-
Hi-C-basert kromatininteraksjon
Hi-C er en metode utviklet for å fange genomisk konfigurasjon ved å kombinere probing av nærhetsbaserte interaksjoner og høykapasitetssekvensering. Metoden er basert på kromatin-kryssbinding med formaldehyd, etterfulgt av fordøyelse og religering på en måte som bare fragmenter som er kovalent bundet, vil danne ligeringsprodukter. Ved å sekvensere disse ligeringsproduktene er det mulig å studere 3D-organiseringen av genomet. Hi-C muliggjør studier av fordelingen av de delene av genomet som er lett pakket (A-rom, eukromatin) og mer sannsynlig å være transkripsjonelt aktive, og de områdene som er tettere pakket (B-rom, heterokromatin). Hi-C kan også brukes til å finne frem til topologisk assosierte domener (TAD-er), regioner av genomet som har foldede strukturer og sannsynligvis har lignende uttrykksmønstre, og til å identifisere kromatinløkker, DNA-regioner som er forankret sammen av proteiner og som ofte er beriket med regulatoriske elementer. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjeneste gir forskere mulighet til å utforske de romlige dimensjonene til genomikk, og åpner nye veier for å forstå genomregulering og dens implikasjoner for helse og sykdom.
-
Kromatinimmunopresipitasjonssekvensering (ChIP-seq)
Kromatinimmunopresipitasjon (CHIP) er en teknikk som utnytter antistoffer for selektivt å berike DNA-bindende proteiner og deres tilsvarende genomiske mål. Integrasjonen med NGS muliggjør genomomfattende profilering av DNA-mål assosiert med histonmodifikasjon, transkripsjonsfaktorer og andre DNA-bindende proteiner. Denne dynamiske tilnærmingen muliggjør sammenligninger av bindingssteder på tvers av ulike celletyper, vev eller tilstander. ChIP-Seqs bruksområder spenner fra å studere transkripsjonsregulering og utviklingsveier til å belyse sykdomsmekanismer, noe som gjør det til et uunnværlig verktøy for å forstå genomiske reguleringslandskap og fremme terapeutisk innsikt.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Helgenombisulfittsekvensering (WGBS)
Denne teknikken, basert på bisulfittbehandling av DNA for å indusere omdannelsen av umetylerte cytosiner til uracil (C til U), samtidig som metylerte cytosiner forblir uendret, står som gullstandardmetoden for grundig utforskning av DNA-metylering, spesielt den femte posisjonen i cytosin (5-mC), en sentral regulator av genuttrykk og cellulær aktivitet.
Denne teknikken tilbyr énbaseoppløsning, slik at forskere kan undersøke metylomet grundig og avdekke unormale metyleringsmønstre i prøvene. Ved å bruke WGBS kan forskere få enestående innsikt i genomomfattende metyleringslandskap, noe som gir en nyansert forståelse av de epigenetiske mekanismene som ligger til grunn for ulike biologiske prosesser og sykdommer.
-
Analyse for transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq er en høykapasitetssekvenseringsteknikk som brukes til genomomfattende kromatintilgjengelighetsanalyse. Bruken gir en dypere forståelse av de komplekse mekanismene bak global epigenetisk kontroll over genuttrykk. Metoden bruker en hyperaktiv Tn5-transposase for å samtidig fragmentere og merke åpne kromatinregioner ved å sette inn sekvenseringsadaptere. Etterfølgende PCR-amplifisering resulterer i opprettelsen av et sekvenseringsbibliotek, som muliggjør omfattende identifisering av åpne kromatinregioner under spesifikke romtidsforhold. ATAC-seq gir et helhetlig syn på tilgjengelige kromatinlandskap, i motsetning til metoder som utelukkende fokuserer på transkripsjonsfaktorbindingssteder eller spesifikke histonmodifiserte regioner. Ved å sekvensere disse åpne kromatinregionene, avslører ATAC-seq regioner som er mer sannsynlig å ha aktive regulatoriske sekvenser og potensielle transkripsjonsfaktorbindingssteder, og gir verdifull innsikt i den dynamiske moduleringen av genuttrykk på tvers av genomet.
-
Redusert representasjonsbisulfittsekvensering (RRBS)
Redusert representasjonsbisulfittsekvensering (RRBS) er avhengig av anriking av CpG-øyrike regioner ved MspI-spaltning etterfulgt av størrelsesseleksjon av 200-500/600 bps-fragmenter. Følgelig sekvenseres bare regioner proksimalt til CpG-øyer, mens de med fjerne CpG-øyer ekskluderes fra analysen. Denne prosessen, kombinert med bisulfittsekvensering, muliggjør høyoppløselig deteksjon av DNA-metylering, og sekvenseringsmetoden, PE150, fokuserer spesifikt på endene av innsatsene i stedet for midten, noe som øker effektiviteten av metyleringsprofilering.
Denne teknikken har dukket opp som et kostnadseffektivt og effektivt alternativ til helgenombisulfittsekvensering (WGBS) i DNA-metyleringsforskning. Selv om WGBS gir omfattende innsikt ved å undersøke hele genomet med enkeltbaseoppløsning, kan den høye kostnaden være en begrensende faktor, og RRBS reduserer denne utfordringen strategisk ved å selektivt analysere en representativ del av genomet. Denne metodikken er et uvurderlig verktøy som muliggjør kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning og fremmer kunnskap om epigenetiske mekanismer.
