Full-lengde mRNA-sekvensering-Nanopore
Funksjoner
● Innfanging av poly-A mRNA etterfulgt av cDNA-syntese og bibliotekpreparering
● Sekvensering av transkripsjonene i full lengde
● Bioinformatisk analyse basert på justering til et referansegenom
● Bioinformatisk analyse inkluderer ikke bare ekspresjon på gen- og isoformnivå, men også analyse av lncRNA, genfusjoner, polyadenylering og genstruktur
Tjenestefordeler
●Kvantifisering av uttrykk på isoformnivå: muliggjør detaljert og nøyaktig ekspresjonsanalyse, avduking av endring som kan maskeres når man analyserer hele genuttrykket
●Reduserte datakrav:Sammenlignet med Next-Generation Sequencing (NGS), viser Nanopore-sekvensering lavere datakrav, noe som tillater tilsvarende nivåer av kvantifiseringsmetning for genuttrykk med mindre data.
●Høyere nøyaktighet av uttrykkskvantifisering: både på gen- og isoformnivå
●Identifikasjon av ytterligere transkriptomisk informasjon: alternativ polyadenylering, fusjonsgener og lcnRNA og deres målgener
●Omfattende kompetanse: Teamet vårt gir et vell av erfaring til hvert prosjekt, etter å ha fullført over 850 Nanopore full-lengde transkriptomprosjekter og behandlet over 8000 prøver.
●Support etter salg: vår forpliktelse strekker seg utover prosjektfullføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| Poly A beriket | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Gjennomsnittlig kvalitetspoeng: Q10 |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥7,0; For dyr: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Bein, hår eller hud: 1g
● Leddyr:
Insekter: 6g
Krepsdyr: 300 mg
● Fullblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Nukleotider:
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Servicearbeidsflyt
Vev:
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
● Behandling av rådata
● Transkripsjonsidentifikasjon
● Alternativ skjøting
● Ekspresjonskvantifisering i gennivå og isoformnivå
● Differensiell uttrykksanalyse
● Funksjonsannotering og berikelse (DEG og DET)
Alternativ skjøteanalyse
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
lncRNA-prediksjon
Annotering av nye gener
Klynger av DET-er
Protein-proteinnettverk i DEG
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes Nanopore full-lengde mRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetisk og transkripsjonell aktivering av den sekretoriske kinase FAM20C som et onkogen i gliom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Han, Z. et al. (2023) 'Full-lengde transkriptomsekvensering av lymfocytter reagerer på IFN-γ avslører en Th1-skjev immunrespons i flyndre (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Komparativ analyse av PacBio og ONT RNA-sekvenseringsmetoder for Nemopilema Nomurai giftidentifikasjon', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analyse avslører ulike funksjonelle tendenser mellom eksosomer og mikrovesikler avledet fra hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLER/6.
