-
Genomomfattende assosiasjonsanalyse
Genomomfattende assosiasjonsstudie (GWAS) tar sikte på å identifisere genetiske varianter (genotype) som assosieres med spesifikke egenskaper (fenotype).GWAS-studien undersøker genetiske markører på tvers av hele genomet til et stort antall individer og forutsier genotype-fenotype-assosiasjoner ved statistisk analyse på populasjonsnivå.Det har blitt mye brukt i forskning på menneskelige sykdommer og funksjonell genutvinning på komplekse egenskaper hos dyr eller planter.
-
Enkeltkjerne RNA-sekvensering
Fremskrittet innen enkeltcellefangst og individuell bibliotekkonstruksjonsteknikk kombinert med sekvensering med høy gjennomstrømning tillater genekspresjonsstudier på celle-for-celle basis.Den muliggjør en dypere og fullstendig systemanalyse på komplekse cellepopulasjoner, der den i stor grad unngår maskering av deres heterogenitet ved å ta gjennomsnittet av alle celler.
Noen celler er imidlertid ikke egnet til å gjøres om til encellesuspensjon, så andre prøveforberedelsesmetoder - kjerneekstraksjon fra vev er nødvendig, det vil si at kjernen ekstraheres direkte fra vev eller celle og klargjøres til enkeltkjernesuspensjon for enkelt- cellesekvensering.
BMK tilbyr 10× Genomics ChromiumTM basert encellet RNA-sekvenseringstjeneste.Denne tjenesten har blitt mye brukt i studier på sykdomsrelaterte studier, som immuncelledifferensiering, tumorheterogenitet, vevsutvikling, etc.
Romlig transkriptombrikke: 10× Genomics
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Plante-/dyre-helgenomsekvensering
Re-sekvensering av hele genomet, også kjent som WGS, gjør det mulig å avsløre både vanlige og sjeldne mutasjoner på hele genomet, inkludert Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) og Copy Number Variation (CNV) ).SV-er utgjør en større del av variasjonsbasen enn SNP-er og har større innvirkning på genomet, noe som har en betydelig effekt på levende organismer.Langlest resequencing muliggjør mer presis identifikasjon av store fragmenter og kompliserte variasjoner fordi lange lesninger gjør det mye lettere å kromosomal kryssing over kompliserte regioner som tandem-repetisjoner, GC/AT-rike regioner og hypervariable regioner.
Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Romlig transkriptom
Romlig organisering av celler spiller en viktig rolle i ulike biologiske prosesser, som immuninfiltrasjon, embryoutvikling, etc. Romlig transkriptomsekvensering, som indikerer genekspresjonsprofilering samtidig som informasjon om romlig posisjon beholder, har gitt stor innsikt i vevsarkitektur på transkriptomnivå.Med utviklingen av teknologi, må den ultraklare vevsmorfologien og den virkelige strukturelle forskjellen i romlig molekylært uttrykk studeres med høyere oppløsning.BMKGENE tilbyr omfattende romlig transkriptomsekvenseringstjeneste på ett stopp fra prøver til biologisk innsikt.
Romlige transkriptomiske teknologier styrket nye perspektiver på forskjellige forskningsarenaer ved å løse genuttrykksprofilen med romlig innhold i heterogene prøver.
Romlig transkriptombrikke: BMKMANU S1000
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression er en vanlig romlig transkriptomsekvenseringsteknologi for klassifisering av vev basert på totalt mRNA.Kartlegg hele transkriptomet med morfologisk kontekst for å oppdage ny innsikt i normal utvikling, sykdomspatologi og klinisk translasjonsforskning.BMKGENE tilbyr omfattende romlig transkriptomsekvenseringstjeneste på ett stopp fra prøver til biologisk innsikt.
Romlige transkriptomiske teknologier styrket nye perspektiver på ulike forskningsarenaer ved å løse genekspresjonsprofil med romlig innhold i heterogene prøver.
Romlig transkriptombrikke: 10x Genomics Visium
Plattform:Illumina NovaSeq 6000
-
Full-lengde mRNA-sekvensering-Nanopore
RNA-sekvensering har vært et uvurderlig verktøy for omfattende transkriptomanalyse.Utvilsomt oppnådde tradisjonell kortlest sekvensering en rekke viktige utviklinger her.Ikke desto mindre møter den ofte begrensninger i isoformidentifikasjoner i full lengde, kvantifisering, PCR-skjevhet.
