Metagenomisk sekvensering -NGS
Tjenestefordeler
● Isolering og dyrkingsfri for profilering av mikrobiell fellesskap
● Høy oppløsning ved påvisning av arter med lav mengde i miljøprøver
● Ideen om "meta-" integrerer alle biologiske trekk på funksjonsnivå, artsnivå og gennivå, noe som reflekterer et dynamisk syn som er nærmere virkeligheten.
● BMK akkumulerer massiv erfaring i ulike prøvetyper med over 10 000 behandlede prøver.
Tjenestespesifikasjoner
| Plattform | Sekvensering | Anbefalte data | Omløpstid |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 virkedager |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Metagenommontering
● Ikke-redundant gensett og merknad
● Artsmangfoldsanalyse
● Genetisk funksjonsmangfoldsanalyse
● Intergruppeanalyse
● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon | Renhet |
| DNA-ekstrakter | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalt prøvetakingsprosedyre |
| Jord | Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon. |
| Avføring | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon. |
| Tarminnhold | Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør. |
| Slam | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon |
| Vann kropp | For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Samle inn minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør. |
Anbefalt prøvelevering
Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1. Histogram: Artsfordeling
2. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier
3. Varmekart: Differensialfunksjoner basert på relativ genoverflod
4. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
BMK sak
Utbredelse av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet
Publisert:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Materialer: DNA-ekstrakter av fire fragmenter av mangroverotassosierte prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
Plattform: Illumina HiSeq 2500
Mål: Metagenom
16S rRNA gen V3-V4 region
Nøkkelresultater
Metagenomisk sekvensering og metabarcoding profilering på jord-rot kontinuum av mangrove unger ble behandlet for å studere spredning av antibiotikaresistensgener (ARG) fra jord til planter.Metagenomiske data avslørte at 91,4% av antibiotikaresistensgener ble ofte identifisert i alle de fire jordrommene nevnt ovenfor, noe som viste en kontinuerlig måte.16S rRNA amplikonsekvensering genererte 29 285 sekvenser, som representerte 346 arter.Kombinert med artsprofilering ved amplikonsekvensering, ble denne spredningen funnet å være uavhengig av rotassosiert mikrobiota, men den kunne lettes av mobil av genetiske elementer.Denne studien identifiserte strømmen av ARG-er og patogener fra jord til plantene gjennom sammenkoblet jord-rot-kontinuum.
Henvisning
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Forekomst av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
