
mRNA-seq (NGS) med referansegenom
RNA-seq er et standardverktøy på tvers av livs- og avlingsvitenskap, som bygger bro mellom genomer og proteomer. Styrken ligger i å oppdage nye transkripsjoner og kvantifisere deres uttrykk i én analyse. Det er mye brukt for komparative transkriptomiske studier, og kaster lys over gener relatert til forskjellige egenskaper eller fenotyper, som å sammenligne mutanter med villtyper eller avsløre genuttrykk under spesifikke forhold. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrerer ekspresjonskvantifisering, differensiell ekspresjonsanalyse(DEG) og sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq(NGS) bioinformatikk-pipeline og sammenslår styrkene til lignende programvare, noe som sikrer bekvemmelighet og brukervennlighet. Brukere kan laste opp RNA-seq-dataene sine til skyen, der appen tilbyr en omfattende, one-stop bioinformatisk analyseløsning. I tillegg prioriterer den kundeopplevelsen, og tilbyr personaliserte operasjoner skreddersydd til brukernes spesifikke behov. Brukere kan stille inn parametere og sende inn pipeline-oppdraget selv, sjekke den interaktive rapporten, se data/diagrammer og fullføre datautvinning, for eksempel: målgenvalg, funksjonell clustering, diagrammering, etc.
Plattform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-Sekv
Oppsett: Parert, rene data.
Bibliotektype:fr-ustrandet, fr-førstestrand eller fr-andrestrand
Leselengde:150 bp
Filtype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet vilautomatisk sammenkoble .fastq-filene i henhold til filnavnene deres,f.eks *_1.fastq sammenkoblet med *._2.fastq.
Antall prøver:Det er ingen begrensninger på antalletav prøver, men analysetiden vil øke ettersom antallprøver vokser.
Anbefalt datamengde:6G per prøve