● Krever et referansegenom.
● Lambda-DNA brukes til å overvåke bisulfittkonverteringseffektiviteten.
● MspI-fordøyelseseffektiviteten overvåkes også.
● Dobbel enzymfordøyelse for planteprøver.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
●Kostnadseffektivt og effektivt alternativ til WGBS: gjør at analysen kan utføres til en lavere kostnad og med lavere prøvekrav.
●Komplett plattform:gi en utmerket service fra prøvebehandling, bibliotekkonstruksjon og sekvensering til bioinformatikkanalyse.
●Omfattende kompetanse: med RRBS-sekvenseringsprosjekter fullført på tvers av et mangfold av arter, bringer BMKGENE over et tiår med erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang | Kvalitetskontroll |
MspI-fordøyd og Bisulfitt-behandlet bibliotek | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Bisulfittkonvertering > 99 % MspI kutteeffektivitet > 95 % |
Konsentrasjon (ng/µL) | Total mengde (µg) |
| |
Genomisk DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Begrenset nedbrytning eller forurensning |
Inkluderer følgende analyse:
● Rå sekvensering kvalitetskontroll;
● Kartlegging til referansegenom;
● Påvisning av 5mC metylerte baser og motividentifikasjon;
● Analyse av metyleringsfordeling og prøvesammenligning;
● Analyse av differensielt metylerte regioner (DMRs);
● Funksjonell annotering av gener knyttet til DMR.
Kvalitetskontroll: fordøyelseseffektivitet (i genomkartlegging)
Kvalitetskontroll: bisulfittkonvertering (i metyleringsinfoekstraksjon)
Metyleringskart: 5mC metyleringsgenomomfattende distribusjon
Eksempelsammenligning: Hovedkomponentanalyse
Differensielt metylerte regioner (DMRs) analyse: varmekart
Utforsk forskningsfremskritt tilrettelagt av BMKGenes hele genom-bisulfitt-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity omprogrammering til Leydig-lignende celler ved CRISPR-aktivering og parakrine faktorer',PNAS Nexus1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genomomfattende DNA-metyleringsanalyse av kroppssammensetning hos kinesiske eneggede tvillinger',European Journal of Clinical Investigation53(11), s. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-metylering og midje-til-hofte-forhold: en epigenomomfattende assosiasjonsstudie i kinesiske monozygotiske tvillinger',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.