Analyse for transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)
Tjenestefunksjoner
● Tjenesten krever vevsprøver i stedet for ekstraherte nukleinsyrer for å bevare DNA-protein-interaksjonene.
● ATAC-metoden inkluderer vevsdissosiasjon, etterfulgt av kjerneisolering, Tn5-behandling og rensing, PCR-amplifisering, størrelsesvalg og sekvensering.
● Sekvensering i Illumina NovaSeq
Servicefordeler
●Høy følsomhet:Lav startcellemengde er tilstrekkelig for bibliotekforberedelse og sekvensering.
●Svært informativ teknikk: avslører samtidig de genomiske plasseringene av åpen kromatin og aktive regulatoriske elementer som transkripsjonsfaktorbindingssteder.
●God eksperimentell reproduserbarhetTekniske replikater viser utmerket repeterbarhet.
●Omfattende ekspertiseMed hundrevis av ATAC-sekvenseringsprosjekter som er fullført, har BMKGENE over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Mulighet for å delta med transkriptomikkanalyse: muliggjør integrert analyse av ATAC-sekvensering med andre omikkdata som RNA-sekvensering.
● Omfattende bioinformatisk analysemuliggjør ikke bare identifisering av de åpne områdene i kromatinet og deres tilsvarende funksjonalitet (promotere, UT-er, eksoner, introner), men også analyse av forskjeller mellom åpne kromatinområder blant prøver.
Tjenestespesifikasjoner
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang | Kvalitetskontroll |
| ATAC-sekvensering | Illumina PE150 | > 20 millioner lesninger Avhengig av genomstørrelse (menneske: 50 millioner avlesninger) | Q30≥85% |
Krav til prøveeksempler
Prøvetype: Vev, levende eller frosne celler, blod
● Mobilnummer: ≥ 106celler
● Vevsvekt: ≥ 200 mg ferskt vev
● Blod: ≥ 4 ml
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
DNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontroll av rådata;
● Toppkalling basert på kartlegging til referansegenom;
● Genannotering på topplokasjon;
● Motivanalyse: identifisering av transkripsjonsfaktorbindingssteder (TFBS);
● Differensiell toppanalyse og annotering.
1. Varmekart på ATAC leser distribusjon ved TSS og tilstøtende regioner (±3 kb)
2. Fordeling av åpen kromatinregion i forskjellige genomkomponenter
3. Differensiell toppkalling mellom grupper
Utforsk forskningsfremskrittene som BMKGenes ATAC-sekvenseringstjenester muliggjør gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Fu, A.m.fl.(2023) «Telomer-til-telomer-genomsamling av bittermelon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) avslører fruktutvikling, sammensetning og genetiske egenskaper ved modning»,Hagebruksforskning10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.m.fl.(2023) «Epigenetisk og transkripsjonell aktivering av den sekretoriske kinasen FAM20C som et onkogen i gliom»,Tidsskrift for genetikk og genomikk, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Han, Y.m.fl.(2023) «Butyrat reverserer ferroptoseresistens i kolorektal kreft ved å indusere c-Fos-avhengig xCT-undertrykkelse»,Redoksbiologi, 65, s. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
