Metagenomisk sekvensering -NGS
Tjenestefordeler
● Isolering og dyrkingsfri for profilering av mikrobiell fellesskap
● Høy oppløsning ved påvisning av arter med lav mengde i miljøprøver
● Ideen om "meta-" integrerer alle biologiske trekk på funksjonsnivå, artsnivå og gennivå, noe som gjenspeiler et dynamisk syn som er nærmere virkeligheten.
● BMK akkumulerer massiv erfaring i ulike prøvetyper med over 10 000 behandlede prøver.
Tjenestespesifikasjoner
| Plattform | Sekvensering | Anbefalte data | Omløpstid |
| Illumina NovaSeq-plattformen | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 virkedager |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Metagenommontering
● Ikke-redundant gensett og merknad
● Artsmangfoldsanalyse
● Genetisk funksjonsmangfoldsanalyse
● Intergruppeanalyse
● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon | Renhet |
| DNA-ekstrakter | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalt prøvetakingsprosedyre |
| Jord | Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon. |
| Avføring | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon. |
| Tarminnhold | Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør. |
| Slam | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon |
| Vann kropp | For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Saml minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør. |
Anbefalt prøvelevering
Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1. Histogram: Artsfordeling
2. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier
3. Varmekart: Differensialfunksjoner basert på relativ genoverflod
4. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
BMK sak
Utbredelse av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet
Publisert:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Materialer: DNA-ekstrakter av fire fragmenter av mangroverotassosierte prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
Plattform: Illumina HiSeq 2500
Mål: Metagenom
16S rRNA gen V3-V4 region
Nøkkelresultater
Metagenomisk sekvensering og metabarcoding profilering på jord-rot kontinuum av mangrove saplings ble behandlet for å studere spredning av antibiotikaresistensgener (ARGs) fra jord til planter.Metagenomiske data avslørte at 91,4% av antibiotikaresistensgener ble ofte identifisert i alle de fire jordrommene nevnt ovenfor, noe som viste en kontinuerlig måte.16S rRNA amplikonsekvensering genererte 29 285 sekvenser, som representerte 346 arter.I kombinasjon med artsprofilering ved amplikonsekvensering, ble denne spredningen funnet å være uavhengig av rotassosiert mikrobiota, men den kunne lettes av mobil av genetiske elementer.Denne studien identifiserte strømmen av ARG-er og patogener fra jord til plantene gjennom sammenkoblet jord-rot-kontinuum.
Henvisning
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Forekomst av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
