De novo sopp genommontering
Bmkgene tilbyr allsidige løsninger for soppgenomer, catering til forskjellige forskningsbehov og ønsket genom fullstendighet. Ved å bruke kortlest Illumina-sekvensering alene tillater generering av et trekkgenom. Kortleser og langlesing av nanopore eller PACBIO kombineres for et mer raffinert soppgenom med lengre konturer. I tillegg forbedrer integrering av HI-C-sekvensering ytterligere mulighetene, noe som muliggjør oppnåelse av et komplett genom på kromosomnivå.
Servicefunksjoner
Med tre mulige alternativer å velge mellom, avhengig av ønsket grad av genom fullstendighet:
● Utkast til genomalternativ: Kortlest sekvensering med Illumina Novaseq PE150.
● Sopp fin genomalternativ:
Genome Survey: Illumina Novaseq PE150.
Genomforsamling: Pacbio Revio (Hifi Reads) eller Nanopore Promethion 48.
● Kromosomnivå soppgenom:
Genome Survey: Illumina Novaseq PE150.
Genomforsamling: Pacbio Revio (Hifi Reads) eller Nanopore Promethion 48.
Contig-forankring med HI-C-montering.
Tjenestefordeler
●Flere sekvenseringsstrategier tilgjengelig: For forskjellige forskningsmål og krav til genom fullstendighet
●Komplett arbeidsflyt for bioinformatikk:Dette inkluderer genommontering og prediksjon av flere genomiske elementer, funksjonell gennotasjon og contig -forankring.
●Omfattende kompetanse: Med over 12 000 mikrobielle genom samlet, bringer vi over et tiår med erfaring, et dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
Servicespesifikasjoner
| Service | Sekvenseringsstrategi | Kvalitetskontroll |
| Utkast til genom | Illumina PE150 100X | Q30≥85% |
| Fin genom | Genomundersøkelse: Illumina PE150 50 x Assembly: Pacbio Hifi 30x eller Nanopore 100x | CONTIG N50 ≥1MB （PACBIO Unicellular） CONTIG N50 ≥2MB （ONT Unicellular） Contig N50 ≥500kb （Andre） |
| Kromosomnivå genom | Genomundersøkelse: Illumina PE150 50 x Assembly: Pacbio Hifi 30x eller Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Contig forankringsforhold> 90%
|
Tjenestekrav
| Konsentrasjon (ng/ul) | Totalt beløp (µg) | Volum (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Encellet sopp: ≥3,5x1010 celler
Makro sopp: ≥10 g
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
Genomundersøkelse:
- Sekvensering av datakvalitetskontroll
- Genomestimering: størrelse, heterozygositet, repeterende elementer
Fin genomforsamling:
- Sekvensering av datakvalitetskontroll
- De novoForsamling
- Genomkomponentanalyse: prediksjon av CDer og flere genomiske elementer
- Funksjonell merknad med flere generelle databaser (GO, KEGG, etc.) og avanserte databaser (kort, VFDB, etc.)
Hi-C Assembly:
- HI-C biblioteksvurdering.
- Contigs forankring av klynging, bestilling og orientering
- Evaluering av HI-C-montering: Basert på referansegenom og varmekart
Genomundersøkelse: K-mer Distribusjon
Genomforsamling: Gen homolog merknad (NR -database)
Genomforsamling: Funksjonell gennotasjon (GO)
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens soppgenomsamlingstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrert omisk profilering av medisinsk sopp inonotus obliquus under nedsenkede forhold',BMC Genomics, 24 (1), s. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figurer/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genomsekvensering avslører evolusjonen og patogene mekanismer for hveteskarp øyespotpatogen Rhizoctonia cerealis',Crop Journal, 11 (2), s. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomressurser for fire Clarireedia -arter som forårsaker dollarplass på forskjellige torvgrasser',Plantesykdom, 107 (3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetiske og molekylære bevis på et tetrapolært paringssystem i den spiselige soppen Grifola Frondosa',Journal of Fungi, 9 (10), s. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
