circRNA-sekvensering-Illumina
Egenskaper
● rRNA-uttømming etterfulgt av retningsbestemt bibliotekforberedelse, som muliggjør sekvenseringsdata som er strengspesifikke.
● Bioinformatisk arbeidsflyt muliggjør circRNA-prediksjon og ekspresjonskvantifisering
Tjenestefordeler
●Mer omfattende RNA-biblioteker:vi bruker rRNA-uttømming i stedet for lineær RNA-uttømming i pre-biblioteket vårt, og sikrer at sekvenseringsdataene inkluderer ikke bare circRNA, men også mRNA og lncRNA, noe som muliggjør felles analyse på disse datasettene
●Valgfri analyse av konkurrerende endogene RNA (ceRNA) nettverk: gir dypere innsikt i cellulære reguleringsmekanismer
●Omfattende kompetanse: Med en merittliste med å behandle over 20 000 prøver hos BMK, som spenner over forskjellige prøvetyper og lncRNA-prosjekter, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk.Denne grundige overvåkingen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
● Støtte etter salg: Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode.I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Data QC |
| Poly A beriket | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥6,5; For dyr: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Bein, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9g
Krepsdyr: 450 mg
● Fullblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1. Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
circRNA-prediksjon: kromosomfordeling
Differensielt uttrykte circRNAs - Vulkanplott
Differensielt uttrykte circRNAs - hierarkisk clustering
Funksjonell berikelse av circRNAs vertsgener
Utforsk forskningsfremskritt tilrettelagt av BMKGene' circRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 regulerer dannelse av circRNA og mikroRNA-mediert gendemping i hepatocellulært karsinom', Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsivt transkriptom avslører rollen til det sirkulære RNA133 i sykdomsresistens ved å regulere ekspresjonen av OsARAB i ris', Phytopathology Research, 5(1), s. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURE/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulerer balansen mellom sirkulære og lineære transkripsjoner i hepatocellulært karsinom'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) "Omfattende evaluering av circRNAs i cirrhotisk kardiomyopati før og etter levertransplantasjon", International Immunopharmacology, 114, s.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
