BMKCloud Logg på
1

mRNA-seq (NGS) med referansegenom

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) med referansegenom

RNA-seq er et standardverktøy på tvers av livs- og avlingsvitenskap, som bygger bro mellom genomer og proteomer. Styrken ligger i å oppdage nye transkripsjoner og kvantifisere deres uttrykk i én analyse. Det er mye brukt for komparative transkriptomiske studier, og kaster lys over gener relatert til forskjellige egenskaper eller fenotyper, som å sammenligne mutanter med villtyper eller avsløre genuttrykk under spesifikke forhold. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrerer ekspresjonskvantifisering, differensiell ekspresjonsanalyse(DEG) og sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq(NGS) bioinformatikk-pipeline og sammenslår styrkene til lignende programvare, noe som sikrer bekvemmelighet og brukervennlighet. Brukere kan laste opp RNA-seq-dataene sine til skyen, der appen tilbyr en omfattende, one-stop bioinformatisk analyseløsning. I tillegg prioriterer den kundeopplevelsen, og tilbyr personaliserte operasjoner skreddersydd til brukernes spesifikke behov. Brukere kan stille inn parametere og sende inn pipeline-oppdraget selv, sjekke den interaktive rapporten, se data/diagrammer og fullføre datautvinning, for eksempel: målgenvalg, funksjonell clustering, diagrammering, etc.

Demo resultater
Data mining
Importkrav
Hovedanalyse
Referanse
Demo resultater

Data mining

Importkrav

Plattform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-Sekv
Oppsett: Parert, rene data.
Bibliotektype:fr-ustrandet, fr-førstestrand eller fr-andrestrand
Leselengde:150 bp
Filtype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet vilautomatisk sammenkoble .fastq-filene i henhold til filnavnene deres,f.eks *_1.fastq sammenkoblet med *._2.fastq.
Antall prøver:Det er ingen begrensninger på antalletav prøver, men analysetiden vil øke ettersom antallprøver vokser.
Anbefalt datamengde:6G per prøve

Hovedanalyse
De viktigste analyse- og bioinformatiske verktøyene til mRNA-seq (referanse)rørledningen er som følger:
1. Kvalitetskontroll for rådata:
•Fjerning av sekvenser av lav kvalitet, adaptersekvenser,etc;
•Verktøy: egenutviklet rørledning;
2. Justering av data til et referansegenom:
•Justere avlesninger med en spleisebevisst algoritme motreferansegenom.
•Verktøy:HISAT2, samtools
3. Kvalitetsanalyse av biblioteket:
•Sett inn lengdeanalyse, sekvensmetningsanalyse, etc;
•Verktøy:samtools;
4. Sekvensstrukturanalyse:
•Alternativ spleiseanalyse, genstrukturoptimalisering,ny genprediksjon, etc;
•Verktøy:StringTie, gffsammenlign, GATK,DIAMANT, InterProScan, ogHMMER.
5. Differensiell uttrykksanalyse:
•DEG-screening, samrelasjonsanalyse, funksjonellberikelse;
Ulike visualiseringsresultater;
RmedSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Referanse
1. Kim, Daehwan et al. "Graf-basert genomjustering oggenotyping med HISAT2 og HISAT-genotype."NaturBioteknologi37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. "Verktøysettet for genomanalyse: aMapReduce rammeverk for å analysere neste generasjons DNAsekvensere data."Genomforskning209 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. "Sekvensjustering/kartformatet ogSAMtools."Bioinformatikk25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie muliggjør forbedretrekonstruksjon av et transkriptom fra RNA-seq-lesninger."NaturBioteknologi33 (2015): 290-295.
5. Kjærlighet, Michael I. et al. «Moderert estimering av fold endring ogdispersjon for RNA-seq-data med DESeq2."GenomBiologi15 (2014): n. pag.
6. Eddy, Sean R.. "Accelerated Profile HMM Searches."PLoS Beregningsbiologi7 (2011): n. pag.

få et tilbud

Skriv din melding her og send den til oss

Send din melding til oss: