BMKCLOUD Logg inn

Produkter

Enkeltkjerner RNA-sekvensering

Utviklingen av en-cellefangst og tilpassede bibliotekskonstruksjonsteknikker, kombinert med sekvensering med høy gjennomstrømning, har revolusjonert genuttrykksstudier på cellenivå. Dette gjennombruddet muliggjør dypere og mer omfattende analyse av komplekse cellepopulasjoner, og overvinner begrensningene assosiert med gjennomsnittlig genuttrykk over alle celler og bevarer den sanne heterogeniteten i disse populasjonene. Mens enkeltcelle RNA-sekvensering (SCRNA-Seq) har ubestridelige fordeler, møter det utfordringer i visse vev der opprettelsen av en encellesuspensjon viser seg vanskelig og krever ferske prøver. Hos BMKGene adresserer vi dette hinderet ved å tilby en-nucleus RNA-sekvensering (SNRNA-seq) ved bruk av den moderne 10x genomikkkromteknologien. Denne tilnærmingen utvider spekteret av prøver som er mottagelig for transkriptomanalyse på enkeltcelle-nivå.

Isolasjonen av kjerner oppnås gjennom den innovative 10x genomiske krombrikken, med et åtte-kanals mikrofluidikksystem med doble kryssinger. Innenfor dette systemet er gelperler som inkluderer strekkoder, primere, enzymer og en enkelt kjerne innkapslet i oljedråper i nanoliterstørrelse, og danner gelperle-i-emulsjon (GEM). Etter dannelse av perle oppstår cellelysering og frigjøring av strekkode i hver perle. Deretter gjennomgår mRNA -molekyler omvendt transkripsjon i CDNA, og inneholder 10x strekkoder og unike molekylære identifikatorer (UMIS). Disse CDNA-ene blir deretter utsatt for standard sekvenseringsbibliotekskonstruksjon, noe som letter en robust og omfattende utforskning av genuttrykksprofiler på enkeltcellenivå.

Plattform: 10 × Genomics Chromium and Illumina Novaseq Platform

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demo -resultater

Utvalgte publikasjoner

Teknisk ordning

Isolasjonen av kjerner oppnås med 10 × Genomics Chromium ™, som består av åtte-kanals mikrofluidikksystem med doble kryssinger. I dette systemet er en gelperler med strekkoder og grunning, enzymer og en enkelt kjerne innkapslet i oljedråpe i nanoliterstørrelse, og genererer gelperle-i-emulsjon (GEM). Når perle er dannet, utføres cellelysering og frigjøring av strekkoder i hver perle. mRNA er omvendt transkribert til cDNA -molekyler med 10 × strekkoder og UMI, som videre er underlagt standard sekvenseringsbibliotekskonstruksjon.

Funksjoner

● Forberedelse av en-nuclei-suspensjon fra frosne vev

● Dannelse av gelperle-i-emulsjon (GEM) etterfulgt av cDNA-syntese

● Hver perle i en perle er lastet med primere sammensatt av 4 seksjoner:

Poly (DT) hale for mRNA -priming og cDNA -syntese,

Unik molekylær identifikator (UMI) for å korrigere forsterkningsskjevhet

10x strekkode

Bindingssekvens av delvis lest 1 sekvenseringsgrunning

Fordeler

Enkelt-nucleus RNA-sekvensering omgår begrensningene for encelle RNA-sekvensering, muliggjør:

● Bruk av frosne prøver og ikke bare begrenset til ferske prøver

● Lav stress av frosne celler sammenlignet med enzymatisk behandling av friske celler, reflektert i transkriptomdata i form av mindre stressinduserte gener

● Ingen behov for før fjerning av røde blodlegemer

● Ubegrenset cellediameter

● Stort utvalg av prøver som er kvalifisert for analyse, inkludert komplekse og skjøre vevstyper som er utsatt for celleklumping eller ødeleggelse under vevssosiasjon

