● rRNA-utarming etterfulgt av retningsbestemt mRNA-bibliotekpreparering.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
●Studer endringene i komplekse mikrobielle samfunn:Dette skjer på transkripsjonsnivå og utforske potensielle nye gener.
●Forklare mikrobielle fellesskapsinteraksjoner med verten eller miljøet.
●Omfattende bioinformatisk analyse: Dette gir innsikt i fellesskaps taksonomiske og funksjonelle sammensetninger, samt differensiell genekspresjonsanalyse.
●Omfattende genanmerkning:Bruk av oppdaterte genfunksjonsdatabaser for informativ genuttrykksinformasjon fra mikrobielle samfunn.
●Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Datakvalitetskontroll |
Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Gb | Q30≥85 % |
Konsentrasjon (ng/µL) | Total mengde (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Inkluderer følgende analyse:
● Sekvensering av datakvalitetskontroll
● Transkripsjonssamling
● Taksonomiske merknader og overflod
● Funksjonell merknad og overflod
● Uttrykkskvantifisering og differensialanalyse
Taksonomisk fordeling av hver prøve:
Beta-mangfoldsanalyse: UPGMA
Funksjonell merknad – GO overflod
Differensiell taksonomioverflod – LEFSE
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGene sine meta-transkriptomiske sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Lu, Z. et al. (2023) 'Syretoleranse for laktat-utnyttende bakterier av ordenen Bacteroidales bidrar til forebygging av ruminal acidose hos geiter tilpasset et høykonsentrert diett',Dyrenæring, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) 'Utrede kjernefunksjonell mikrobiota i tradisjonell faststoffgjæring ved høykapasitets amplikoner og metatranskriptomisk sekvensering',Grenser i mikrobiologi, 8 (JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) "Nye mykovirus oppdaget fra en metatranskriptomisk undersøkelse av den fytopatogene Alternaria-soppen",Virus, 14(11), s. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) 'Parallell metatranskriptomanalyse avslører nedbrytning av plantesekundære metabolitter av biller og deres tarmsymbisjoner',Molekylær Økologi, 31(15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.