条形banner-03

Produkter

Komparativ genomikk

Komparativ genomikk innebærer undersøkelse og sammenligning av hele genomsekvensene og strukturene mellom forskjellige arter. Dette feltet søker å avsløre utviklingen av arter, dekode genfunksjoner og belyse de genetiske reguleringsmekanismene ved å identifisere konserverte eller divergerende sekvensstrukturer og elementer på tvers av forskjellige organismer. En omfattende komparativ genomikkstudie omfatter analyser som genfamilier, evolusjonær utvikling, hel-genomduplikasjonshendelser og virkningen av selektive press.


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

1Komparativ genomikk

Omfattende ekspertise og publikasjonsregistreringer: med akkumulert har BMKGene fullført over 90 komparative genomikkprosjekter, med en kumulativ påvirkningsfaktor nådd 900.

Omfattende bioinformatikkanalyse: analysepakken inneholder de åtte vanligst nødvendige analysene, og gir veldesignede tall som er klare til å publiseres og muliggjør en enkel tolkning av resultatene

Høyt dyktig bioinformatikkteam og kort analysesyklus: med stor erfaring innen komparativ genomikkanalyse, oppfyller BMKGenes team ulike personaliserte analysekrav på kort behandlingstid

Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.

Tjenestespesifikasjoner

Beregnet behandlingstid

Antall arter

Analyser

30 virkedager

6 - 12

Genfamilieklynger

Gene familie utvidelse og sammentrekning

Fylogenetisk trekonstruksjon

Estimering av divergenstid (fossilkalibrering kreves)

LTR-innsettingstid (for planter)

Helgenomduplisering (for planter)

Selektivt trykk

Synteny-analyse

Bioinformatikkanalyser

● Genfamilie

● Fylogenetikk

● Divergenstid

● Selektivt trykk

● Synteny-analyse

流程图Komparativ genomikk

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

Vev eller DNA for genomsekvensering og montering

For vev

Arter

Vev

Undersøkelse

PacBio CCS

Dyr

Visceralt vev

0,5 ~ 1 g

≥ 3,5 g

Muskelvev

≥ 5,0 g

≥ 5,0 ml

Pattedyrblod

≥ 0,5 ml

Fjærkre/fiskeblod

Plante

Ferskt blad

1 ~ 2 g

≥ 5,0 g

 

Kronblad/Stengel

1 ~ 2 g

≥ 10,0 g

 

Rot/frø

1 ~ 2 g

≥ 20,0 g

Celler

Dyrket celle

-

≥ 1 x 108

Data

Genomsekvensfiler (.fasta) og merknadsfiler (.gff3) av nært beslektede arter

Servicearbeidsflyt

Prøve QC

Eksperimentdesign

prøvelevering

Prøvelevering

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • *Demoresultatene vist her er alle fra genomer publisert med Biomarker Technologies

    1.LTR-innsettingstidsestimering: Figuren viste en unik bimodal fordeling i LTR-RTs innsettingstider i Weining ruggenomet, sammenlignet med andre arter. Den siste toppen dukket opp for rundt 0,5 millioner år siden.

    3LTR-innsettingstid-estimering-i-Weining-rug

    Li Guang et al.,Naturgenetikk, 2021

     

     

    2.Fylogeni og genfamilieanalyse på chayote (Sechium edule): Ved å analysere chayote og de andre 13 beslektede artene i genfamilien, ble Chayote funnet å være nærmest beslektet med slangegresskar (Trichosanthes anguina). Chayote avledet fra slangegresskar i rundt 27-45 Mya og helgenomduplisering (WGD) ble observert i chayote i 25±4 Mya, som er den tredje WGD-hendelsen i cucuibitaceae.

    4Fylogenetisk-tre-av-chayote

    Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021

     

     

    3. Synteny-analyse: Noen gener relatert til fytohormoner i fruktutvikling ble funnet i chayote, slangegresskar og squash. Korrelasjonen mellom chayote og squash er litt høyere enn mellom chayote og slangegresskar.

    4Fylogenetisk-tre-av-chayote

    Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021

     

     

    4.Genfamilieanalyse: KEGG-anriking på genfamilieutvidelse og sammentrekning i G.thurberi- og G.davidsonii-genomer viste at steroidbiosyntese og brassinosteroidbiosyntese-relaterte gener ble utvidet.

    4Fylogenetisk-tre-av-chayote

    Yang Z et al.,BMC Biologi, 2021

     

     

    5. Helgenomduplikasjonsanalyse: 4DTV- og Ks-distribusjonsanalyse viste helgenomdupliseringshendelse. Topper av intraspecies vist dupliseringshendelser. Topper av interspecies vist artiasjonshendelser. Analysen indikerte at sammenlignet med de tre andre nært beslektede artene, gikk O. europaea gjennom en storskala genduplisering nylig.

    4Fylogenetisk-tre-av-chayote

    Rao G et al.,Hagebruksforskning, 2021

    BMK sak

    Rose uten prickle: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning

    Publisert: National Science Review, 2021

    Sekvenseringsstrategi:

    «BasyesTornløs' (R.Wichurainan) genom:
    Ca. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Nøkkelresultater

    1. R.wichuraiana-genomet av høy kvalitet ble konstruert ved bruk av langleste sekvenseringsteknikker, som gir en samling på 530,07 Mb (estimert genomstørrelse var omtrent 525,9 Mb ved flowcytometri og 525,5 ved genomundersøkelse; Heterozygositeten var rundt 1,03%). BUSCOs estimerte poengsum var 93,9%. Sammenlignet med "Old blush" (haploOB), ble kvaliteten og fullstendigheten til dette genomet bekreftet av base enkeltbasenøyaktighet og LTR-sammenstillingsindeks (LAI=20,03). R.wichuriana-genomet inneholder 32 674 proteinkodende gener.

    2. Multi-omics felles analyse, bestående av komparativ genomikk, transkriptomikk, QTL-analyse av genetisk populasjon, avslørte den avgjørende spesifikasjonen mellom R. wichuraiana og Rosa chinensis. Også ekspresjonsvariasjon av beslektede gener i QTL var sannsynligvis assosiert med stamprickle-mønster.

    7KEGG-berikelse-på-gen-familie-ekspansjon-og-sammentrekning

    Sammenlignende genomisk analyse mellom Basye's Thornless og Rosa chinensis, inkludert synteny-analyse, genfamilieklynge, ekspansjons- og sammentrekningsanalyse, avslørte et stort antall variasjoner, som var relatert til viktige egenskaper hos roser. Den unike utvidelsen i NAC- og FAR1/FRS-genfamilien var svært sannsynlig forbundet med resistens mot svart flekk.

    81Komparative-genomikk-analyser-mellom-BT-og-OB 82Komparative-genomikk-analyser-mellom-BT-og-OB 83Komparative-genomikk-analyser-mellom-BT-og-OB

    Komparativ genomikkanalyse mellom BT- og haploOB-genomer.

    Referanse

    Zhong, M., et al. "Rose uten prikkel: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning"National Science Review, 2021;, nwab092.

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: