CircRNA-sekvensering – Illumina
Funksjoner
● rRNA-uttømming etterfulgt av retningsbestemt bibliotekpreparering, som muliggjør trådspesifikke sekvenseringsdata.
● Bioinformatisk arbeidsflyt muliggjør circRNA-prediksjon og kvantifisering av uttrykk.
Servicefordeler
●Omfattende ekspertiseVi har behandlet over 20 000 prøver, som spenner over ulike prøvetyper, og vi bringer vår rike ekspertise til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer sentrale kontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøveforberedelse til bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk. Vår grundige overvåking sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
●Mer omfattende RNA-biblioteker:Vi bruker rRNA-uttømming i stedet for lineær RNA-uttømming i vår pre-bibliotek forberedelse, noe som sikrer at sekvenseringsdataene ikke bare inkluderer circRNA, men også mRNA og lncRNA, noe som muliggjør felles analyse av disse datasettene.
●Valgfri analyse av konkurrerende endogene RNA (ceRNA) nettverkGir dypere innsikt i cellulære reguleringsmekanismer.
● Støtte etter salgVi forstår hvor viktig det er å være til stede, og derfor strekker vår forpliktelse seg utover prosjektets ferdigstillelse med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Datakvalitetskontroll |
| rRNA-utarmet retningsbestemt bibliotek | Illumina PE150 | 16–20 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons. (ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Bein, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9 g
Krepsdyr: 450 mg
● Fullblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes ved romtemperatur.
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
- Datakvalitetskontroll
- Genomjustering
- CircRNA-identifikasjon
- CircRNA-ekspresjon
- Differensiell uttrykkanalyse
circRNA-prediksjon: kromosomfordeling
Differensielt uttrykte circRNA-er – Vulkanplott
Differensielt uttrykte circRNA-er – hierarkisk klynging
Funksjonell anrikning av circRNAs vertsgener
Utforsk forskningsfremskrittene som muliggjøres av BMKGene' circRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Wang, X. et al. (2021) «CPSF4 regulerer circRNA-dannelse og mikroRNA-mediert gensilencing ved hepatocellulært karsinom»,Onkogen2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) «X oo-responsivt transkriptom avslører rollen til det sirkulære RNA133 i sykdomsresistens ved å regulere uttrykket av OsARAB i ris»,Fytopatologisk forskning, 5(1), s. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) «CPSF3 modulerer balansen mellom sirkulære og lineære transkripter ved hepatocellulært karsinom». doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) «Omfattende evaluering av circRNA-er ved cirrhotisk kardiomyopati før og etter levertransplantasjon»,Internasjonal immunfarmakologi, 114, s. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
