Plante/dyr de novo genomsekvensering
De novoSekvensering refererer til konstruksjon av en arts hele genom ved bruk av sekvenseringsteknologier i fravær av et referansegenom. Introduksjonen og utbredt adopsjon av tredje generasjons sekvensering, med lengre avlesninger, har forbedret genomsamling betydelig ved å øke overlappingen mellom lesene. Denne forbedringen er spesielt relevant når du arbeider med utfordrende genomer, for eksempel de som viser høy heterozygositet, et høyt forhold mellom repeterende regioner, polyploider og regioner med repeterende elementer, unormalt GC-innhold eller høy kompleksitet som typisk er dårlig samlet ved bruk av kortlesingssekvensering alene.
Vår one-stop-løsning gir integrerte sekvenseringstjenester og bioinformatisk analyse som leverer et de novo samlet genom av høy kvalitet. En innledende genomundersøkelse med Illumina gir estimater av genomstørrelse og kompleksitet, og denne informasjonen brukes til å veilede neste trinn med langlesing sekvensering med Pacbio HIFI, etterfulgt avde novoMontering av Contigs. Den påfølgende bruken av HIC-montering muliggjør forankring av contigs til genomet, og oppnår en kromosomnivåmontering. Til slutt blir genomet merket av genprediksjon og ved sekvensering av uttrykte gener, og tyr til transkriptomer med korte og lange avlesninger.
Servicefunksjoner
● Integrering av flere sekvensering og bioinformatiske tjenester i en one-stop-løsning:
Genomundersøkelse med Illumina for å estimere genomstørrelse og veilede påfølgende trinn;
Langlest sekvensering forde novoMontering av konturer;
HI-C-sekvensering for kromosomforankring;
mRNA -sekvensering for merknad av gener;
Validering av forsamlingen.
● Tjeneste egnet for konstruksjon av nye genomer eller forbedring av eksisterende referansegenomer for arter av interesse.
Tjenestefordeler
Utvikling av sekvenseringsplattformer og bioinformatikk ide novogenommontering
(Amarasinghe sl et al.,Genombiologi, 2020)
●Omfattende kompetanse og publikasjonsrekord: Bmkgene har samlet massiv erfaring med genommontering av høy kvalitet av forskjellige arter, inkludert diploide genomer og svært komplekse genomer av polyploide og allopolyploide arter. Siden 2018 har vi bidratt til over300 publikasjoner med høy innvirkning, og 20+ av dem er publisert i Nature Genetics.
● one-stop-løsning: Vår integrerte tilnærming kombinerer flere sekvenseringsteknologier og bioinformatiske analyser til en sammenhengende arbeidsflyt, og leverer et samlet genom av høy kvalitet.
●Skreddersydd til dine behov: Vår arbeidsflyt kan tilpasses, noe som tillater tilpasning for genomer med forskjellige funksjoner og spesifikke forskningsbehov. Dette inkluderer imøtekommende gigantiske genomer, polyploide genomer, svært heterozygote genomer og mer.
●Svært dyktige bioinformatikk og laboratoriske team: Med stor erfaring i både eksperimentelle og bioinformatikkfronten av komplekse genomsamlinger og en serie patenter og programvareopphavsrett.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
Servicespesifikasjoner
| Genomundersøkelse | Genommontering | Kromosomnivå | Genomnotasjon |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x PACBIO CCS HIFI LESER | 100X HI-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (valgfri) Full lengde RNA-seq Pacbio 40 GB eller Nanopore 12 GB |
Tjenestekrav
For Genome Survey, Genome Assembly og Hi-C Assembly:
| Vev eller ekstraherte nukleinsyrer | Genomundersøkelse | Genommontering med pacbio | Hi-C-montering |
| Animal Viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Dyremuskel | ≥ 5 g | ||
| Pattedyrblod | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Fjærkre/fiskeblod | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant- Ferskt blad | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Dyrkede celler |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insekt | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Ekstrahert DNA | Konsentrasjon: ≥1 ng/ ull Beløp ≥ 30 ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning | Konsentrasjon: ≥ 50 ng/ ul Beløp: 10 ug/strømningscelle/prøve OD260/280 = 1,7-2,2 OD260/230 = 1,8-2,5 Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning |
-
|
For genomnotasjon med transkriptomikk:
| Vev eller ekstraherte nukleinsyrer | Illumina transkriptom | PACBIO -transkriptom | Nanopore transkriptom |
| Plant-rot/stilk/kronblad | 450 mg | 600 mg | |
| Plante - blad/frø | 300 mg | 300 mg | |
| Plante - frukt | 1.2 g | 1.2 g | |
| Animal Heart/Tarm | 300 mg | 300 mg | |
| Animal Viscera/Brain | 240 mg | 240 mg | |
| Dyremuskel | 450 mg | 450 mg | |
| Dyrebein/hår/hud | 1 g | 1 g | |
| Leddyr - insekt | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Helt blod | 1 rør | 1 rør | |
| Ekstrahert RNA | Konsentrasjon: ≥ 20 ng/ ull Mengde ≥ 0,3 ug OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5 ≥28s/18S≥1 | Konsentrasjon: ≥ 100 ng/ ul Mengde ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5 ≥28s/18S≥1 | Konsentrasjon: ≥ 100 ng/ ul Mengde ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7,5 5 ≥28s/18S≥1 |
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
(For de fleste av prøvene anbefaler vi ikke å bevare i etanol.)
