BMKMANU S1000 Romlig transkriptom
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Funksjoner
● Oppløsning: 5 µM
● Spotdiameter: 2,5 µM
● Antall plasser: ca. 2 millioner
● 3 mulige fangstområdeformater: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eller 15 mm * 20 mm
● Hver strekkodet perle er lastet med primere som består av 4 seksjoner:
poly(dT)-hale for mRNA-priming og cDNA-syntese
Unik Molecular Identifier (UMI) for å korrigere amplifikasjonsskjevhet
Romlig strekkode
Bindingssekvens av delvis lest 1 sekvenseringsprimer
● H&E og fluorescerende farging av seksjoner
● Mulighet for brukcellesegmenteringsteknologi: integrering av H&E-farging, fluorescerende farging og RNA-sekvensering for å bestemme grensene til hver celle og riktig tilordne genuttrykk til hver celle.
Fordeler med BMKMANU S1000
●Subcellulær oppløsning: Hvert fangstområde inneholdt >2 millioner romlige strekkodede flekker med en diameter på 2,5 µm og en avstand på 5 µm mellom punktsentre, noe som muliggjør romlig transkriptomanalyse med subcellulær oppløsning (5 µm).
●Flernivåoppløsningsanalyse:Fleksibel multi-level analyse fra 100 μm til 5 μm for å løse ulike vevsfunksjoner med optimal oppløsning.
●Mulighet for å bruke "Tre i ett lysbilde" cellesegmenteringsteknologi:Ved å kombinere fluorescensfarging, H&E-farging og RNA-sekvensering på et enkelt lysbilde, styrker vår "tre-i-ett"-analysealgoritme identifisering av cellegrenser for påfølgende cellebasert transkriptomikk.
●Kompatibel med flere sekvenseringsplattformer: Både NGS og langlest sekvensering tilgjengelig.
●Fleksibel design av 1-8 aktive fangstområder: Størrelsen på fangstområdet er fleksibelt, og det er mulig å bruke 3 formater (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm og 15 mm * 20 mm)
●One-stop service: Den integrerer alle erfarings- og ferdighetsbaserte trinn, inkludert kryo-seksjonering, farging, vevsoptimalisering, romlig strekkoding, bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk.
●Omfattende bioinformatikk og brukervennlig visualisering av resultater:Pakken inkluderer 29 analyser og 100+ høykvalitetsfigurer, kombinert med bruk av egenutviklet programvare for å visualisere og tilpasse celledeling og punktklynger.
●Tilpasset dataanalyse og visualisering: tilgjengelig for ulike forskningsforespørsler
●Høyt dyktig teknisk team: med erfaring i over 250 vevstyper og 100+ arter inkludert mennesker, mus, pattedyr, fisk og planter.
●Sanntidsoppdateringer på hele prosjektet: med full kontroll over eksperimentell fremgang.
●Valgfri fellesanalyse med enkeltcellet mRNA-sekvensering
Tjenestespesifikasjoner
|
Prøve Krav
| Bibliotek |
Sekvenseringsstrategi
| Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| OCT-innebygde kryoprøver, 3 blokker per prøve | S1000 cDNA-bibliotek | Illumina PE150 (andre plattformer tilgjengelig) | 100K PE-avlesninger per 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
For mer informasjon om veiledning for prøveforberedelse og servicearbeidsflyt, kan du gjerne snakke med aBMKGENE-ekspert
Servicearbeidsflyt
I prøveforberedelsesfasen utføres en innledende bulk-RNA-ekstraksjonsforsøk for å sikre at et RNA av høy kvalitet kan oppnås. I vevsoptimaliseringsstadiet farges og visualiseres seksjonene, og permeabiliseringsbetingelsene for mRNA-frigjøring fra vev er optimalisert. Den optimaliserte protokollen brukes deretter under bibliotekkonstruksjon, etterfulgt av sekvensering og dataanalyse.
Den komplette tjenestearbeidsflyten involverer sanntidsoppdateringer og klientbekreftelser for å opprettholde en responsiv tilbakemeldingssløyfe, som sikrer jevn prosjektgjennomføring.
Dataene generert av BMKMANU S1000 analyseres ved hjelp av programvaren "BSTMatrix", som er uavhengig designet av BMKGENE, og genererer en genekspresjonsmatrise. Derfra genereres en standardrapport som inkluderer datakvalitetskontroll, indre prøveanalyse og intergruppeanalyse.
● Datakvalitetskontroll:
Datautgang og distribusjon av kvalitetspoeng
Gendeteksjon per sted
Vevsdekning
● indre prøveanalyse:
Genrikdom
Spot clustering, inkludert redusert dimensjonsanalyse
Differensiell ekspresjonsanalyse mellom klynger: identifikasjon av markørgener
Funksjonell annotering og berikelse av markørgener
● Intergruppeanalyse:
Re-kombinasjon av flekker fra både prøver (f.eks. syke og kontroll) og re-cluster
Identifikasjon av markørgener for hver klynge
Funksjonell annotering og berikelse av markørgener
Differensialt uttrykk for samme klynge mellom grupper
I tillegg, BMKGENE utviklet "BSTViewer" er et brukervennlig verktøy som gjør det mulig for brukeren å visualisere genuttrykket og spotclustering ved forskjellige oppløsninger.
BMKGene utviklet programvare for brukervennlig visualisering
BSTViewer-punktklynger med flernivåoppløsning
BSTcellViewer: automatisk og manuell celledeling
Analyse av indre prøve
Punktklynger:
Identifikasjon av markørgener og romlig distribusjon:
Intergruppeanalyse
Datakombinasjon fra begge grupper og re-cluster:
Markørgener for nye klynger:
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes romlige transkripsjonstjenester med BMKManu S1000-teknologien i denne omtalte publikasjonen:
Song, X. et al. (2023) 'Rolig transkriptomikk avslører lysinduserte klorenkymceller involvert i å fremme skuddregenerering i tomatkallus',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America120(38), s. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Du, Y. et al. (2023) "Systematisk sammenligning av sekvenseringsbaserte romlige transkriptomiske metoder",bioRxiv, s. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
