Varmekart
Heatmap-verktøyet aksepterer en matrisedatafil som input og lar brukere filtrere, normalisere og gruppere data. Det primære bruksområdet for varmekart er klyngeanalyse av genuttrykksnivå mellom ulike prøver.
Genannotasjon
Genannoteringsverktøyet utfører genannotering basert på sekvensjustering av FASTA-inputfiler mot ulike databaser.
Grunnleggende lokalt justeringssøkverktøy (BLAST)
BLAST-verktøyet er en BMKCloud-integrert versjon av NCBI BLAST og kan brukes til å utføre de samme funksjonene ved hjelp av data lastet opp til BMKCloud-kontoen.
CDS_UTR-prediksjon
CDS_UTR-prediksjonsverktøyet er utviklet for å forutsi kodende regioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i gitte transkriptsekvenser basert på BLAST-resultater mot kjente proteindatabaser og ORF-prediksjonsutfall.
Manhattan-tomten
Manhattan Plot-verktøyet muliggjør visning av eksperimenter med høyt utvalg og brukes ofte i genomomfattende assosiasjonsstudier (GWAS).
Circus-diagram
CIRCOS Diagram-verktøyet gir effektiv visualisering av hvordan genomiske funksjoner er fordelt over genomet. Vanlige funksjoner inkluderer kvantitative loci, SNP-er, InDels, strukturelle og kopitallsvarianter.
Genontologi (GO) berikelse
GO-berikelsesverktøyet tilbyr funksjonell berikelsesanalyse. Den primære programvaren i dette verktøyet er TopGO-Bioconductor-pakken, som inkluderer differensialekspresjonsanalyse, GO-berikelsesanalyse og visualisering av resultatene.
Vektet gen-koekspresjonsnettverksanalyse (WGCNA)
WGCNA er en mye brukt data mining-metode for å oppdage gen-koekspresjonsmoduler. Den kan brukes på ulike ekspresjonsdatasett, inkludert microarray- og NGS-genekspresjonsdata.
InterProScan
InterProScan-verktøyet tilbyr InterPro-proteinsekvensanalyse og -klassifisering.
GO KEGG-berikelse
GO KEGG-berikelsesverktøyet er utformet for å generere et GO-berikelseshistogram, KEGG-berikelseshistogram og KEGG-berikelsesvei basert på et gitt gensett og tilhørende annotering.