Eksempelmerking: Prøver må være tydelig merket og identisk med det innsendte eksemplet informasjonsskjema.
Forsendelse: Dry-is: Prøver må først pakkes i poser og begraves i tørris.
Arbeidsflyt
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Eksempellevering
DNA -ekstraksjon
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Komplett bioinformatisk analyse, atskilt i 4 trinn:
1) Genomundersøkelse, basert på K-MER-analyse med NGS-leser:
Estimering av genomstørrelse
Estimering av heterozygositet
Estimat av repeterende regioner
2) Genomforsamling med Pacbio Hifi:
De novoforsamling
Monteringsvurdering: Inkludert Busco -analyse for genom fullstendighet og kartlegging av NGS og PACBIO HIFI -leser
3) Hi-C-montering:
HI-C Library QC: Estimering av gyldige HI-C-interaksjoner
Hi-C-montering: Clustering av kontigter i grupper, etterfulgt av Contig-bestilling i hver gruppe og tilordne Contig-orientering
HI-C evaluering
4) Genomnotasjon:
Ikke-kodende RNA-prediksjon
Repeterende sekvenser identifikasjon (transposoner og tandem repetisjoner)
Genprediksjon
§De novo: ab initio algoritmer
§ Basert på homologi
§ Basert på transkriptom, med lange og korte avlesninger: leser erde novosamlet eller kartlagt til utkastet til genomet
§ Merknad av forutsagte gener med flere databaser
1) Genomundersøkelse- K-mer-analyse
2) Genomforsamling
2) Genomforsamling - Pacbio Hifi leser kartlegging til utkast til montering
2) Hi-C-montering-Estimering av HI-C gyldige interaksjonspar
3) Hi-C evaluering etter samsvaret
4) Genomnotasjon - Integrering av forutsagte gener
4) Genom merknad - forutsagte gener -merknad
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens de Novo Genome Assembly Services gjennom en kuratert samling av publikasjoner:
Li, C. et al. (2021) 'Genomsekvenser avslører globale spredningsveier og antyder konvergente genetiske tilpasninger i Seahorse Evolution', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'Storskala kromosomale forandringer fører til endringer på genomnivå, miljømessig tilpasning og spesifikasjon i gayal (BOS frontalis)', molekylærbiologi og evolusjon, 40 (1). doi: 10.1093/molBev/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'genommontering og genetisk disseksjon av en fremtredende tørkeresistent mais-kimplasm', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Avslører evolusjon av tropanalkaloidbiosyntese ved å analysere to genomer i Solanaceae -familien', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Utfordrende saksstudier:
Telomere-to-Telomere Assembly:Fu, A. et al. (2023) '' Telomer-to-Telomere Genome Assembly of Bitter Melon (Momordica Charantia L. var. Forkortelse ser.) Avdekker fruktutvikling, komposisjon og modning av genetiske egenskaper ', hagebruk, 10 (1). doi: 10.1093/hr/UHAC228.
Haplotype montering:Hu, W. et al. (2021) 'Alleldefinert genom avslører biallelisk differensiering under kassavautvikling', molekylær plante, 14 (6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Giant genomforsamling:Yuan, J. et al. (2022) 'Genomisk grunnlag for giga-kromosomene og giga-genomet av treet Peony Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), s. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploid genommontering:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomisk innsikt i den nylige kromosomreduksjonen av autopolyploid sukkerrør Saccharum Spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
