16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Tjenestefordeler
● Isolasjonsfri og rask identifisering av mikrobiell sammensetning i miljøprøver
● Høy oppløsning i lite rikelig med komponenter i miljøprøver
● Siste QIIME2-analyseflyt med forskjellige analyser når det gjelder database, merknader, OTU/ASV.
● Høy gjennomstrømning, høyere nøyaktighet
● Gjelder for ulike mikrobielle samfunnsstudier
● BMK har lang erfaring med over 100 000 prøver/år, som dekker jord, vann, gass, slam, avføring, tarm, hud, gjæringsbuljong, insekter, planter, etc.
● BMKCloud tilrettelagt datatolkning som inneholder 45 tilpassede analyseverktøy
Tjenestespesifikasjoner
| SekvenseringPlattform | Bibliotek | Anbefalt datautbytte | Beregnet behandlingstid |
| Illumina NovaSeq-plattformen | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 dager |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● OTU-klynger/de-noise (ASV)
● OTU-merknad
● Alfa-mangfold
● Beta-mangfold
● Intergruppeanalyse
● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer
● Funksjonsgenprediksjon
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon | Renhet |
| DNA-ekstrakter | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalt prøvetakingsprosedyre |
| Jord | Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon. |
| Avføring | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon. |
| Tarminnhold | Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør. |
| Slam | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon |
| Vann kropp | For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Samle inn minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør. |
Anbefalt prøvelevering
Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1.Artsfordeling
2. Varmekart: Artsrikdomsgruppering
3.Sjelden fraksjonskurve
4.NMDS-analyse
5.Lefse-analyse
BMK sak
Overvektige personer med og uten type 2-diabetes viser ulik tarmmikrobiell funksjon og sammensetning
Publisert:Cell Host & Microbe, 2019
Sekvenseringsstrategi:
Mager ikke-diabetes (n=633);Overvektige ikke-diabetes (n=494);Overvekt type 2 diabetes (n=153);
Målområde: 16S rDNA V1-V2
Plattform: Illumina Miseq (NGS-basert amplikonsekvensering)
Delsett av DNA-ekstrakter ble utsatt for metagenomisk sekvensering på Illumina Hiseq
Nøkkelresultater
Mikrobielle profileringer av disse metabolske sykdommene ble vellykket differensiert.
Ved å sammenligne mikrobielle egenskaper generert av 16S-sekvensering, ble fedme funnet assosiert med endringer i mikrobiell sammensetning, individuelle egenskaper, spesielt signifikant reduksjon i Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. I tillegg ble T2D funnet assosiert med økning i Escherichia/shigella .
Henvisning
Thingholm, LB, et al."Overvektige individer med og uten type 2-diabetes viser forskjellig mikrobiell funksjonskapasitet og sammensetning."Cellevert og mikrobe26.2 (2019).
