Metagenomics (NGS)

Hagle-metagenomikk med Illumina er et populært verktøy for å studere mikrobiomer ved direkte å sekvensere DNA fra komplekse prøver, noe som muliggjør studiet av både taksonomisk og funksjonelt mangfold. BMKCloud metagenomic (NGS)-rørledningen begynner med kvalitetskontroll og metagenomsammenstilling, hvorfra gener blir forutsagt og gruppert i ikke-redundante datasett som er annotert for funksjon og taksonomi ved hjelp av flere databaser. Denne informasjonen brukes til å analysere innenfor-utvalgs taksonomisk mangfold (alfa-diversitet) og mellom-utvalgsdiversitet (beta-diversitet). Differensialanalyse mellom grupper finner OTUer og biologiske funksjoner som er forskjellige mellom de to gruppene ved bruk av både parametriske og ikke-parametriske tester, mens korrelasjonsanalyse relaterer disse forskjellene til miljøfaktorer.