page_head_bg

Produkter

Metagenomisk sekvensering (NGS)

Metagenom refererer til en samling av totalt genetisk materiale fra et blandet samfunn av organismer, slik som miljømetagenom, humant metagenom, etc. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ukultiverbare mikroorganismer.Metagenomisk sekvensering er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer.

Plattform:Illumina NovaSeq6000


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

ØIsolering og dyrkingsfri for profilering av mikrobiell fellesskap

ØHøy oppløsning ved påvisning av arter med lav overflod i miljøprøver

ØIdeen om "meta-" integrerer alle biologiske trekk på funksjonsnivå, artsnivå og gennivå, noe som reflekterer et dynamisk syn som er nærmere virkeligheten.

ØBMK akkumulerer massiv erfaring i ulike prøvetyper med over 10 000 behandlede prøver.

Tjenestespesifikasjoner

SekvenseringPlattform

Bibliotek

Anbefalt datautbytte

Beregnet behandlingstid

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dager

Bioinformatikkanalyser

üKvalitetskontroll av rådata

üMetagenomsammenstilling

üIkke-redundant gensett og merknad

üArtsmangfoldsanalyse

üGenetisk funksjonsmangfoldsanalyse

üIntergruppeanalyse

üAssosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer

2

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

TilDNA-ekstrakter:

Eksempeltype

Beløp

Konsentrasjon

Renhet

DNA-ekstrakter

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalt prøvetakingsprosedyre

Jord

Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon.

Avføring

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon.

Tarminnhold

Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør.

Slam

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon

Vann kropp

For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Saml minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør.

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.

Service arbeidsflyt

logo_02

Prøvelevering

logo_04

Bygging av bibliotek

logo_05

Sekvensering

logo_06

Dataanalyse

logo_07

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • 1. Histogram: Artsfordeling

    3

    2. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier

    4

    3. Varmekart: Differensialfunksjoner basert på relativ genoverflod54. Circos of CARD antibiotikaresistensgener

    6

    BMK sak

    Forekomst av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet

    Publisert:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sekvenseringsstrategi:

    Materialer: DNA-ekstrakter av fire fragmenter av mangroverotassosierte prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
    Plattform: Illumina HiSeq 2500
    Mål: Metagenom
    16S rRNA gen V3-V4 region

    Nøkkelresultater

    Metagenomisk sekvensering og metabarcoding profilering på jord-rot kontinuum av mangrove unger ble behandlet for å studere spredning av antibiotikaresistensgener (ARG) fra jord til planter.Metagenomiske data avslørte at 91,4% av antibiotikaresistensgener ble ofte identifisert i alle de fire jordrommene nevnt ovenfor, noe som viste en kontinuerlig måte.16S rRNA amplikonsekvensering genererte 29 285 sekvenser, som representerte 346 arter.Kombinert med artsprofilering ved amplikonsekvensering, ble denne spredningen funnet å være uavhengig av rotassosiert mikrobiota, men den kunne lettes av mobil av genetiske elementer.Denne studien identifiserte strømmen av ARG-er og patogener fra jord til plantene gjennom sammenkoblet jord-rot-kontinuum.

    Referanse

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prevalens av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: