-
Hi-C-basert kromatininteraksjon
Hi-C er en metode designet for å fange genomisk konfigurasjon ved å kombinere sonderende nærhetsbaserte interaksjoner og sekvensering med høy gjennomstrømning. Metoden er basert på kromatintverrbinding med formaldehyd, etterfulgt av fordøyelse og re-ligering på en måte at kun fragmenter som er kovalent bundet vil danne ligeringsprodukter. Ved å sekvensere disse ligeringsproduktene er det mulig å studere 3D-organiseringen av genomet. Hi-C gjør det mulig å studere fordelingen av delene av genomet som er lett pakket (A-rom, euchromatin) og som er mer sannsynlig å være transkripsjonelt aktive, og regionene som er tettere pakket (B-rom, Heterochromatin). Hi-C kan også brukes til å finne topologisk assosierte domener (TADs), regioner av genomet som har foldede strukturer og som sannsynligvis har lignende uttrykksmønstre, og for å identifisere kromatinløkker, DNA-regioner som er forankret sammen av proteiner og som er ofte beriket med regulatoriske elementer. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjeneste gir forskere mulighet til å utforske de romlige dimensjonene til genomikk, og åpner nye veier for å forstå genomregulering og dens implikasjoner for helse og sykdom.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) er en teknikk som utnytter antistoffer til selektivt å berike DNA-bindende proteiner og deres tilsvarende genomiske mål. Dens integrasjon med NGS muliggjør genom-omfattende profilering av DNA-mål assosiert med histonmodifikasjon, transkripsjonsfaktorer og andre DNA-bindende proteiner. Denne dynamiske tilnærmingen muliggjør sammenligninger av bindingssteder på tvers av forskjellige celletyper, vev eller tilstander. ChIP-Seqs applikasjoner spenner fra å studere transkripsjonsregulering og utviklingsveier til å belyse sykdomsmekanismer, noe som gjør det til et uunnværlig verktøy for å forstå genomiske reguleringslandskap og fremme terapeutisk innsikt.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Helgenom bisulfitt sekvensering (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) står som gullstandardmetodikken for dyptgående utforskning av DNA-metylering, nærmere bestemt den femte posisjonen i cytosin (5-mC), en sentral regulator for genuttrykk og cellulær aktivitet. Prinsippet som ligger til grunn for WGBS involverer bisulfittbehandling, som induserer omdannelsen av umetylerte cytosiner til uracil (C til U), mens metylerte cytosiner forblir uendret. Denne teknikken tilbyr enkeltbaseoppløsning, slik at forskere kan undersøke metylomet grundig og avdekke unormale metyleringsmønstre assosiert med forskjellige tilstander, spesielt kreft. Ved å bruke WGBS kan forskere få enestående innsikt i genomomfattende metyleringslandskap, og gi en nyansert forståelse av de epigenetiske mekanismene som ligger til grunn for ulike biologiske prosesser og sykdommer.
-
Analyse for Transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq er en sekvenseringsteknikk med høy gjennomstrømning som brukes for genomomfattende kromatintilgjengelighetsanalyse. Bruken gir en dypere forståelse av de komplekse mekanismene for global epigenetisk kontroll over genuttrykk. Metoden bruker en hyperaktiv Tn5-transposase for å samtidig fragmentere og merke åpne kromatinregioner ved å sette inn sekvenseringsadaptere. Påfølgende PCR-amplifisering resulterer i opprettelsen av et sekvenseringsbibliotek, som muliggjør omfattende identifikasjon av åpne kromatinregioner under spesifikke rom-tid-forhold. ATAC-seq gir et helhetlig syn på tilgjengelige kromatinlandskap, i motsetning til metoder som utelukkende fokuserer på transkripsjonsfaktorbindingssteder eller spesifikke histonmodifiserte regioner. Ved å sekvensere disse åpne kromatinregionene avslører ATAC-seq regioner som er mer sannsynlige for aktive regulatoriske sekvenser og potensielle transkripsjonsfaktorbindingssteder, og tilbyr verdifull innsikt i den dynamiske moduleringen av genuttrykk over genomet.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) har dukket opp som et kostnadseffektivt og effektivt alternativ til Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i DNA-metyleringsforskning. Mens WGBS gir omfattende innsikt ved å undersøke hele genomet med enkeltbaseoppløsning, kan den høye kostnaden være en begrensende faktor. RRBS demper denne utfordringen strategisk ved selektivt å analysere en representativ del av genomet. Denne metodikken er avhengig av berikelse av CpG-øyrike regioner ved MspI-spalting etterfulgt av størrelsesvalg av 200-500/600 bps fragmenter. Følgelig blir bare regioner proksimalt til CpG-øyene sekvensert, mens de med fjerne CpG-øyer er ekskludert fra analysen. Denne prosessen, kombinert med bisulfitt-sekvensering, tillater høyoppløselig deteksjon av DNA-metylering, og sekvenseringstilnærmingen, PE150, fokuserer spesifikt på endene av innsatsene i stedet for midten, noe som øker effektiviteten til metyleringsprofilering. RRBS er et uvurderlig verktøy som muliggjør kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning og fremmer kunnskap om epigenetiske mekanismer.
