CircRNA sekvensering-illumina
Funksjoner
● RRNA-uttømming etterfulgt av retningsbestemt bibliotekforberedelse, noe som muliggjør strengspesifikke sekvenseringsdata.
● Bioinformatisk arbeidsflyt muliggjør circRNA -prediksjon og ekspresjonskvantifisering
Tjenestefordeler
●Mer omfattende RNA -biblioteker:Vi bruker rRNA-uttømming i stedet for lineær RNA-uttømming i vårt pre-inbibrary preparat, og sikrer at sekvenseringsdataene inkluderer ikke bare circRNA, men også mRNA og lncRNA, noe som muliggjør felles analyse av disse datasettene
●Valgfri analyse av konkurrerende endogent RNA (CERNA) nettverk: Å gi dypere innsikt i cellulære reguleringsmekanismer
●Omfattende kompetanse: Med en oversikt over behandling av over 20 000 prøver på BMKGene, som spenner over forskjellige prøvetyper og lncRNA -prosjekter, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter over alle trinn, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne omhyggelige overvåkningen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
● Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Data QC |
| rRNA utarmet retningsbibliotek | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (Ng/μl) | Beløp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA -forurensning vist på gel. | Rin≥6,0; 5,0 ≥28s/18S≥1,0; begrenset eller ingen baselinehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Viscera eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Bein, hår eller hud: 1,5g
● Arthropods:
Insekter: 9g
Crustacea: 450 mg
● Hele blod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat Eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Dry-is: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørkes i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes ved romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Eksempellevering
RNA -ekstraksjon
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Bioinformatikk
circRNA prediksjon: Kromosomfordeling
Differensialt uttrykte circrnas - vulkanplott
Differensialt uttrykte circRNA - hierarkisk klynging
Funksjonell berikelse av circRNAs vertsgener
Utforsk forskningsutviklingene tilrettelagt av BMKGene 'circRNA -sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 regulerer circRNA -formasjon og mikroRNA -mediert gen -lyddemping i hepatocellulært karsinom', Oncogen 2021 40:25, 40 (25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X OO-responsivt transkriptom avslører rollen til det sirkulære RNA133 i sykdomsresistens ved å regulere ekspresjon av osarab i ris', fytopatologiforskning, 5 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s42483-023-00188-8/figurer/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modulerer balansen mellom sirkulære og lineære transkripsjoner i hepatocellulært karsinom'. doi: 10.21203/rs.3.rs-2418311/v1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Omfattende evaluering av circrnas i cirrhotisk kardiomyopati før og etter levertransplantasjon', International Immunopharmacology, 114, p. 109495. Doi: 10.1016/j.intimp.2022.109495.
