16S/18S/ITS amplikonsekvensering-NGS
Tjenestefunksjoner
● Sekvenseringsplattform: Illumina NovaSeq.
● Amplifisering av korte regioner av 16S, 18S og ITS, blant andre amplifiseringsmål.
● Fleksible valg av amplikon.
● Tidligere prosjekterfaring med flere forsterkningsmål.
Servicefordeler
●Isolasjonsfri:Rask identifisering av mikrobiell sammensetning i miljøprøver.
●Høy oppløsningI komponenter med lav forekomst i miljøprøver.
●Bredt anvendeligUlike studier av mikrobielle samfunn.
●Omfattende bioinformatisk analyseDen nyeste QIIME2-pakken (kvantitativ innsikt i mikrobiell økologi) med varierte analyser i form av database, annotering, OTU/ASV.
●Omfattende ekspertiseMed 150 000 amplikonsekvenseringsprosjekter utført årlig, har BMKGENE over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket kundestøtte etter salg.
Tjenestespesifikasjoner
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300 000 tagger (lesepar) |
Krav til tjenesten
| Konsentrasjon (ng/µL) | Totalbeløp (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1–2 g
● Tarminnhold – animalsk: 0,5–2 g
● Tarminnhold – insekt: 0,1–0,25 g
● Planteoverflate (anriket sediment): 0,1–0,5 g
● Fermenteringsbuljongberiket sediment): 0,1–0,5 g
● Avføring (store dyr): 0,5–2 g
● Avføring (mus): 3–5 korn
● Pulmonal alveolær lavagevæske: filterpapir
● Vaginalprøve: 5–6 vattpinner
● Hud-/kjønnsprøve/spytt-/bløtvevprøve fra munnen/svelgprøve/rektalprøve: 2–3 prøver
● Overflatemikroorganismer: filterpapir
● Vannmasse/luft/biofilm: filterpapir
● Endofytter: 1–2 g
● Tannplakk: 0,5–1 g
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Kvalitetskontroll av rådata
- OTU-klynging / støyfjerning (ASV)
- OTU-annotering
- Alfadiversitetsanalyse: flere indekser, inkludert Shannon, Simpson og ACE.
- Betadiversitetsanalyse
- Intergruppeanalyse
- Korrelasjonsanalyse: mellom miljøfaktorer og OUT-sammensetning og -mangfold
- 16S funksjonell genprediksjon
Histogram av taksonomisk fordeling
taksonomisk overflodsklyngingsvarmekart
Alfa-diversitetsanalyse: rarefactionskurve
beta-diversitetsanalyse: NMDS
Intergruppeanalyse: LEFSE-biomarkøroppdagelse
Utforsk fremskrittene som BMKGenes amplikonsekvenseringstjenester med Illumina muliggjør gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Dong, C. et al. (2022) «Samsetning, kjernemikrobiota og funksjon av jord- og barkmikrobiotaen i rhizosfæren i Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) «Syntetisk bakteriell konsortietransplantasjon for behandling av Gardnerella vaginalis-indusert bakteriell vaginose hos mus», Microbiome, 11(1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) «Mikrobiomer av luftstøv samlet under det bakkebaserte lukkede bioregenerative livsstøtteeksperimentet «Lunar Palace 365»», Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) «Råstoffavhengig forekomst av funksjonelle gener relatert til nitrogentransformasjon kontrollerte nitrogentap i kompostering», Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
