BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

Metagenomisk sekvensering-Nanopore

Metagenomics er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer, etc. Nanopore-sekvenseringsplattformer har nylig introdusert til metagenomiske studier.Dens enestående ytelse i leselengde forbedret i stor grad nedstrøms metagenomisk analyse, spesielt metagenomsammenstilling.Ved å dra fordeler av leselengde, er Nanopore-basert metagenomisk studie i stand til å oppnå mer kontinuerlig montering sammenlignet med hagle-geværmetagenomikk.Det har blitt publisert at Nanopore-basert metagenomikk med suksess genererte komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotech, 2020)

Plattform:Nanopore PromethION P48


Tjenestedetaljer

Demo resultater

BMK sak

Tjenestefordeler

● Høykvalitets montering – Forbedrer nøyaktigheten av artsidentifikasjon og funksjonell genprediksjon

● Lukket bakteriell genomisolering

● Kraftigere og mer pålitelig applikasjon i forskjellige områder, f.eks. påvisning av patogene mikroorganismer eller antibiotikaresistensrelaterte gener

● Komparativ metagenomanalyse

Tjenestespesifikasjoner

 Plattform

Sekvensering

Anbefalte data

Omløpstid

Nanopore

PÅ T

6 G/10 G

65 virkedager

Bioinformatikkanalyser

● Kvalitetskontroll av rådata

● Metagenommontering

● Ikke-redundant gensett og merknad

● Artsmangfoldsanalyse

● Genetisk funksjonsmangfoldsanalyse

● Intergruppeanalyse

● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer

nanopore

Prøvekrav og levering

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:   

TilDNA-ekstrakter:

Eksempeltype

Beløp

Konsentrasjon

Renhet

DNA-ekstrakter

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalt prøvetakingsprosedyre

Jord

Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon.

Avføring

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon.

Tarminnhold

Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør.

Slam

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon

Vann kropp

For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Saml minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør.

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.

Servicearbeidsflyt

prøvelevering

Prøvelevering

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • 1. Varmekart: Artsrikdomsgruppering32. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier43. Artskorrelasjonsnettverk54. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
    6

    BMK sak

    Nanopore metagenomics muliggjør rask klinisk diagnose av bakteriell nedre luftveisinfeksjon

    Publisert:Naturbioteknologi, 2019

    Tekniske høydepunkter
    Sekvensering: Nanopore MinION
    Klinisk metagenomikk bioinformatikk: verts-DNA-utarming, WIMP og ARMA-analyse
    Rask deteksjon: 6 timer
    Høy følsomhet: 96,6 %

    Nøkkelresultater

    I 2006 forårsaket nedre luftveisinfeksjon (LR) 3 millioner menneskers død globalt.Den typiske metoden for LR1-patogendeteksjon er dyrking, som har dårlig følsomhet, lang omløpstid og er mangel på veiledning i tidlig antibiotikabehandling.En rask og nøyaktig mikrobiell diagnose har lenge vært et presserende behov.Dr. Justin fra University of East Anglia og hans partnere har utviklet en Nanopore-basert metagenomisk metode for patogendeteksjon.I henhold til deres arbeidsflyt kan 99,99 % av verts-DNA bli utarmet.Påvisning i patogener og antibiotikaresistente gener kan være ferdig på 6 timer.

    Henvisning
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics muliggjør rask klinisk diagnose av bakteriell nedre luftveisinfeksjon.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: