-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Et metagenom er en samling av det totale genetiske materialet til et blandet samfunn av organismer, som miljømessige og menneskelige metagenomer. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Haglgevær-metagenomisk sekvensering med NGS muliggjør studiet av disse intrikate genomiske landskapene som er innebygd i miljøprøver ved å gi mer enn taksonomisk profilering, og gir også detaljert innsikt i artsmangfold, overflodsdynamikk og komplekse populasjonsstrukturer. Utover taksonomiske studier tilbyr haglgevær-metagenomikk også et funksjonelt genomisk perspektiv, som muliggjør utforskning av kodede gener og deres antatte roller i økologiske prosesser. Til slutt bidrar etableringen av korrelasjonsnettverk mellom genetiske elementer og miljøfaktorer til en helhetlig forståelse av det intrikate samspillet mellom mikrobielle samfunn og deres økologiske bakgrunn. Avslutningsvis står metagenomisk sekvensering som et sentralt instrument for å avdekke de genomiske kompleksitetene til ulike mikrobielle samfunn, og belyse de mangefasetterte forholdene mellom genetikk og økologi innenfor disse komplekse økosystemene.
Plattformer: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
-
Metagenomisk sekvensering-TGS
Et metagenom er en samling av genetisk materiale fra et blandet samfunn av organismer, som miljømessige og menneskelige metagenomer. Det inneholder genomer fra både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Metagenomisk sekvensering muliggjør studiet av disse intrikate genomiske landskapene som er innebygd i økologiske prøver ved å gi mer enn taksonomisk profilering. Det tilbyr også et funksjonelt genomisk perspektiv ved å utforske de kodede genene og deres antatte roller i miljøprosesser. Mens tradisjonelle haglemetoder med Illumina-sekvensering har blitt mye brukt i metagenomiske studier, har fremveksten av Nanopore og PacBio long-read-sekvensering endret feltet. Nanopore- og PacBio-teknologi forbedrer nedstrøms bioinformatiske analyser, spesielt metagenomsamling, noe som sikrer mer kontinuerlige samlinger. Rapporter indikerer at Nanopore-basert og PacBio-basert metagenomikk har generert komplette og lukkede bakteriegenomer fra komplekse mikrobiomer (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrering av Nanopore-avlesninger med Illumina-avlesninger gir en strategisk tilnærming for feilretting, noe som reduserer Nanopores iboende lave nøyaktighet. Denne synergistiske kombinasjonen utnytter styrkene til hver sekvenseringsplattform, og tilbyr en robust løsning for å overvinne potensielle begrensninger og forbedre presisjonen og påliteligheten til metagenomiske analyser.
Plattform: Nanopore PromethION 48, Illumia og PacBio Revio
-
16S/18S/ITS amplikonsekvensering – PacBio
16S- og 18S-rRNA-genene, sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, fungerer som sentrale molekylære fingeravtrykksmarkører på grunn av kombinasjonen av svært konserverte og hypervariable regioner, noe som gjør dem til uvurderlige verktøy for å karakterisere prokaryote og eukaryote organismer. Amplifisering og sekvensering av disse regionene tilbyr en isolasjonsfri tilnærming for å undersøke den mikrobielle sammensetningen og mangfoldet på tvers av ulike økosystemer. Selv om Illumina-sekvensering vanligvis retter seg mot korte hypervariable regioner som V3-V4 av 16S og ITS1, har det blitt vist at overlegen taksonomisk annotering er oppnåelig ved å sekvensere hele lengden av 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilnærmingen resulterer i høyere prosentandeler av nøyaktig klassifiserte sekvenser, og oppnår et oppløsningsnivå som strekker seg til artsidentifikasjon. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT)-sekvenseringsplattform skiller seg ut ved å tilby svært nøyaktige lange avlesninger (HiFi) som dekker amplikonene i full lengde, og konkurrerer med presisjonen til Illumina-sekvensering. Denne muligheten gir forskere en uovertruffen fordel – et panoramabilde av det genetiske landskapet. Den utvidede dekningen øker oppløsningen i artsannotering betydelig, spesielt innenfor bakterie- eller soppsamfunn, noe som muliggjør en dypere forståelse av kompleksiteten til mikrobielle populasjoner.