Prøver som ikke kan analyseres ved enkeltcelle RNA-sekvensering og er kvalifisert for enkeltkjerner RNA-sekvensering:

Celle / vev	Grunn
Unfresh frosset vev	Kan ikke få ferske eller langbesparte organisasjoner
Muskelcelle, megakaryocytt, fett ...	Cellediameter er for stor til å komme inn i instrumentet
Lever…	For skjøre til å bryte, ikke i stand til å skille enkeltceller
Nevroncelle, hjerne ...	Mer følsom, lett å stress, vil endre sekvenseringsresultatene
Bukspyttkjertel, skjoldbrusk ...	Rik på endogene enzymer, som påvirker produksjonen av enkeltcellesuspensjon

Enkeltnukleus vs encelle

Enkelt-nukleus	Enkeltcelle
Ubegrenset cellediameter	Cellediameter: 10-40 μm
Materialet kan frosset vev	Materialet må være friskt vev
Lav stress av frosne celler	Enzymbehandling kan forårsake cellespenningsreaksjon
Ingen røde blodlegemer må fjernes	Røde blodlegemer må fjernes
Nuclear uttrykker bioinformasjon	Hele cellen uttrykker bioinformasjon

Spesifikasjoner

Prøvekrav

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Data anbefalt

Kvalitetskontroll

Dyrevev ≥ 200 mg

Plantevev ≥ 400 mg

10x Genomics SN CDNA -bibliotek

Illumina PE150

100K PE leser per celle

(100-200 GB)

700-1200 kjerner/μL og kjernerimering observert under mikroskop

For mer informasjon om prøveflyt for prøveforberedelse og arbeidsflytBmkgene Expert

Servicearbeidsflyt

Tidligere: Plante/dyr hele genomsekvensering

NESTE: Genom-bred assosiasjonsanalyse

Inkluderer følgende analyse:

● Kvalitetskontroll: antall celler, gendeteksjon, nøyaktig identifisering av celler, RNA -molekyler og ekspresjonskvantifisering

● indre prøveanalyse:

Cell Clustering og Cluster Annotation

Differensialuttrykksanalyse: Identifisering av DEG i klynger

Funksjonell merknad og berikelse av klyngedegger

● Intergruppeanalyse:

Kombinasjon av data

Differensiell ekspresjonsanalyse: Identifisering av DEG i grupper

Funksjonell merknad og berikelse av gruppe Degs

● Avansert analyse:

Cellesyklusanalyse

Pseudotime -analyse

Cellekommunikasjonsanalyse (CellphonedB)

Gensettanrikningsanalyse (GSEA)

Indre prøveanalyse

Cell Clustering:

Differensialuttrykksanalyse: Cluster Degs

Intergruppeanalyse

Differensialuttrykksanalyse: Gruppe Degs

Avansert analyse:

Pseudotime -analyse:

Cellesyklusanalyse:

Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av BMKGENEs enkelt-NUCLEUS RNA-sekvenseringstjenester av 10x krom i disse kjente publikasjonene:

Wang, L. et al. (2021) 'Encell transkriptomisk analyse avslører immunlandskapet i lunge i steroidresistent astma forverring',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118 (2), p. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Et globalt regulatorisk nettverk for dysregulert genuttrykk og unormal metabolsk signalering i immunceller i mikro -miljøet til Graves' sykdom og Hashimotos tyreoiditt ',Grenser i immunologi, 13, s. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.

Tian, H. et al. (2023) 'Encell-transkriptom avdekker heterogenitet og immunresponser av leukocytter etter vaksinasjon med inaktivert Edwardsiella tarda i Flounder (Paralichthys Olivaceus)',Havbruk, 566, p. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodynamisk terapi forbedrer resultatet av immunsjekkpunkthemmere via ombygging av antitumorimmunitet hos pasienter med gastrisk kreft',Gastrisk kreft, 26 (5), s. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/beregninger.