Lang ikke-kodende sekvensering-Illumina
Tjenestefordeler
●Fellesanalyse av mRNA og lncRNA: ved å kombinere kvantifiseringen av mRNA-transkripter med studiet av lncRNA og deres mål, er det mulig å få en grundig oversikt over den regulatoriske mekanismen som ligger til grunn for den cellulære responsen.
●Omfattende kompetanse: Teamet vårt bringer et vell av erfaring til hvert prosjekt, med en track record med å behandle over 23 000 prøver hos BMK som spenner over ulike prøvetyper og lncRNA-prosjekter.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
●Support etter salg: Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Data QC |
| rRNA-utarmet retningsbibliotek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider:
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Bein, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9g
Krepsdyr: 450 mg
● Fullblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
Differensial Gene Expression (DEGs) analyse
Kvantifisering av lncRNA-ekspresjon – clustering
Anrikning av lncRNA-målgener
Felles mRNA og lncRNA posisjonsanalyse - Circos plot (midtsirkel er mRNA og indre krets er lncRNA)
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes lncRNA-ekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifisering, funksjonell prediksjon og nøkkel-lncRNA-verifisering av kaldt stressrelatert lncRNA i rottelever', Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrative Transcriptomic Analysis Reveals the Immune Mechanism for a CyHV-3-Resistant Common Carp Strain', Frontiers in Immunology, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics integrasjonsbasert prioritering av konkurrerende endogene RNA-reguleringsnettverk i småcellet lungekreft: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetisk disseksjon av gen-koekspresjonsnettverket som ligger til grunn for fotosyntese i Populus', Plant Biotechnology Journal, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'A Global Regulatory Network for Dysregulated Gen Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis', Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
