16s/18s/Its Amplicon Sequencing-NGS
Servicefunksjoner
● Sekvenseringsplattform: Illumina Novaseq.
● Amplifisering av korte regioner på 16S, 18S og ITS, blant andre forsterkningsmål.
● Fleksible valg av amplikon.
● Tidligere prosjektopplevelse med flere forsterkningsmål.
Tjenestefordeler
●Isolasjonsfri:Rask identifisering av mikrobiell sammensetning i miljøprøver.
●Høy oppløsning: I lavt overfladante komponenter i miljøprøver.
●Bredt anvendelig: Diverse mikrobielle samfunnsstudier.
●Omfattende bioinformatisk analyse: Den siste Qiime2 -pakken (kvantitativ innsikt i mikrobiell økologi) med forskjellige analyser når det gjelder database, merknad, OTU/ASV.
●Omfattende kompetanse: Med 150 tusen amplikon-sekvenseringsprosjekter gjennomført årlig, bringer BMKGene over et tiår med erfaring, et meget dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
Servicespesifikasjoner
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefalt |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K tagger (les par) |
Tjenestekrav
| Konsentrasjon (ng/ul) | Totalt beløp (NG) | Volum (μL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1-2g
● Intestinal Content-Animal: 0,5-2G
● Tarminnholdsinseekt: 0,1-0,25g
● Planteoverflate (beriket sediment): 0,1-0,5g
● Fermenteringsbuljonganriket sediment): 0,1-0,5g
● Avføring (store dyr): 0,5-2g
● Avføring (mus): 3-5Grains
● Pulmonal alveolar skyllingsvæske: filterpapir
● Vaginal vattpinne: 5-6 vattpinner
● Hud/kjønnspinne/spytt/oralt bløtvev/svelgvatt
● Overflatemikroorganismer: Filterpapir
● Vannkropp/luft/biofilm: Filterpapir
● Endofytter: 1-2g
● Tannplakk: 0,5-1g
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Rå data kvalitetskontroll
- OTU Clustering /De-støy (ASV)
- OTU -merknad
- Alpha Diversity Analyse: Flere indekser, inkludert Shannon, Simpson og Ace.
- Beta -mangfoldsanalyse
- Intergruppeanalyse
- Korrelasjonsanalyse: mellom miljøfaktorer og ut sammensetning og mangfold
- 16S funksjonell genprediksjon
Histogram av taksonomisk distribusjon
Taksonomisk overflod gruppering av varmekart
Alpha Diversity Analyse: Rarefaction Curve
Beta Diversity Analyse: NMDS
Intergruppeanalyse: Lefse Biomarker Discovery
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av BMKGene's Amplicon Sequencing Services med Illumina gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Dong, C. et al. (2022) 'Montering, kjernemikrobiota og funksjon av rhizosphere -jord og barkmikrobiota i Eucommia Ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. DOI: 10.3389/FMICB.2022.855317/full.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetisk bakteriell konsortietransplantasjon for behandling av Gardnerella vaginalis-indusert bakteriell vaginose hos mus', mikrobiom, 11 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) 'Mikrobiomer av luftstøv samlet under det bakkebaserte lukkede bioregenerative livsstøtteeksperimentet “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17 (1), s. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figurer/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Fôravhengig forekomst av funksjonelle gener relatert til nitrogentransformasjonskontrollert nitrogentap i kompostering', Bioresource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
