●Omfattende ekspertise og publikasjonsregistreringer: med akkumulert har BMKGene fullført over 90 komparative genomikkprosjekter, med en kumulativ påvirkningsfaktor nådd 900.
●Omfattende bioinformatikkanalyse: analysepakken inneholder de åtte vanligst nødvendige analysene, og gir veldesignede tall som er klare til å publiseres og muliggjør en enkel tolkning av resultatene
●Høyt dyktig bioinformatikkteam og kort analysesyklus: med stor erfaring innen komparativ genomikkanalyse, oppfyller BMKGenes team ulike personaliserte analysekrav på kort behandlingstid
●Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Beregnet behandlingstid | Antall arter | Analyser |
30 virkedager | 6 - 12 | Genfamilieklynger Gene familie utvidelse og sammentrekning Fylogenetisk trekonstruksjon Estimering av divergenstid (fossilkalibrering kreves) LTR-innsettingstid (for planter) Helgenomduplisering (for planter) Selektivt trykk Synteny-analyse |
● Genfamilie
● Fylogenetikk
● Divergenstid
● Selektivt trykk
● Synteny-analyse
For vev
Arter | Vev | Undersøkelse | PacBio CCS |
Dyr | Visceralt vev | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
Muskelvev | |||
≥ 5,0 g | |||
≥ 5,0 ml | |||
Pattedyrblod | |||
≥ 0,5 ml | |||
Fjærkre/fiskeblod | |||
Plante | Ferskt blad | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
Kronblad/Stengel | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
Rot/frø | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
Celler | Dyrket celle | - | ≥ 1 x 108 |
Genomsekvensfiler (.fasta) og merknadsfiler (.gff3) av nært beslektede arter
*Demoresultatene vist her er alle fra genomer publisert med Biomarker Technologies
1.LTR-innsettingstidsestimering: Figuren viste en unik bimodal fordeling i LTR-RTs innsettingstider i Weining ruggenomet, sammenlignet med andre arter. Den siste toppen dukket opp for rundt 0,5 millioner år siden.
Li Guang et al.,Naturgenetikk, 2021
2.Fylogeni og genfamilieanalyse på chayote (Sechium edule): Ved å analysere chayote og de andre 13 beslektede artene i genfamilien, ble Chayote funnet å være nærmest beslektet med slangegresskar (Trichosanthes anguina). Chayote avledet fra slangegresskar i rundt 27-45 Mya og helgenomduplisering (WGD) ble observert i chayote i 25±4 Mya, som er den tredje WGD-hendelsen i cucuibitaceae.
Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021
3. Synteny-analyse: Noen gener relatert til fytohormoner i fruktutvikling ble funnet i chayote, slangegresskar og squash. Korrelasjonen mellom chayote og squash er litt høyere enn mellom chayote og slangegresskar.
Fu A et al.,Hagebruksforskning, 2021
4.Genfamilieanalyse: KEGG-anriking på genfamilieutvidelse og sammentrekning i G.thurberi- og G.davidsonii-genomer viste at steroidbiosyntese og brassinosteroidbiosyntese-relaterte gener ble utvidet.
Yang Z et al.,BMC Biologi, 2021
5. Helgenomduplikasjonsanalyse: 4DTV- og Ks-distribusjonsanalyse viste helgenomdupliseringshendelse. Topper av intraspecies vist dupliseringshendelser. Topper av interspecies vist artiasjonshendelser. Analysen indikerte at sammenlignet med de tre andre nært beslektede artene, gikk O. europaea gjennom en storskala genduplisering nylig.
Rao G et al.,Hagebruksforskning, 2021
BMK sak
Rose uten prickle: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning
Publisert: National Science Review, 2021
Sekvenseringsstrategi:
«BasyesTornløs' (R.Wichurainan) genom:
Ca. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Nøkkelresultater
1. R.wichuraiana-genomet av høy kvalitet ble konstruert ved bruk av langleste sekvenseringsteknikker, som gir en samling på 530,07 Mb (estimert genomstørrelse var omtrent 525,9 Mb ved flowcytometri og 525,5 ved genomundersøkelse; Heterozygositeten var rundt 1,03%). BUSCOs estimerte poengsum var 93,9%. Sammenlignet med "Old blush" (haploOB), ble kvaliteten og fullstendigheten til dette genomet bekreftet av base enkeltbasenøyaktighet og LTR-sammenstillingsindeks (LAI=20,03). R.wichuriana-genomet inneholder 32 674 proteinkodende gener.
2. Multi-omics felles analyse, bestående av komparativ genomikk, transkriptomikk, QTL-analyse av genetisk populasjon, avslørte den avgjørende spesifikasjonen mellom R. wichuraiana og Rosa chinensis. Også ekspresjonsvariasjon av beslektede gener i QTL var sannsynligvis assosiert med stamprickle-mønster.
Sammenlignende genomisk analyse mellom Basye's Thornless og Rosa chinensis, inkludert synteny-analyse, genfamilieklynge, ekspansjons- og sammentrekningsanalyse, avslørte et stort antall variasjoner, som var relatert til viktige egenskaper hos roser. Den unike utvidelsen i NAC- og FAR1/FRS-genfamilien var svært sannsynlig forbundet med resistens mot svart flekk.
Komparativ genomikkanalyse mellom BT- og haploOB-genomer.
Zhong, M., et al. "Rose uten prikkel: genomisk innsikt knyttet til fuktighetstilpasning"National Science Review, 2021;, nwab092.