Nanopore-sekvensering skiller seg fra andre sekvenseringsplattformer ved at nukleotidene leses direkte uten DNA-syntese og genererer lang lesning ved titalls kilobaser.Dette muliggjør direkte lesing som krysser full-lengde transkripsjoner og takler utfordringene i studier på isoformnivå.
Plattform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
Full-lengde mRNA-sekvensering -PacBio
De novofull-lengde transkriptomsekvensering, også kjent somDe novoIso-Seq tar fordelene med PacBio-sequencer i leselengde, som muliggjør sekvensering av cDNA-molekyler i full lengde uten pauser.Dette unngår fullstendig feil generert i transkripsjonsmonteringstrinn og konstruerer unigen sett med isoform-nivå oppløsning.Disse unigensettene gir kraftig genetisk informasjon som "referansegenom" på transkriptomnivå.I tillegg, i kombinasjon med neste generasjons sekvenseringsdata, gir denne tjenesten en nøyaktig kvantifisering av uttrykk på isoformnivå.
Plattform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT klokkebibliotek -
Eukaryotisk mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering muliggjør profilering av alle mRNA-er transkribert fra celler under spesifikke forhold.Det er en kraftig teknologi for å avsløre genekspresjonsprofil, genstrukturer og molekylære mekanismer for visse biologiske prosesser.Til dags dato har mRNA-sekvensering vært mye brukt i grunnleggende forskning, klinisk diagnostikk, medikamentutvikling, etc.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Ikke-referansebasert mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering tar i bruk neste generasjons sekvenseringsteknikk (NGS) for å fange opp messenger-RNA (mRNA) fra eukaryot i en bestemt periode som noen spesielle funksjoner aktiveres.Det lengste transkriptet som ble spleiset ble kalt 'Unigene' og ble brukt som referansesekvens for påfølgende analyse, som er et effektivt middel for å studere den molekylære mekanismen og det regulatoriske nettverket til arten uten referanse.
Etter transskriptomdatasamling og unigen funksjonell merknad
(1)SSR-analyse, CDS-prediksjon og genstruktur vil bli utført.
(2) Kvantifisering av unigen uttrykk i hver prøve vil bli utført.
(3) Differensielt uttrykte unigener mellom prøver (eller grupper) vil bli oppdaget basert på unigen uttrykk
(4) Clustering, funksjonell annotering og berikelsesanalyse av differensielt uttrykte unigener vil bli utført
-
Lang ikke-kodende sekvensering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA-er (lncRNA-er) er en type RNA-molekyler med lengde over 200 nt, som er karakterisert ved ekstremt lavt kodepotensial.LncRNA, som et nøkkelmedlem i ikke-kodende RNA-er, finnes hovedsakelig i kjerne og plasma.Utviklingen innen sekvenseringsteknologi og bioinformtikk muliggjør identifisering av en rekke nye lncRNA-er og assosierer de med biologiske funksjoner.Akkumulative bevis tyder på at lncRNA er mye involvert i epigenetisk regulering, transkripsjonsregulering og post-transkripsjonsregulering.
-
Liten RNA-sekvensering-Illumina
Lite RNA refererer til en klasse av ikke-kodende RNA-molekyler som vanligvis er mindre enn 200 nt lange, inkludert mikro-RNA (miRNA), lite interferens-RNA (siRNA) og piwi-interagerende RNA (piRNA).
MikroRNA (miRNA) er en klasse av endogene små RNA med en lengde på omtrent 20-24nt, som spiller en rekke viktige regulatoriske roller i celler.miRNA involvert i mange livsprosesser som avslører vev – spesifikt og stadium – spesifikt uttrykk og sterkt bevart i forskjellige arter.
-
circRNA-sekvensering-Illumina
Hele transkriptomsekvensering er designet for å profilere alle typer RNA-molekyler, inkludert kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA (inkludert lncRNA, circRNA og miRNA) som transkriberes av spesifikke celler på et bestemt tidspunkt.Hele transkriptomsekvensering, også kjent som "total RNA-sekvensering" tar sikte på å avsløre omfattende regulatoriske nettverk på transkriptomnivå.Ved å utnytte NGS-teknologien er sekvenser av hele transkriptomprodukter tilgjengelige for ceRNA-analyse og felles RNA-analyse, som gir det første skrittet mot funksjonell karakterisering.Avslørende regulatorisk nettverk av circRNA-miRNA-mRNA-basert ceRNA.
