Metagenomisk sekvensering -NGS
Et metagenom er en samling av det totale genetiske materialet til et blandet samfunn av organismer, som miljømessige og menneskelige metagenomer. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Haglgevær-metagenomisk sekvensering med NGS muliggjør studiet av disse intrikate genomiske landskapene som er innebygd i miljøprøver ved å gi mer enn taksonomisk profilering, og gir også detaljert innsikt i artsmangfold, overflodsdynamikk og komplekse populasjonsstrukturer. Utover taksonomiske studier tilbyr haglgevær-metagenomikk også et funksjonelt genomisk perspektiv, som muliggjør utforskning av kodede gener og deres antatte roller i økologiske prosesser. Til slutt bidrar etableringen av korrelasjonsnettverk mellom genetiske elementer og miljøfaktorer til en helhetlig forståelse av det intrikate samspillet mellom mikrobielle samfunn og deres økologiske bakgrunn. Avslutningsvis står metagenomisk sekvensering som et sentralt instrument for å avdekke de genomiske kompleksitetene til ulike mikrobielle samfunn, og belyse de mangefasetterte forholdene mellom genetikk og økologi innenfor disse komplekse økosystemene.
Plattformer: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
Servicefordeler
●Isolasjons- og dyrkingsfri metode for profilering av mikrobielle samfunnMuliggjør sekvensering av genetisk materiale fra ikke-dyrkbare organismer.
●Høy oppløsning: Oppdag arter med lav forekomst i miljøprøver.
●Omfattende bioinformatisk analyse:Fokuserte ikke bare på taksonomisk mangfold, men også på det funksjonelle mangfoldet i samfunnet.
●Omfattende erfaring:Med en merittliste med å ha avsluttet flere metagenomikkprosjekter innen ulike forskningsdomener og behandlet over 200 000 prøver, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
Tjenestespesifikasjoner
| Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| Illumina NovaSeq eller DNBSEQ-T7 | PE150 | 6–20 GB | Q30≥85% |
Krav til tjenesten
| Konsentrasjon (ng/µL) | Totalbeløp (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jord/slam: 2–3 g
● Tarminnhold – animalsk: 0,5–2 g
● Tarminnhold – insekt: 0,1–0,25 g
● Planteoverflate (anriket sediment): 0,5–1 g
● Sediment beriket med fermenteringskraft): 0,2–0,5 g
● Avføring (store dyr): 0,5–2 g
● Avføring (mus): 3–5 korn
● Pulmonal alveolær lavagevæske: filterpapir
● Vaginalprøve: 5–6 vattpinner
● Hud-/kjønnsprøve/spytt-/bløtvevprøve fra munnen/svelgprøve/rektalprøve: 2–3 prøver
● Overflatemikroorganisme: 5–6 vattpinner
● Vannmasse/luft/biofilm: filterpapir
● Endofytter: 2–3 g
● Tannplakk: 0,5–1 g
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Metagenomsamling og genprediksjon
● Genannotering
● Taksonomisk alfadiversitetsanalyse
● Funksjonell analyse av samfunnet: biologisk funksjon, metabolsk, antibiotikaresistens
● Analyse av både funksjonelt og taksonomisk mangfold:
Betadiversitetsanalyse
Intergruppeanalyse
Korrelasjonsanalyse: mellom miljøfaktorer og OUT-sammensetning og -mangfold
Funksjonell analyse: CARD-antibiotikaresistens
Differensiell analyse av KEGG-metabolske veier: varmekart over signifikante veier
Alfa-mangfold i taksonomisk utbredelse: ACE-indeks
Betadiversitet av taksonomisk distribusjon: PCoA
Utforsk fremskrittene som BMKGenes metagenomsekvenseringstjenester med Illumina har muliggjort gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Hai, Q. et al. (2023) «Metagenomisk og metabolomisk analyse av endringer i tarminnholdet hos regnbueørret (Oncorhynchus mykiss) infisert med infeksiøst hematopoietisk nekrosevirus ved forskjellige vanntemperaturer i kulturen».Grenser innen mikrobiologi, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) «Mikrobielle samfunn, resistensgener og resistomrisiko i urbane innsjøer med forskjellige trofiske tilstander: Interne koblinger og eksterne påvirkninger»,Tidsskrift for fremskritt innen farlige materialer, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) «Metagenomisk analyse avdekket forskjeller i sammensetning og funksjon mellom væskeassosierte og fastassosierte mikroorganismer i sauevom»,Grenser innen mikrobiologi, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) «Mikrobiota fra overvektige Ningxiang-griser omprogrammerer karnitinmetabolismen for å fremme avsetning av muskelfettsyrer hos magre, livstruende griser»,Innovasjonen4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) «Metagenomisk innsikt i potensielle risikoer knyttet til representativ bio/ikke-nedbrytbar plast og ikke-plastavfall i de øvre og nedre delene av Haihe-elvemunningen, Kina»,Vitenskapen om det totale miljøet887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