-
16S/18S/ITS amplikonsekvensering-NGS
Amplikonsekvensering med Illumina-teknologi, spesifikt rettet mot de genetiske markørene 16S, 18S og ITS, er en kraftig metode for å avdekke fylogeni, taksonomi og artsantall i mikrobielle samfunn. Denne tilnærmingen innebærer sekvensering av de hypervariable regionene til genetiske markører for husholdning. Opprinnelig introdusert som et molekylært fingeravtrykk avWoeses et al.I 1977 revolusjonerte denne teknikken profilering av mikrobiom ved å muliggjøre isolasjonsfrie analyser. Gjennom sekvensering av 16S (bakterier), 18S (sopp) og intern transkriberte spacere (ITS, sopp), kan forskere identifisere ikke bare tallrike arter, men også sjeldne og uidentifiserte. Amplikonsekvensering har blitt bredt tatt i bruk som et sentralt verktøy, og har blitt instrumentelt i å identifisere differensielle mikrobielle sammensetninger på tvers av ulike miljøer, inkludert den menneskelige munnen, tarmene, avføringen og utover.
-
Resekvensering av bakteriell og sopphelgenom
Prosjekter for resekvensering av hele genomer hos bakterier og sopp er sentrale for å fremme mikrobiell genomikk ved å muliggjøre komplettering og sammenligning av mikrobielle genomer. Dette forenkler fermenteringsteknikk, optimalisering av industrielle prosesser og utforskning av sekundære metabolismeveier. Videre er resekvensering av sopp og bakteriell avgjørende for å forstå miljøtilpasning, optimalisere stammer og avdekke genetisk evolusjonsdynamikk, med brede implikasjoner innen medisin, landbruk og miljøvitenskap.
-
Prokaryotisk RNA-sekvensering
RNA-sekvensering muliggjør omfattende profilering av alle RNA-transkripter i celler under spesifikke forhold. Denne banebrytende teknologien fungerer som et kraftig verktøy som avdekker intrikate genuttrykksprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer assosiert med ulike biologiske prosesser. RNA-sekvensering er bredt brukt i grunnforskning, klinisk diagnostikk og legemiddelutvikling, og gir innsikt i komplikasjonene ved cellulær dynamikk og genetisk regulering. Vår prokaryote RNA-prøvebehandling er skreddersydd for prokaryote transkriptomer, og involverer rRNA-uttømming og retningsbestemt bibliotekforberedelse.
-
Metatranskriptomsekvensering
Ved å bruke Illumina-sekvenseringsteknologi avdekker BMKGENES metatranskriptomsekvenseringstjeneste den dynamiske genuttrykkelsen til et mangfoldig utvalg av mikrober, fra eukaryoter til prokaryoter og virus, i naturlige miljøer som jord, vann, sjø, avføring og tarm. Vår omfattende tjeneste gir forskere mulighet til å fordype seg i komplekse mikrobielle samfunns komplette genuttrykksprofiler. Utover taksonomisk analyse, forenkler vår metatranskriptomsekvenseringstjeneste utforskning av funksjonell berikelse, og kaster lys over differensielt uttrykte gener og deres roller. Avdekk en mengde biologisk innsikt mens du navigerer i de komplekse landskapene av genuttrykk, taksonomisk mangfold og funksjonell dynamikk innenfor disse ulike miljønisjene.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE tilbyr allsidige løsninger for soppgenomer, som dekker ulike forskningsbehov og ønsket genomfullstendighet. Bruk av kortlesningssekvensering med Illumina alene muliggjør generering av et utkast av genom. Kortlesnings- og langlesningssekvensering ved bruk av Nanopore eller Pacbio kombineres for et mer raffinert soppgenom med lengre kontiger.
-
De novo bakteriegenomsamling
Vi tilbyr en komplett tjeneste for samling av bakteriegenomer, og garanterer null gap. Dette er mulig ved å integrere teknologier for langtidsavlesning av sekvensering, som Nanopore og PacBio for samling, og korttidsavlesning av sekvensering, med Illumina for validering av samling og feilretting av ONT-avlesninger. Tjenesten vår tilbyr den komplette bioinformatiske arbeidsflyten fra samling, funksjonell annotering og avansert bioinformatisk analyse, og oppfyller spesifikke forskningsmål. Denne tjenesten muliggjør utvikling av presise referansegenomer for ulike genetiske og genomiske studier. I tillegg danner den grunnlaget for applikasjoner som belastningsoptimalisering, genteknologi og utvikling av mikrobiell teknologi, og sikrer pålitelige og gapfrie genomiske data som er avgjørende for å fremme vitenskapelig innsikt og bioteknologisk innovasjon.
