlingstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrert omisk profilering av den medisinske soppen Inonotus obliquus under neddykkede forhold',BMC Genomics, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURE/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genomsekvensering avslører utviklingen og patogene mekanismene til patogenet Rhizoctonia cerealis med skarpe hveteflekker',The Crop Journal, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomressurser for fire Clarireedia-arter som forårsaker dollarflekker på forskjellige gressgresser',Plantesykdom, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetiske og molekylære bevis på et tetrapolar parringssystem i spisesoppen Grifola frondosa',Journal of Fungi9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
