BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

Metagenomisk sekvensering -NGS

Metagenom refererer til en samling av totalt genetisk materiale fra et blandet samfunn av organismer, slik som miljømetagenom, menneskelig metagenom, etc. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer.Metagenomisk sekvensering er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer.

Plattform:Illumina NovaSeq6000


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

● Isolering og dyrkingsfri for profilering av mikrobiell fellesskap

● Høy oppløsning ved påvisning av arter med lav mengde i miljøprøver

● Ideen om "meta-" integrerer alle biologiske trekk på funksjonsnivå, artsnivå og gennivå, noe som reflekterer et dynamisk syn som er nærmere virkeligheten.

● BMK akkumulerer massiv erfaring i ulike prøvetyper med over 10 000 behandlede prøver.

Tjenestespesifikasjoner

 Plattform

Sekvensering

Anbefalte data

Omløpstid

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 virkedager

Bioinformatikkanalyser

● Kvalitetskontroll av rådata

● Metagenommontering

● Ikke-redundant gensett og merknad

● Artsmangfoldsanalyse

● Genetisk funksjonsmangfoldsanalyse

● Intergruppeanalyse

● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer

liuchengtu11

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

TilDNA-ekstrakter:

Eksempeltype

Beløp

Konsentrasjon

Renhet

DNA-ekstrakter

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalt prøvetakingsprosedyre

Jord

Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon.

Avføring

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon.

Tarminnhold

Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør.

Slam

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon

Vann kropp

For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Samle inn minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør.

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.

Servicearbeidsflyt

prøvelevering

Prøvelevering

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • 1. Histogram: Artsfordeling

    3

    2. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier

    4

    3. Varmekart: Differensialfunksjoner basert på relativ genoverflod54. Circos of CARD antibiotikaresistensgener

    6

    BMK sak

    Utbredelse av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet

    Publisert:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sekvenseringsstrategi:

    Materialer: DNA-ekstrakter av fire fragmenter av mangroverotassosierte prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
    Plattform: Illumina HiSeq 2500
    Mål: Metagenom
    16S rRNA gen V3-V4 region

    Nøkkelresultater

    Metagenomisk sekvensering og metabarcoding profilering på jord-rot kontinuum av mangrove unger ble behandlet for å studere spredning av antibiotikaresistensgener (ARG) fra jord til planter.Metagenomiske data avslørte at 91,4% av antibiotikaresistensgener ble ofte identifisert i alle de fire jordrommene nevnt ovenfor, noe som viste en kontinuerlig måte.16S rRNA amplikonsekvensering genererte 29 285 sekvenser, som representerte 346 arter.Kombinert med artsprofilering ved amplikonsekvensering, ble denne spredningen funnet å være uavhengig av rotassosiert mikrobiota, men den kunne lettes av mobil av genetiske elementer.Denne studien identifiserte strømmen av ARG-er og patogener fra jord til plantene gjennom sammenkoblet jord-rot-kontinuum.

    Henvisning

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Forekomst av antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverotkontinuumet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: