-
BMKMANU S3000_Spatialt transkriptom
Romlig transkriptomikk står i forkant av vitenskapelig innovasjon, og gir forskere mulighet til å fordype seg i intrikate genuttrykksmønstre i vev samtidig som de bevarer deres romlige kontekst. Blant ulike plattformer har BMKGene utviklet BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, som kan skryte av en forbedret oppløsning på 3,5 µm, når det subcellulære området og muliggjør innstillinger for flernivåoppløsning. S3000-brikken, med omtrent 4 millioner flekker, bruker mikrobrønner lagdelt med perler lastet med romlig strekkodede fangprober. Et cDNA-bibliotek, beriket med romlige strekkoder, utarbeides fra S3000-brikken og sekvenseres deretter på Illumina NovaSeq-plattformen. Kombinasjonen av romlig strekkodede prøver og UMI-er sikrer nøyaktigheten og spesifisiteten til dataene som genereres. BMKManu S3000-brikken er ekstremt allsidig, og tilbyr flernivåoppløsningsinnstillinger som kan finjusteres til forskjellige vev og ønskede detaljnivåer. Denne tilpasningsevnen posisjonerer brikken som et enestående valg for ulike romlige transkriptomiske studier, og sikrer presis romlig klynging med minimalt med støy. Bruken av cellesegmenteringsteknologi med BMKManu S3000 muliggjør avgrensning av transkripsjonelle data til cellegrensene, noe som resulterer i en analyse som har direkte biologisk betydning. Videre resulterer den forbedrede oppløsningen til S3000 i et høyere antall gener og UMI-er oppdaget per celle, noe som muliggjør en mye mer nøyaktig analyse av de romlige transkripsjonsmønstrene og klynging av celler.
-
Enkeltkjerne-RNA-sekvensering
Utviklingen av enkeltcellefangst og tilpassede bibliotekkonstruksjonsteknikker, kombinert med sekvensering med høy gjennomstrømning, har revolusjonert genekspresjonsstudier på cellenivå. Dette gjennombruddet gir mulighet for dypere og mer omfattende analyse av komplekse cellepopulasjoner, og overvinner begrensningene forbundet med gjennomsnittlig genuttrykk over alle celler og bevarer den sanne heterogeniteten i disse populasjonene. Mens encellet RNA-sekvensering (scRNA-seq) har ubestridelige fordeler, møter den utfordringer i visse vev der opprettelsen av en encellesuspensjon viser seg å være vanskelig og krever ferske prøver. Hos BMKGene adresserer vi dette hinderet ved å tilby enkeltkjerne-RNA-sekvensering (snRNA-seq) ved å bruke den toppmoderne 10X Genomics Chromium-teknologien. Denne tilnærmingen utvider spekteret av prøver som er mottagelig for transkriptomanalyse på enkeltcellenivå.
Isoleringen av kjerner oppnås gjennom den innovative 10X Genomics Chromium-brikken, med et åtte-kanals mikrofluidikksystem med doble kryssinger. Innenfor dette systemet er gelkuler som inneholder strekkoder, primere, enzymer og en enkelt kjerne innkapslet i nanoliter-størrelse oljedråper, og danner Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Etter GEM-dannelse skjer cellelyse og strekkodefrigjøring innenfor hver GEM. Deretter gjennomgår mRNA-molekyler revers transkripsjon til cDNA, med 10X strekkoder og Unique Molecular Identifiers (UMI). Disse cDNA-ene blir deretter utsatt for standard sekvenseringsbibliotekkonstruksjon, noe som letter en robust og omfattende utforskning av genekspresjonsprofiler på enkeltcellenivå.
Plattform: 10× Genomics Chromium og Illumina NovaSeq-plattform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er en banebrytende teknologi som lar forskere undersøke genuttrykksmønstre i vev samtidig som de bevarer deres romlige kontekst. En kraftig plattform i dette domenet er 10x Genomics Visium kombinert med Illumina-sekvensering. Prinsippet til 10X Visium ligger på en spesialisert brikke med et utpekt fangstområde hvor vevssnitt plasseres. Dette fangstområdet inneholder strekkodede flekker, som hver tilsvarer en unik romlig plassering i vevet. De fangede RNA-molekylene fra vevet merkes deretter med unike molekylære identifikatorer (UMI) under omvendt transkripsjonsprosessen. Disse strekkodede flekkene og UMI-ene muliggjør presis romlig kartlegging og kvantifisering av genuttrykk ved en enkeltcelleoppløsning. Kombinasjonen av romlig strekkodede prøver og UMI-er sikrer nøyaktigheten og spesifisiteten til dataene som genereres. Ved å bruke denne Spatial Transcriptomics-teknologien kan forskere få en dypere forståelse av den romlige organiseringen av celler og de komplekse molekylære interaksjonene som forekommer i vev, og tilby uvurderlig innsikt i mekanismene som ligger til grunn for biologiske prosesser på flere felt, inkludert onkologi, nevrovitenskap, utviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Plattform: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
