Komparativ genomikk
Servicefordeler
●Omfattende ekspertise og publikasjonshistorikkBMKGene har akkumulert fullført over 90 sammenlignende genomikkprosjekter, med en kumulativ effektfaktor på 900.
●Omfattende bioinformatisk analyseAnalysepakken inneholder de åtte mest vanlige analysene, og gir veldesignede, publiseringsklare tall som gjør det enkelt å tolke resultatene.
●Høyt kvalifisert bioinformatikkteam og kort analysesyklusMed lang erfaring innen komparativ genomisk analyse, oppfyller BMKGenes team ulike personlige analysebehov på kort tid.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner
| Estimert behandlingstid | Antall arter | Analyser |
| 30 virkedager | 6–12 | Genfamilieklynging Genfamilieutvidelse og -sammentrekning Fylogenetisk trekonstruksjon Estimering av divergenstid (fossilkalibrering kreves) LTR-innsettingstid (for planter) Helgenomduplisering (for planter) Selektivt trykk Synteny-analyse |
Bioinformatiske analyser
● Genfamilie
● Fylogenetikk
● Divergenstid
● Selektivt trykk
● Syntenianalyse
Prøvekrav og levering
Krav til prøve:
Vev eller DNA for genomsekvensering og montering
For vev
| Arter | Vev | Undersøkelse | Pacbio CCS |
| Dyr | Visceralt vev | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g |
| Muskelvev | |||
| Pattedyrblod | ≥ 0,3 ml | ≥ 1 ml | |
| Fjærkre-/fiskeblod | ≥ 0,05 ml | ≥ 0,1 ml | |
| Insekt | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | |
| Plante | Ferskt blad | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g |
| Vannorganisme | Muskelvev | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g |
| Alger | ≥ 0,5 g | ≥ 3,0 g | |
| Celler | Dyrkede celler | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Data
Genomsekvensfiler (.fasta) og annotasjonsfiler (.gff3) av nært beslektede arter
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
*Demoresultatene som vises her er alle fra genomer publisert med Biomarker Technologies
1. Estimering av LTR-innsettingstid: Figuren viste en unik bimodal fordeling i LTR-RT-innsettingstider i Weining-ruggenomet, sammenlignet med andre arter. Den siste toppen dukket opp for rundt 0,5 millioner år siden.
Li Guang et al.,Naturgenetikk, 2021
2. Fylogeni og genfamilieanalyse av chayote (Sechium edule): Ved å analysere chayote og de andre 13 beslektede artene i genfamilien, ble det funnet at chayote var nærmest beslektet med slangegresskar (Trichosanthes anguina). Chayote stammet fra slangegresskar for rundt 27–45 millioner år siden, og helgenomduplisering (WGD) ble observert i chayote for 25 ± 4 millioner år siden, som er den tredje WGD-hendelsen i cucuibitaceae.
Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021
3. Syntenanalyse: Noen gener relatert til fytohormoner i fruktutvikling ble funnet i chayote, slangegresskar og squash. Korrelasjonen mellom chayote og squash er litt høyere enn mellom chayote og slangegresskar.
Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021
4. Genfamilieanalyse: KEGG-anriking av genfamilieutvidelse og -kontraksjon i G.thurberi- og G.davidsonii-genomene viste at gener relatert til steroidbiosyntese og brassinosteroidbiosyntese ble utvidet.
Yang Z et al.,BMC-biologi, 2021
5. Analyse av helgenomduplisering: 4DTV- og Ks-distribusjonsanalyse viste helgenomduplisering. Topper innen art viste dupliseringshendelser. Topper mellom artene viste artsdannelseshendelser. Analysen indikerte at O. europaea gjennomgikk en storskala genduplikasjon i den senere tid, sammenlignet med de tre andre nært beslektede artene.
Rao G et al.,Hagebruksforskning, 2021
BMK-saken
Rose uten pigg: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning
Publisert: Nasjonal vitenskapsoversikt, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Basye'sTorneløs' (R.Wichurainan) genom:
Ca. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Viktige resultater
1. R.wichuraiana-genomet av høy kvalitet ble konstruert ved hjelp av long-read-sekvenseringsteknikker, noe som ga en sammenstilling på 530,07 Mb (estimert genomstørrelse var omtrent 525,9 Mb ved flowcytometri og 525,5 ved genomundersøkelse; heterozygositeten var rundt 1,03 %). BUSCOs estimerte poengsum var 93,9 %. Sammenlignet med «Old blush» (haploOB) ble kvaliteten og fullstendigheten til dette genomet bekreftet av basenøyaktighet for enkeltbaser og LTR-sammenstillingsindeks (LAI = 20,03). R.wichuraiana-genomet inneholder 32 674 proteinkodende gener.
2. Multiomics felles analyse, bestående av komparativ genomikk, transkriptomikk og QTL-analyse av genetisk populasjon, avslørte den avgjørende artsdannelsen mellom R. wichuraiana og Rosa chinensis. I tillegg var uttrykkvariasjon av relaterte gener i QTL sannsynligvis assosiert med stilkstikkelmønster.
Komparativ genomisk analyse mellom Basye's Thornless og Rosa chinensis, inkludert syntenianalyse, genfamilieklyngeanalyse, ekspansjons- og kontraksjonsanalyse, avdekket et stort antall variasjoner relatert til viktige egenskaper hos roser. Den unike ekspansjonen i NAC- og FAR1/FRS-genfamilien var svært sannsynlig assosiert med resistens mot svartflekk.
Komparativ genomisk analyse mellom BT- og haploOB-genomer.
Zhong, M., et al. «Rose uten pigg: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning»Nasjonal vitenskapsoversikt, 2021;, nwab092.
